21367: Add arvados virtualenv to $PATH
[arvados.git] / README.md
index 6e7557f45ef1e3b2dece52652140b98f645961b1..fced2eb5b72637a45a0577118151352a7f89091c 100644 (file)
--- a/README.md
+++ b/README.md
@@ -1,68 +1,96 @@
-== APIClient
-
-Homepage::  google-api-ruby-client[http://code.google.com/p/google-api-ruby-client/]
-Authors::   Bob Aman (mailto:bobaman@google.com), Matt Pokrzywa (mailto:mattpok@google.com)
-Copyright:: Copyright 2010 Google Inc.
-License::   Apache 2.0
-
-== Description
-
-The Google API Ruby Client makes it trivial to discover and access supported
-APIs.
-
-== Example Usage
-
-  # Initialize the client
-  require 'google/api_client'
-  require 'signet/oauth_1/client'
-  client = Google::APIClient.new(
-    :service => 'buzz',
-    # Buzz has API-specific endpoints
-    :authorization => Signet::OAuth1::Client.new(
-      :temporary_credential_uri =>
-        'https://www.google.com/accounts/OAuthGetRequestToken',
-      :authorization_uri =>
-        'https://www.google.com/buzz/api/auth/OAuthAuthorizeToken',
-      :token_credential_uri =>
-        'https://www.google.com/accounts/OAuthGetAccessToken',
-      :client_credential_key => 'anonymous',
-      :client_credential_secret => 'anonymous'
-    )
-  )
-  client.authorization.fetch_temporary_credential!(
-    :additional_parameters => {
-      'scope' => 'https://www.googleapis.com/auth/buzz'
-    }
-  )
-  redirect_uri = client.authorization.authorization_uri(
-    :additional_parameters => {
-      'domain' => client.authorization.client_credential_key,
-      'scope' => 'https://www.googleapis.com/auth/buzz'
-    }
-  )
-  # Redirect user here
-  client.authorization.fetch_token_credential!(:verifier => '12345')
-
-  # Discover available methods
-  method_names = client.discovered_api('buzz').to_h.keys
-
-  # Make an API call
-  response = client.execute(
-    'chili.activities.list',
-    {'scope' => '@self', 'userId' => '@me', 'alt' => 'json'}
-  )
-  status, headers, body = response
-
-== Install
-
-Be sure both http://gems.github.com/ and http://rubygems.org/ are in your gem
-sources.
-
-For normal client usage, this is sufficient:
-
-sudo gem install google-api-client
-
-The command line interface, the example applications, and the test suite
-require additional dependencies. These may be obtained with:
-
-sudo gem install google-api-client --development --force --no-rdoc --no-ri
+[comment]: # (Copyright © The Arvados Authors. All rights reserved.)
+[comment]: # ()
+[comment]: # (SPDX-License-Identifier: CC-BY-SA-3.0)
+
+[![Join the chat at https://gitter.im/arvados/community](https://badges.gitter.im/arvados/community.svg)](https://gitter.im/arvados/community?utm_source=badge&utm_medium=badge&utm_campaign=pr-badge&utm_content=badge) | [Installing Arvados](https://doc.arvados.org/install/index.html) | [Installing Client SDKs](https://doc.arvados.org/sdk/index.html) | [Report a bug](https://dev.arvados.org/projects/arvados/issues/new) | [Development and Contributing](CONTRIBUTING.md)
+
+<img align="right" src="doc/images/dax.png" height="240px">
+
+[Arvados](https://arvados.org) is an open source platform for
+managing, processing, and sharing genomic and other large scientific
+and biomedical data.  With Arvados, bioinformaticians run and scale
+compute-intensive workflows, developers create biomedical
+applications, and IT administrators manage large compute and storage
+resources.
+
+The key components of Arvados are:
+
+* *Keep*: Keep is the Arvados storage system for managing and storing large
+collections of files.  Keep combines content addressing and a
+distributed storage architecture resulting in both high reliability
+and high throughput.  Every file stored in Keep can be accurately
+verified every time it is retrieved.  Keep supports the creation of
+collections as a flexible way to define data sets without having to
+re-organize or needlessly copy data. Keep works on a wide range of
+underlying filesystems and object stores.
+
+* *Crunch*: Crunch is the orchestration system for running [Common Workflow Language](https://www.commonwl.org) workflows. It is
+designed to maintain data provenance and workflow
+reproducibility. Crunch automatically tracks data inputs and outputs
+through Keep and executes workflow processes in Docker containers.  In
+a cloud environment, Crunch optimizes costs by scaling compute on demand.
+
+* *Workbench*: The Workbench web application allows users to interactively access
+Arvados functionality.  It is especially helpful for querying and
+browsing data, visualizing provenance, and tracking the progress of
+workflows.
+
+* *Command Line tools*: The command line interface (CLI) provides convenient access to Arvados
+functionality in the Arvados platform from the command line.
+
+* *API and SDKs*: Arvados is designed to be integrated with existing infrastructure. All
+the services in Arvados are accessed through a RESTful API.  SDKs are
+available for Python, Go, R, Perl, Ruby, and Java.
+
+# Quick start
+
+To try out Arvados on your local workstation, you can use Arvbox, which
+provides Arvados components pre-installed in a Docker container (requires
+Docker 1.9+).  After cloning the Arvados git repository:
+
+```
+$ cd arvados/tools/arvbox/bin
+$ ./arvbox start localdemo
+```
+
+In this mode you will only be able to connect to Arvbox from the same host.  To
+configure Arvbox to be accessible over a network and for other options see
+http://doc.arvados.org/install/arvbox.html for details.
+
+# Documentation
+
+Complete documentation, including the [User Guide](https://doc.arvados.org/user/index.html), [Installation documentation](https://doc.arvados.org/install/index.html), [Administrator documentation](https://doc.arvados.org/admin/index.html) and
+[API documentation](https://doc.arvados.org/api/index.html) is available at http://doc.arvados.org/
+
+If you wish to build the Arvados documentation from a local git clone, see
+[doc/README.textile](doc/README.textile) for instructions.
+
+# Community
+
+[![Join the chat at https://gitter.im/arvados/community](https://badges.gitter.im/arvados/community.svg)](https://gitter.im/arvados/community?utm_source=badge&utm_medium=badge&utm_campaign=pr-badge&utm_content=badge)
+
+The [Arvados community channel](https://gitter.im/arvados/community)
+channel at [gitter.im](https://gitter.im) is available for live
+discussion and support.
+
+The [Arvados developement channel](https://gitter.im/arvados/development)
+channel at [gitter.im](https://gitter.im) is used to coordinate development.
+
+The [Arvados user mailing list](http://lists.arvados.org/mailman/listinfo/arvados)
+is used to announce new versions and other news.
+
+All participants are expected to abide by the [Arvados Code of Conduct](CODE_OF_CONDUCT.md).
+
+# Reporting bugs
+
+[Report a bug](https://dev.arvados.org/projects/arvados/issues/new) on [dev.arvados.org](https://dev.arvados.org).
+
+# Development and Contributing
+
+See [CONTRIBUTING](CONTRIBUTING.md) for information about Arvados development and how to contribute to the Arvados project.
+
+The [development road map](https://dev.arvados.org/issues/gantt?utf8=%E2%9C%93&set_filter=1&gantt=1&f%5B%5D=project_id&op%5Bproject_id%5D=%3D&v%5Bproject_id%5D%5B%5D=49&f%5B%5D=&zoom=1) outlines some of the project priorities over the next twelve months.
+
+# Licensing
+
+Arvados is Free Software.  See [COPYING](COPYING) for information about the open source licenses used in Arvados.