Merge branch 'master' into 7582-crunch-runner

Conflicts:
sdk/cli/bin/crunch-job

Merge branch '7582-run-any-docker-container' refs #7582

7582: Add test for stdbuf in /bin/sh bootstrap script.

7582: Adjust signal catching to eliminate races.  Tighten up code based on comments.

Merge branch '7587-httplib2-retries-wip'

Refs #7587.  Closes #7640.

7587: PySDK retries socket.error exceptions from API requests.

closes #7546
Merge branch '7546-put-retry'

7546: update comment to explain why we do not want to retry when status code is 503.

Merge branch 'master' into 7546-put-retry

7582: fix typo --user=$try_user to $try_user_arg

7582: Don't call stdbuf in minimal run mode.

7582: Make fields in Job, Task, TaskDefs public so that json loading reflection works.

7582: Add parameter substitution. Improve validity checking for filenames.
Adjust signal handling & added test.  Tweak behavior on exit code handling.
Move IArvadosClient to crunchrunner.

refs #7167
Merge branch '7167-keep-rsync'

Merge branch 'master' into 7167-keep-rsync

7582: Better reporting in the log about user probe behavior.

7582: Better reporting in the log about user probe behavior.

7582: Runner uploads results.  Feature complete.

7582: Uploader passes tests

7582: Uploader mostly done, writing tests

Fix multiple exception catching in arv-run.

The previous version catches IOError and binds the exception object to
the name OSError.  No issue #.

7582: More tests, add vwd support

7582: Working on tests.

7167: expand the src and dst help messages to list the config parameters that are to be included in the config files.

Merge branch '7015-update-user-guide'

closes #7015

SSO installation doc fix: to run rails console, you need to be in the
/var/www/arvados-sso/current directory.

closes #7623

7015: Removed whitespace

7582: Crunchrunner work in progress.

6358: Fix probe order test logic.

This request order is OK with two threads: thread "0" just took a long
time to make its request.

expect 0 1 2 3 4 5 6 7
got    1 2 3 4 5 0 6 7

The inverse is not OK. This would mean 0 started before any of
1,2,3,4,5 finished.

expect 1 2 3 4 5 0 6 7
got    0 1 2 3 4 5 6 7

refs #6358

6358: Fix race opportunity in ThreadLimiter.

refs #6358

7582: (1) Probe for non-root Docker user to use instead of assuming "crunch".
Tries the default user for the container, then 'crunch', then 'nobody', testing
for whether the actual user id is non-zero.  This defends against mistakes but
not malice, but we intend to harden the security in the future so we don't want
anyone getting used to their jobs running as root in their Docker
containers.

(2) If arvados_sdk_version is not present, skip the "pipe to perl to install
the SDK" logic, but instead bootstrap with a small bash script that only
creates temporary directories and runs the crunch script.

7546: update some of the failure tests to use keepclient.Retries = 0, so that the tests do not waste too much time
retrying a test that is designed for failures. This update brings down the keepclient_test runtime from 49s to 10s.

Merge branch 'master' into 7546-put-retry

7546: also retry when status code is 0, which is the case when a closed connection was used.

Merge branch 'pr/28'

Closes #7324.

Clean redundant except: blocks in run_test_server.

7324: Tighten exception ignoring in run_test_server start_nginx.

We just want to make sure the FIFO's gone.  Ignore the OSError that
says "can't remove it because it's already gone," and re-raise all
others.

Merge branch 'master' into 7546-put-retry

Merge branch '6358-put-rendezvous' closes #6358

7499: Update development link in Workbench "Getting Started" popup.

Also, de-hyphenate "open source."

Refs #7499.

Merge branch 'master' into 7546-put-retry

refs #7167
Merge branch '7167-keep-rsync'

Merge branch 'master' into 7167-keep-rsync

7546: enhance putReplicas method to retry.

Merge branch '7173-jessie'

closes #7173

6358: Test partial ordering with multiple writer threads.

6358: Fix rendezvous probe order on Put.

Bug #1 was that KeepClient.put() was starting threads in the order
given by roots_map.iteritems(), instead of the order they were
supplied by weighted_service_roots(). This is fixed by using the same
logic get() was using.

Bug #2 was that ThreadLimiter didn't unblock threads in the same order
they were created by put(). This is fixed by adding a "set_sequence"
method to ThreadLimiter to indicate the order in which threads should
be unblocked.

The new test case confirms that put(copies=1) always makes requests in
the correct order.

7015: Finished going through user guide

Merge branch '6321-slurm-oserror' closes #6321

6321: Add note about rationale for retrying on OSError.

6321: Add test that OSError is caught from slurm subprocess invocations.

7167: Remove StartKeepWithParams and StopKeepWithParams and make StartKeep and StopKeep with parameters the only exposed funcs.
The update was small enough, about 10 usages in the entire code, and hence did not make sense to postpone it for a "better" time.

7324: Implemented deletion of previous nginx access log fifo before creation,
as discussed with @jrandall to address issue raised by @brettcs
(see: https://github.com/curoverse/arvados/pull/28#discussion_r39689972).

7167: Break all the code from keep-rsync main method into a separate func so that arg parsing can also be tested.
Rather than using default flag parsing, use FlagSet so that flags can be set multiple times from multiple tests.

7015: Checked up to Concurrent Crunch tasks

Merge branch '7159-keepexercise' refs #7159

7159: Add keep-exercise

Merge branch 'wtsi-hgi-feature/arv-view'

refs #7204

7204: Tweak usage message, add a .shellescape, fix error-reporting error

closes #7167
Merge branch '7167-keep-rsync'

Merge branch 'master' into 7167-keep-rsync

Merge branch 'master' into 7167-keep-rsync

Conflicts:
sdk/go/keepclient/keepclient.go

7173: Update bundle.

Recent firefox requires recent selenium-webdriver.

Merge branch '7173-jessie' refs #7173

7173: Add jessie to supported distro list.

7167: update the progress message to say "est. time remaining" instead of "ETA" which is not accurate in this case.

7167: rename the newly added StopKeepServers as StopKeepWithParams; it now sounds similar to StartKeepWithParams and is self explanatory.

Merge branch '7167-keep-rsync' of git.curoverse.com:arvados into 7167-keep-rsync

7167: Always pass --num-keep-servers to python wrapper. Update comments.

7167: Rename conf flags to -src and -dst to match arv-copy. Always add .conf for short form.

7167: Fix up progress/ETA logging.

Merge branch '7491-go-keepclient-retry' closes #7491

7491: Remove unnecessary writable service roots from GET tests.

Merge branch 'master' into wtsi-hgi-feature/arv-view

Conflicts:
sdk/cli/bin/arv

Merge branch 'master' into 7167-keep-rsync

7167: log progress during keep-rsync and several test improvements.

7015: Checked up to Working with data sets

API server needs an arvados-cli with crunch-job --docker-bin.

crunch-dispatch was extended to use `crunch-job --docker-bin` in
#6838.  This commit simply updates the Gemfile to ensure this
dependency is satisfied.  No issue #.

Merge branch 'master' into 7167-keep-rsync

7015: Tested up to Accessing an Arvados VM with Webshell

Merge branch '7167-propagate-error' refs #7167

Merge branch '7159-clean-index' refs #7159 refs #7168

7167: loadConfig setupKeepclient do only one set at a time.

6321: Add OSError to slurm shutdown actor retry conditions, to catch and retry
subprocess errors from the operating system, which is preferrable to crashing
the shutdown actor.

7167: when the config file does not contain '/', use $HOME/.config/arvados/<filename>.

7167: replace keep_existing with num_keep_servers and use it create all required keep servers at once.

7167: replace the keep_existing logic and create all 3 keep servers at once and use the first two as src keepservers and the last one as the dst keep server.

7167: Convert blobSigningKey also into local variable and make necessary changes to accommodate this change.
Remove the New method added in arvadosclient.go and revert MakeArvadosClient to what it was before.

7167: update run_test_servers.py to use action="store_true" instead of converting string to boolean.

7159: Address golint complaints

7159: Omit non-Keep blobs from index

Merge branch 'master' into 7167-keep-rsync

7167: Convert most of the globals in keep-sync into locals and update all the code and tests as needed.

7159: Return benign os.ErrNotExist error from Compare to avoid excessive logs. refs #7159

7159: Fix error handling when reading full size block. refs #7159

7167: Propagate read errors to caller. Fixes failing TestTransferShortBuffer.

Warn about unhandled case if broken node has no ping time. refs #7286

Merge branch '7159-empty-blob-race' refs #7159

7159: Shorten race waits during generic tests

7159: Log when waiting for get/put races