ignore Keep hints when verifying collection uuid == md5sum

Remove superfluous fields from the Link object.

Weed out (most of) the unnecessary leftover bits in our rest discovery file.

show "sinfo" results on /nodes page

add PipelineInvocation#properties

let pipeline_invocation#active be a regular attribute

accept json-encoded pipeline[components] param

allow re-saving an existing collection without complaint

check serialized attribute types during create/update

set modified_by_user=nil instead of breaking if no user is logged in

do not require user login for node#ping

sort lists on modified_at by default

use old owner, not new owner, when checking permission to change attributes

include data_size and files list in Collection api response

Support

  where={"any":["contains","hu34"]}

style parameter. For now, 'any' just means a field called 'name'

When no limit is supplied, limit number of index results to 100.

support limit parameter in #index

add Job#dependencies

Back out upgrade to MultiJson for now until we upgrade to rails 3.2. See
comment in Gemfile.

Switch to MultiJson which uses Oj under the hood (since it is available).

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:orvos-server

Switch to Oj for JSON parsing.

add permission logging

add Job#priority

fix setting modified_* and default owner when creating objects

add Job and JobStep resources

Add deploy scripts for the Orvos instance on Ant.

fix login bug

support return_to after logout

add /users/current method

move development.rb to development.rb.example

fix permissions to accommodate nodes#ping and user_sessions#create exemptions

add /orvos/v1/users

create content-addressed collections with uuid=locator

tighten up automatic uuid assignment

fix (Time.now - nil) exception

add PipelineInvocation#active, and try to set success=false when needed

fix default Link#properties

add Specimen#properties

tweak eager loading

add some admin privileges to make bootstrapping possible

rename Metadatum to Link, head to head_uuid, tail to tail_uuid

fix db query

fix OrvosModel#index permissions

fix ownership-change permission check

fix check for owner==current_user

fix exception when current_api_client==nil

move created_by to owner

add Pipeline#dependencies

Remove duplicate configuration value in lib/josh_id.rb.
CUSTOM_PROVIDER_URL is now only defined in
config/initializers/omniauth.rb

Make josh_id propagate return_to as a GET parameter, and use that GET
parameter instead of session[] when redirecting in create().  Using
session[] is inappropriate: completing a login in browser window A can
cause a token to be sent to a different API client who has requested a
token in window B.

Fix comment.

fix error response

add permission checks

set created_by/at and modified_by/at attributes when saving objects

fix missing user variable

install omniauth.rb during deploy

connect user authentication to API client authorization

add User model features and uuid index
add missing attribute Log#modified_at
remove duplicate code blocks

add omniauth.rb.example

Drop superfluous comment.

Authenticate against auth.clinicalfuture.com

add missing timestamp and route, set default event_at=Time.now

add Log resource

ignore editor backup files

add hardcoded_api_tokens.rb.example

stub authentication check

More test env tweaks + first collections api test

Very basic tests for /collections, /nodes, /pipeline_invocations

A few fixture fixes

Ignore local .rvmrc file

support where:{attr:[a,b,c]} query, check :eager param more carefully

skip abstract classes in schema controller

implement general params[:where] and eager loading of associations

rename metadata attributes to head/tail

tag ec2 nodes; add --client-token to ec2-run command for idempotency

put AMI id in config file instead of hard coded

Update to latest Rails 3.1 release

provide metadata head_kind, head_uuid in api response
if value is orvos#type#uuid; tweak "specimen" inflections

fix error handling

remove extraneous Metadata#create

add boilerplate for Project resource

fix missing route

add Project resource

tweak uuid generators - use last N digits instead of first N

add Specimen resource

add /orvos/v1/schema

More capistrano fixes

add /collections html view, dry up CollectionsController

remove extraneous html tag

add missing require

improve default nameservers list

include nameservers in Node api responses

add api template for pipeline_invocation

add pipeline_invocations html view

Deploy script fixes.

eliminate extra layer {type: ...} in API responses

add api template for pipelines, collections, metadata

add shared "common" template with kind and etag

copy config files and bundle install --local before deploy:assets:precompile