Merge branch '2934-limit-crunch-logs' of git.curoverse.com:arvados into 2934-limit-crunch-logs

Fixing broken rebase

Merge branch 'origin-2883-job-log-viewer' closes #2883

2883: Moved addToLogViewer function out of the template and into assets and
reformatted it properly.

Merge branch '2879-docker-image-installer'

Refs #2879.  Closes #2998, #3006.

2879: arv-keepdocker reports a better error for ambiguous hashes.

Refs #2879.

2879: Clarify Docker image search behavior in Keep installer.

2879: Docker Keep installer returns 0 if image already installed.

2879: Add arv-keepdocker command.

This puts a Docker image in Keep, and makes Arvados links to help find
the Collection by the image's names.

2879: arv-put main() returns what it prints.

This will enable other tools to reuse the results.

2879: Move Python is_hex function to arvados.util.

2879: Split arv-put's ArgumentParser into module segments.

This will let us use different pieces as a parent parser for other
tools, which I plan to do for the Docker image uploader.

2879: Factor out arv-put's cache creation to a utility library.

This function will be useful for the Docker image uploader, and
probably other tools as well.

2755: Merge branch '2755-require-keep-permission' refs #2755

2755: Fix handling of stripped/orig manifest text.

2883: Added filtering for crunchstat, slurm log lines.

2755: Preserve blob signatures in manifest_text passed to collections.create.

Expanded search path for cgroup stats, changed command line interface a bit.
Also adjusted polling interval to every 10 seconds istead of every 1 second.
refs #2882

Bugfix in logging which cgroup stats files it uses.  refs #2882

Bugfix searching for cgroup stats files.  refs #2882

Crunchstat logs where it reads its stats from.  refs #2882

Runs crunch script using "stdbuf -o0 -e0" so stdout and stderr are unbuffered,
solves problem of stdout showing up out of order and with incorrect time stamps
in logs.  no issue #

2755: Fix unfinished comment.

Made a note about user how permissions are applied when attempting to create a
token for another user.  Test for this case already exists.  closes #2350.

2934: add limits for crunch job log generation.

* crunch_limit_log_events_per_job
* crunch_limit_log_event_bytes_per_job

  Limit the number of events a job may log, and the total number of
  bytes a job may log.

* crunch_log_bytes_per_event
* crunch_log_seconds_between_events

  Set minimum logging thresholds: event logs will only be flushed to the
  database when at least crunch_log_bytes_per_event have been generated,
  or crunch_log_seconds_between_events have passed.

Integration test CrunchDispatchTest exercised creating a job.

Refs #2934.

Merge branch 'origin-2882-job-process-stats' refs #2882

2882: Search subdirectories of cgroup for stats, because compute0 has a
slightly different cgroup layout from what's on my workstation (wtf?).

2883: Removed commented out code related to live loading (saved it to another branch).

2883: Adjusted task type column width.  Commented out code for working with
live-updating logs, it almost works but there are some complications.

2755: Add api server config to enable mandatory Keep signatures.

2883: Adjust timestamp display based on timezone and locale.

2883: Live updating log wip

2883: Styling column widths so they don't jump around when filters are turned
on and off.

2883: Moved hardcoded styles out into a stylesheet.

2883: Log viewer works, supports sorting and filtering.

refs #2871
Merge branch '2871-preload-objects'

2871: fix the typo caught by integration test

closes #2871
Merge branch '2871-preload-objects'

2883: Initial work on fetching and parsing job log

Bugfix: the discovery doc should not clobber defaults values with the
word 'string'. Instead, make sure the default values are always exposed
as a string, which is something the java google apiclient is sensitive
to.

Refs no issue #

Added error-handler for x-editable that extracts Arvados API error field for
display, closes #2819

2871: add andand to prevent error

Merge branch 'master' into 2871-preload-objects

Merge branch '2961-load-tab-partials' closes #2961

arv-run-pipeline-instance should not keep trying to create jobs when the
API server returns an error on job creation.

This closes #3005

Merge branch '2826-simple-go-sdk' closes #2826

Fix inconsistent JSON error return behavior on job create.

refs #3004

Merge branch '2880-crunch-dispatch-node-constraints'

Closes #2880, #2976, #2993.

2880: Don't dispatch Jobs until runtime constraints are met.

This retains the same FIFO approach to the Job queue that
crunch-dispatch currently uses, but now when it encounters a Job whose
constraints are not met:

* it may wait for a while to see if the Node Manager makes Nodes
  available, if it hasn't done that this hour; and

* it leaves that Job in the queue and tries to process the next one.

See #2880 for further background.  The exact parameters of "waiting
for Nodes" will probably need tuning, but that will be easier to do
after it's been in production for a while.

2880: Improve error reporting when crunch-dispatch updates node status.

2880: crunch-dispatch must stop putting symbols in the database.

2961: Removed calls to wait_for_ajax, fixes user tests.

2961: user-setup-modal-window div is no longer in footer_html because it is
loaded using AJAX.

2961: Don't call #render_index from #index on folders_controller because #index
is also used by #choose and the index does not have any tabs.

2961: Do not include meta tag for websockets if there is no websockets in the
discovery document.

2961: Fixed name of collection on collection show page to fix test.

2961: Track valid/up to date state for each panel, only reload panels when they
are out of date (based on event log) and visible to user.

2961: Added use count so ajax loading icon is accurate when there are multiple
outstanding ajax requests.

2961: Removed dangling close div.

2961: Added missing user uuid to session.

Merge branch 'master' into 2961-load-tab-partials

Fix for running workbench against server that doesn't have 'Job.supplied_script_version' yet.  refs #2939

2961: Job index needs to call super sometimes, render_index other times.

2961: Changed index methods on some controllers to use render_index instead of
super, to skip the default index query logic but still apply the tab partial
logic.

Merge branch 'master' into 2871-preload-objects

2871: trailing whitespace

Specify server-side keep-alive ping interval for websockets.  no issue #

2961: Escaped erb used embedded in javascript.  Updated comments in
event_log.js.  Removed debug put from ApplicationController.

Merge branch 'master' into 2871-preload-objects

2871: test preload_objects_for_dataclass helper method

Add puma to the Gemfile for the API server; we use it for the websockets
server.

no issue #

2871: preload_log_collections tests

2871: more testing

2871: more tests

2871: test invoking methods a second time to retrieve preloaded data

2871: add tests for get_n_objects_of_class helper method

2961: Collections show controller now delegates to super to handle tabs
properly.

2871: add tests for preload_collections_for_objects helper method

2871: add input checks for helper methods. start adding functional tests for the helper methods.

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 2961-load-tab-partials

2961: Save user information as part of the session cookie, eliminates looking
up current user when rendering every page and panel, this means 2x reduction in
latency when the panel only requires 1 API lookup otherwise.

Merge branch 'master' into 2871-preload-objects

Merge branch '2857-collection-tests'

Closes #2857.

Merge branch 'master' into 2871-preload-objects

2857: strip signatures from manifests before testing equality.

As Brett observed, the "post" method in these tests mutates its
argument. For a valid test, we must ensure that the source data has not
been transformed into the result data.

For tests which do not care about validating the signatures, we just
strip out the signatures from the result manifest before comparing it to
the source.

Refs #2857.

2961: Added checks if we are rendering a tab partial and skips expensive calls
to the API server if not needed to render the requested tab pane.

Merge branch 'master' into 2857-collection-tests

Merge branch '2955-fail-orphan-jobs' closes #2955

Reverted change a0aba6d "crunch-dispatch now sends a clean environment to crunch-job"

Merge branch 'master' into 2955-fail-orphan-jobs

Reverted change a0aba6d "crunch-dispatch now sends a clean environment to crunch-job" refs #2882.

Merge branch '2880-compute-ping-stats'

Closes #2967, #2975.

2880: API server saves node statistics from pings.

Crunch will use this information when scheduling Jobs, to satisfy
specified runtime constraints.  Getting this data into the pings is
the responsibility of the node's ping script.

2882: Workbench generic create controller adds JSON href attribute.

This is a bugfix commit.  This detail got lost when create stopped
calling show to render the object.  Refs #2882.

2961: Now loads tab panes (past the first one) in the background.
Automatically triggers reload of tab panes when receiving a changed event from
websocket.

2961: Removed spurious elementId from subscribeToEventLog(). Added arv-log-event-listener[data-object-type="xxxxx"] to
match on uuid types.

Fixes PipelineInstancesControllerTest.  application_controller#create now does
the right thing based on requested response format.  refs #2882

2857: fix flaky time-sensitive tests

Allow tests to inject a mock Time object into Blob, in order to generate
consistent behavior for tests that rely on permission signatures.

Closes #2857.

Merge branch '2882-job-process-stats' refs #2882

2955: Renamed script to "cancel_stale_jobs".  Fixed spelling canceled_at -> cancelled_at.

2961: Added tab_pane query parameter which returns just the desired tab pane partial.