Merge branch 'master' into 3112-report-bug

3149: Clarify comments. Stick with a-b-c data keys where possible;
when not possible, explain why not.

Merge branch '3149-filter-any' refs #3149

3149: Explain what "any" does as a filter attribute.

Fix test fixtures breaking Workbench tests. refs #3171

Merge branch 'master' into 3112-report-bug

Do not blow up when stdout!=subprocess.PIPE. no issue #

Merge branch '3660-project-editable' closes #3660

3660: Clarify self-contradicting comment.

Update Gemfile.lock. refs #3405

Merge branch '3171-admin-groups' closes #3171

Instead of munging TASK_WORK var, mkdir -p it (and therefore JOB_WORK)
in setup script.

Without this, scripts that write to arvados.current_job().tmpdir
(i.e., JOB_WORK) fail.

No issue #

Merge branch '3112-report-bug' into 3642-search-for-active-only

3620: minor test update

Merge branch '3112-report-bug' into 3620-admin-only-gear-menu

3112: move manage account testing into its own file

Merge branch '3112-report-bug' into 3642-search-for-active-only

Merge branch '3112-report-bug' into 3620-admin-only-gear-menu

3112: update issue report routes config and some other minor test updates.

Do not blow up with pipeline has a plain value in a script_parameter. No issue #

3112: fix indentation

3112: add some space below the submit button and alert panel

Merge branch 'master' into 3036-collection-uuids

Conflicts:
sdk/python/arvados/commands/put.py
services/api/app/controllers/application_controller.rb
services/api/app/controllers/arvados/v1/collections_controller.rb
services/api/app/models/arvados_model.rb
services/api/test/fixtures/groups.yml
services/api/test/fixtures/links.yml

3112: minor cleanup

Merge branch '3112-report-bug' into 3620-admin-only-gear-menu

Merge branch '3112-report-bug' into 3642-search-for-active-only

Merge branch 'master' into 3112-report-bug

3642: display search box in topnav only to active users

Merge branch '3171-group-membership' refs #3171

3171: Merge branch 'master' into 3171-group-membership

Conflicts:
services/api/test/fixtures/links.yml

3171: Fix wording, update docs.

3620: display gear menu to admin users only. update the layout tests accordingly.

Merge branch '3448-keep-put-timestamps'

Closes #3448.

Merge branch 'master' into 3112-report-bug

3112: minor update in application layout test

Merge branch 'master' into 3112-report-bug

3112: Move profile testing out of application_layout_test.rb into it's own file for better testability.

Do not blow up in crunch-dispatch.rb: do not pass --jobs and --pipelines
arguments to Rails.

no issue #

Do not blow up in crunch-dispatch: fix syntax error. Ouch.

no issue #

Merge branch 'master' into 3112-report-bug

3448: update tests with "untouchable" volumes

Added a "Touchable" flag to MockVolume, so that we can test that
PutBlock does the right thing when Touch fails.  Previous code was using
volume.Bad as an attempt to test this, but that short-circuited the Put
request before it ever attempted to call Touch.

Added TODOs with more testing improvements we can make as time permits.

3354: add integration tests verify textile descriptions for projects

Merge branch 'multiple-dispatch' no issue #

crunch-dispatch can run --jobs, --pipelines, or both.

3136: Fetch actual job objects for use in rendering pipeline jobs.

With new apiserver, after upload, arv-put prints portable data hash instead of
collection uuid for compatibility with crunch.  refs #3504

3149: Propagate filters from remote->dialog->infinite. Fix tests.

3149: Do not blow up on small devices/windows.

3149: Do not preload results in search dialog. Let infinite scroll do it.

3149: Fix infinite scroll not updating after retry/refresh.

3149: Fix user-controlled filters overwriting page-controlled filters.

3149: Let Workbench server do all the filtering where infinite-scroll facilities exist.

3149: Propagate search string to Workbench server using filters param.

3149: Untabify.

3149: Fix operator precedence in SQL statements built from record_filters.

3149: Support "ilike" operator in record_filters.

3149: Support "any" and array in filter "column" element.

Merge branch 'master' into 3112-report-bug

Conflicts:
services/api/config/application.default.yml

closes #3153
Merge branch '3153-auto-setup-user'

3153: update the newly added vm login link to not point to the "active" user

closes #3153
Merge branch '3153-auto-setup-user'

Merge branch 'master' into 3153-auto-setup-user

3627: Add hover highlight to Home project on dashboard.

3627: Really make Home project selectable in project chooser.

3627: More consistent icons/headings in projects dropdown and chooser.

3627: Grey out unselectable projects in chooser.

Fix user agreements page when no signatures needed. Add tests. No issue #

3627: "My Projects" is now called "Home" and is always selectable in choosers.

Fix disabled Continue button on user agreements page. No issue #

3354: ordinary Textile link markup was no longer working - fixed by checking to see if the link was interpreted as an Arvados object.

3354: Rename render_content_from_database helper to render_markup, as a more directly descriptive method name.

3112: trailing white space

3112: report issue success event handling working in 404 error page.

3112: update report_issue.js to confine event handling to report issue. WIP: mostly working, except from the 404 error page.

3660: Show add/run buttons if project is writable.

Hide move/delete buttons if move is impossible.

3171: Add administrator UI for toggling user<->role permissions.

Merge branch 'master' into 3153-auto-setup-user

3153: minor test updates: rename the variable "active_recipients" as "new_user_recipients" to ensure test readability.

3153: update tests to look for new user created message also when an inactive user is being created.

3153: when new_users_are_active config param is set, even blacklisted users will be "active", and hence the email notification would say the user is setup when auto_setup_new_users is set.

Merge branch '3153-auto-setup-tests' into 3153-auto-setup-user

3153: change variable name in test from valid_username to ok_to_auto_setup

3153: directly invoke setup method during auto-setup

3153: Add integration tests.

Accomodate otherwise valid user-supplied portable data hashes with no size
hint, as provided by crunch.

Merge branch 'master' into 3112-report-bug

Merge branch 'master' into 3036-collection-uuids

Reject empty fields in job creation filters. no issue #

Merge branch 'master' into 3112-report-bug

closes #3183
Merge branch '3188-remove-selected-button'

Merge branch 'master' into 3188-remove-selected-button

3153: fix the while loop logic.

Improve error checking a bit on find_commit_range for bad revisions and missing
repositories.  no issue #

3112: reload current location when error report modal is closing. otherwise, the modal does not show up if the help menu dropdown option is used right after sending an error report from within the 404 page.

3112: modal is shown by js

Display first file in collection if name field is nil or empty. refs #3504

Change 'expire_time' column to 'expires_at' for consistency with other date
columns.

Display first file in collection if name field is nil or empty. refs #3504

3448: unit tests, bug fixes

UnixVolume.Delete tests the return status of lockfile (oops, left out of
previous commit)

New unit/integration tests:

* TestPutTouch (volume_unix_test.go): issues a volume.Put for a block
  that already exists, and confirms that the mtime of the existing block
  is updated.

* TestPutBlockTouchFails (keepstore_test.go): issues PutBlock for a
  block that already exists but cannot be modified, confirms that the
  mtime on the old block is unchanged and that a new copy has been
  stored.

Added a volume.Mtime() method to return the block mtime, to assist in
testing.

3112: ajax event handling on form not working. reverting back to document for now.