upgrade gem dependencies

upgrade gem dependencies

include "href" key for each object in API response

improve error message when API response is valid JSON but not a hash

in log_tail_follow, emit recent messages at top of live stream. fixes #1590

store the last ~512 KiB of job log messages in a redis buffer. fixes #1589

improve error message when crunch-job is not found

send queue/worker stats while waiting for job to start. fixes #1591

update node info[:slurm_state] when running sinfo. fixes #1606

allow crunch-job caller to override CRUNCH_TMP. fixes #1593

fix infinite exec loop

fix infinite loop if CONT signal received while todo is empty

upgrade gem versions in Gemfile.lock

set/unset ARVADOS_API_HOST_INSECURE in cli setup instructions

rename jobs.resource_limits to runtime_constraints

add Real Time Genomics pipeline template

add crunch scripts for Real Time Genomics pipeline

add note about running crunch jobs with no git repo at all

Migrate the test database to 0 instead of trying to "drop database".

This way, the database credentials used for testing do not need
create/drop database privileges.

add a few fixtures and tests for API. refs #1517 refs #1510

fix down-migration: add_column should have been remove_column

Ignore failure in data-migration part of old schema migration.

The migration should succeed if the Metadatum model did not exist in
the version of the project that was used to run the migration.

Fix exception if api_client_authorization does not reference a valid user.

add local job debugging tutorial. closes #1515

fix exception when script_version is nil

add ruby wrapper around crunch-job

move crunch-job to arv-crunch-job and add to arvados-cli gem

fill in intro-to-git page

update API tokens doc to match current API tokens page

do not munge hash keys in client-provided request. fixes #1516

test API update semantics, confirm put/get cycle preserves components{} hash
refs #1517

update "correct answer" hashes in collection tests - see 3f431d852579ee433197fb1c29e6db374ccb4b9e

During task setup, if it exists, run /crunch_scripts/install instead
of /install.sh

pass api_token and pipeline_instance in request body instead of query string

Modify API discovery document and CLI tool so resource objects can be
supplied in the request body (instead of the query string) for Create
and Update methods.

escape spaces in manifest filenames

add CollectionWriter.write_directory_tree()

maintain directory structure in collection_extract

fix extra empty stream in all_streams() response

overwrite existing files in stream_extract

add util.listdir_recursive()

fix os.path.dirname usage

fix out of scope function use

mkdir -p in collection_extract()

add one-task-per-stream utils

fix stream names in CollectionWriter

use . as default stream name

fix infinite loop in flush_data

allow caller to override std* pipes in run_command

add zipball_extract

add crunch_scripts/file-select

Revert "remove extra newline"

This reverts commit 3a803d6306dfe68a664246fc93b87d72b171909d.

replace compute_node_security_group config with generic compute_node_ec2run_args

Typo in the 'create virtual machine' command.

fix :id -> {uuid} subst in discovery doc when generating from rails routes

allow admin to change object UUIDs

use ssh -T to silence pty warning

fix spelling of arv argument

clean up jobs page, add expand/collapse

tone down css on jobs index

fix uuid column heading on jobs index

update crunch install doc

lock CRUNCH_DISPATCH_LOCKFILE while running, if provided

add links beside editable object uuids

put back :find_object_by_uuid in virtual_machines controller

fix exception in get_all_logins when user has no authorized_keys

gitignore arvados-cli gem

add auth scopes

fix example ssh command

show copy-paste-friendly current token at top of API Tokens page

clean up SDK examples

fix top nav extra padding with responsive + small window

fix bash "read -d" usage

fix backward-compatible env var

say "interrupt" nicely instead of a stack trace on ^C

add --no-reuse and --no-reuse-finished options to arv-run-pipeline-instance

added PuTTY instructions to docs site

Fix numbering of tutorials on workbench landing page.

use find() instead of where() to get a single object

hide account summary bar if user is not activated yet

count files instead of specimens on dashboard

count accessible objects instead of owned objects on dashboard

fix "pipeline run" command

fix pipeline component names

use "nano" instead of pseudocode "edit"

new dashboard content

add new-pipeline tutorial

fix command line parsing

add "arv pipeline run" -> "arv-run-pipeline-instance" wrapper

rename wh-run-pipeline-instance to arv-run-pipeline-instance

link job and collection uuids to workbench pages

strip extra newline

add usr/local/arvados/src pythonpath

fix namespace

prepend to PYTHONPATH instead of replacing

fix job dependencies -- grok arrays and hashes in script_parameters

add collection-merge script

add CollectionReader.manifest_text()

comments

tweak example templates