21364: changed button disable to track itemsAvailable.length Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21364: added reset_items_available method Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21364: changed elementPath to only display if am elment is selected Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21364: loadmore button now disables if it cant load more Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21364: fixed loadmore button css Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21020: Streamline settings.conf reference instructions

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Expound documentation for setting up arv-copy

Explain the process in more detail. Update it for Workbench 2.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21705: Update go dependencies, drop support for Go < 1.21.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21020: Copyedit arv-copy documentation

For more consistent typography and capitalization.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '21660-inode-test-race'

fixes #21660

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21020: Warn user if a file can't be found under a custom $XDG_*_HOME

This is primarily meant to be a transitional aid on the off-chance that
someone had a program working under the 2.7 SDK with, e.g.,
~/.config/arvados/settings.conf but a custom $XDG_CONFIG_HOME.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '21704-eject-cra'

closes #21704

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21020: Remove arvados.commands._util.make_home_conf_dir

Obsoleted by, and unused after, arvados.util._BaseDirectories.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21224: fixed render cutoff in expanded chip section

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21224: added test for single vs multi line descriptions

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21224: fixed single-line toggle height

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21224: fixed chip toggle spec

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21224: replaced description width with margin-right

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21704: clarified comments

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21704: added more comments

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21704: fixed condensed/reverted test changes

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21704: fixed bannner test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Merge branch '21705-go121'

refs #21705

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '21840-jenkins-builds-wheels'

Refs #21840.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21840: Fix glob to find wheels

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21840: Add wheels to the Jenkins Python package build

We were previously doing this in run_upload_packages. Now that that tool
is doing pure uploads with twine, we need to build the wheels in Jenkins
instead.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21705: Downgrade to Go 1.21 to avoid glibc compatibility issue.

See
* https://github.com/sylabs/singularity/releases/tag/v4.1.3
* https://github.com/sylabs/singularity/issues/2677
* https://github.com/golang/go/issues/65625
* https://dev.arvados.org/issues/21705#note-13

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '21705-go-deps'

refs #21705

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21705: Spell out entire config key for IAMRole.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Fix test for debian 12.

A debian 11 container cannot run a binary built on a debian 12 host.
But a debian 12 container can run binaries built on either release.

No issue #

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21020: Update web documentation for CLI tools

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Refine arv-copy --src and --dst help

Try to be more explicit about possible values and defaults.
Use Markdown-inspired backticks for literal quotes.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Remove the make_block_cache test utility function

Clearing the user's cache is pretty rude for the tests to do, even if
it's "safe."

This causes the CollectionWriter tests around replication to
fail. They're not worth fixing since there's already a branch for #15397
to remove them wholesale.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Sort imports to follow PEP 8

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Update arv-put to use cache directories from environment

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Generalize arv-put's arvados.util import

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Add subdirectory argument to storage_path

A lot of users want this anyway so this is an easy way to DRY things
up.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Get default Keep cache directory from environment

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Sort imports to follow PEP 8

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Adjust spacing to follow PEP 8

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Make arv-keepdocker use a cache from the environment

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Make arvados.api.http_cache get a path from the environment

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Make arv-copy search from environment

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Make arvados.config search from environment

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21020: Introduce BaseDirectory classes to arvados.util

This is common functionality that will be used throughout the Python
tools to support base directory searching.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21705: Remove IAMRole config and update docs.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21705: Use context.Background() for aws sdk calls.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21705: Fixup error wrapping and logging.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '21640-max-nofile'

fixes #21640

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '12917-group-contents-include-container'

closes #12917

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21704: fixed auth-action test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21660: Fix test race.

The test case needs to wait for the _inode_remove_queue tasks to be
completed, but _inode_remove method was calling task_done() too early
in the case of tasks that are deferred until evict_candidates.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21704: fixed auth-reducer test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21834: Restore timestamps in stdout.txt, stderr.txt.

Removed inadvertently in 5dfd9a57f9d65ea91295e8502cf7f6e748fc4010.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '21705-go-deps'

refs #21705

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21704: Transform mime & tippy.js modules so that jest is happy.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

15397: Move remaining Mail configs to Users section.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21704: removed excess config files accidentally added to previous commit

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21704: new branch

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Arvbox want openssh-server, no issue #

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21640: Stop accidentally reducing NOFILE limit.

LimitNOFILE=65536 used to increase softlimit from 1024 to 65536.  But
Go >= 1.19 automatically raises softlimit to hardlimit, so now
LimitNOFILE=65536 only serves to reduce hardlimit from 524288 to
65536, which we don't want.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

15397: Remove usage of default_owner_uuid.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

15397: Remove default_owner_uuid from SDKs and workbench.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

12917: Update documentation for "include" parameter.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

12917: Support include=container_uuid at groups#contents endpoint.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '21718-memoryview-decode' refs #21718

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch '21718-memoryview-readfrom-v2'  refs #21718

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch '21712-favorites-overwrite-bug'

closes #21712

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21720: updated modulePaths

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

15397: Remove default_owner_uuid from docs/examples.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21718: Review comments

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21718: Add "return_memoryview" flag to read() and readfrom()

If return_memoryview is true, always return memoryview.  This makes
for more consistent read() and readfrom() behavior.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21718: Update cwltool dependency

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21718: Remove unused import

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21718: Replace .decode method with str(bytes, "utf-8")

This is because some bytes-like objects (such as memoryview) don't
have a "decode()" method. It appears that the preferred way to get a
decoded string is to simply call the constructor with the bytes-like
object and the desired encoding.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

15397: Add trailing slash to dir links, to avoid extra redirect.

Thanks to linkchecker warnings.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21720: changed runTimersToTime to advanceTimersByTime

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21720: upgraded mime to 4.0.3

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21720: added type assertions for AxiosInstance get

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21720: added missing user properties in auth-reducer.test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21720: added type assertions for AxiosInstance post

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21720: added canwrite & canmanage to user.test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21720: ejected, add path fallback in webpackConfig, added mockwindow in redirect.test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

15397: Remove config and code for enabling Jobs/crunch1 API.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

15397: Update example to use non-deleted API.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

15397: Remove structs for deleted APIs.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

15397: Remove deprecated arvados.Keep class.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

15397: Remove deprecated arvados.util.list_all().

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

15397: Fix improperly quoted regexps.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

15397: Remove Python2-only code.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

15397: Fix usage of deprecated assertRegexpMatches.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

15397: Fix improperly quoted regexps.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

15397: Remove deprecated Python SDK facilities.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21720: added react-scripts@5.0.0

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21712: added category param in link verification function

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21224: removed stray .only

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21224: fixed project card test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21224: fixed user card test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21224: renamed DetailsCardRoot

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21224: removed vestigial parser

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>