Merge branch 'master' into 14965-arv-mount-py-three
[arvados.git] / doc / sdk / cli / subcommands.html.textile.liquid
index 5d82f7ac01dcc859cf4a0edc7d4f061a554c90d4..b23ec46fa75f35f1955aea204d3f01bd6407f365 100644 (file)
@@ -5,6 +5,11 @@ navmenu: CLI
 title: "arv subcommands"
 
 ...
+{% comment %}
+Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
+
+SPDX-License-Identifier: CC-BY-SA-3.0
+{% endcomment %}
 
 _In order to use the @arv@ command, make sure that you have a "working environment.":{{site.baseurl}}/user/getting_started/check-environment.html_
 
@@ -21,6 +26,20 @@ Options:
 </pre>
 </notextile>
 
+h3(#arv-get). arv get
+
+@arv get@ can be used to get a textual representation of Arvados objects from the command line. The output can be limited to a subset of the object's fields. This command can be used with only the knowledge of an object's UUID.
+
+<notextile>
+<pre>
+$ <code class="userinput">arv get --help</code>
+Usage: arv [--format json|yaml] get [uuid] [fields...]
+
+Fetch the specified Arvados object, select the specified fields,
+and print a text representation.
+</pre>
+</notextile>
+
 h3(#arv-edit). arv edit
 
 @arv edit@ can be used to edit Arvados objects from the command line. Arv edit opens up the editor of your choice (set the EDITOR environment variable) with the json or yaml description of the object. Saving the file will update the Arvados object on the API server, if it passes validation.
@@ -45,11 +64,11 @@ h3(#arv-copy). arv copy
 <notextile>
 <pre>
 $ <code class="userinput">arv copy --help</code>
-usage: arv-copy [-h] [-v] [--progress] [--no-progress] [-f] --src
-                SOURCE_ARVADOS --dst DESTINATION_ARVADOS [--recursive]
-                [--no-recursive] [--dst-git-repo DST_GIT_REPO]
-                [--project-uuid PROJECT_UUID] [--retries RETRIES]
-                object_uuid
+usage: arv_copy.py [-h] [-v] [--progress] [--no-progress] [-f] --src
+                   SOURCE_ARVADOS --dst DESTINATION_ARVADOS [--recursive]
+                   [--no-recursive] [--dst-git-repo DST_GIT_REPO]
+                   [--project-uuid PROJECT_UUID] [--retries RETRIES]
+                   object_uuid
 
 Copy a pipeline instance, template or collection from one Arvados instance to
 another.
@@ -64,15 +83,15 @@ optional arguments:
   --no-progress         Do not report progress on copying collections.
   -f, --force           Perform copy even if the object appears to exist at
                         the remote destination.
-  --src SOURCE_ARVADOS  The name of the source Arvados instance (required).
-                        May be either a pathname to a config file, or the
-                        basename of a file in
-                        $HOME/.config/arvados/instance_name.conf.
+  --src SOURCE_ARVADOS  The name of the source Arvados instance (required) -
+                        points at an Arvados config file. May be either a
+                        pathname to a config file, or (for example) "foo" as
+                        shorthand for $HOME/.config/arvados/foo.conf.
   --dst DESTINATION_ARVADOS
                         The name of the destination Arvados instance
-                        (required). May be either a pathname to a config file,
-                        or the basename of a file in
-                        $HOME/.config/arvados/instance_name.conf.
+                        (required) - points at an Arvados config file. May be
+                        either a pathname to a config file, or (for example)
+                        "foo" as shorthand for $HOME/.config/arvados/foo.conf.
   --recursive           Recursively copy any dependencies for this object.
                         (default)
   --no-recursive        Do not copy any dependencies. NOTE: if this option is
@@ -121,6 +140,8 @@ arv tag remove --all
 
 h3(#arv-ws). arv ws
 
+This is a frontend to @arv-ws@.
+
 @arv ws@ provides access to the websockets event stream.
 
 <notextile>
@@ -149,7 +170,7 @@ optional arguments:
 
 h3(#arv-keep). arv keep
 
-@arv keep@ provides access to the Keep storage service.
+@arv keep@ commands for accessing the Keep storage service.
 
 <notextile>
 <pre>
@@ -157,12 +178,14 @@ $ <code class="userinput">arv keep --help</code>
 Usage: arv keep [method] [--parameters]
 Use 'arv keep [method] --help' to get more information about specific methods.
 
-Available methods: ls, get, put, less, check, docker
+Available methods: ls, get, put, docker
 </pre>
 </notextile>
 
 h3(#arv-keep-ls). arv keep ls
 
+This is a frontend to @arv-ls@.
+
 <notextile>
 <pre>
 $ <code class="userinput">arv keep ls --help</code>
@@ -184,6 +207,8 @@ optional arguments:
 
 h3(#arv-keep-get). arv keep get
 
+This is a frontend to @arv-get@.
+
 <notextile>
 <pre>
 $ <code class="userinput">arv keep get --help</code>
@@ -237,13 +262,16 @@ optional arguments:
 
 h3(#arv-keep-put). arv keep put
 
+This is a frontend to @arv-put@.
+
 <notextile>
 <pre>
 $ <code class="userinput">arv keep put --help</code>
 usage: arv-put [-h] [--max-manifest-depth N | --normalize]
                [--as-stream | --stream | --as-manifest | --in-manifest | --manifest | --as-raw | --raw]
                [--use-filename FILENAME] [--filename FILENAME]
-               [--portable-data-hash] [--project-uuid UUID] [--name NAME]
+               [--portable-data-hash] [--replication N]
+               [--project-uuid UUID] [--name NAME]
                [--progress | --no-progress | --batch-progress]
                [--resume | --no-resume] [--retries RETRIES]
                [path [path ...]]
@@ -289,6 +317,10 @@ optional arguments:
                         a directory. Implies --manifest.
   --portable-data-hash  Print the portable data hash instead of the Arvados
                         UUID for the collection created by the upload.
+  --replication N       Set the replication level for the new collection: how
+                        many different physical storage devices (e.g., disks)
+                        should have a copy of each data block. Default is to
+                        use the server-provided default (if any) or 2.
   --project-uuid UUID   Store the collection in the specified project, instead
                         of your Home project.
   --name NAME           Save the collection with the specified name.
@@ -311,6 +343,8 @@ optional arguments:
 
 h3(#arv-pipeline-run). arv pipeline run
 
+WARNING: this uses the obsolete "job" API.  Don't use this.  You should use @arvados-cwl-runner@ instead.
+
 @arv pipeline run@ can be used to start a pipeline run from the command line.
 
 The User Guide has a page with a bit more information on "using arv pipeline run":{{site.baseurl}}/user/topics/running-pipeline-command-line.html.
@@ -357,6 +391,8 @@ Options:
 
 h3(#arv-run). arv run
 
+WARNING: this uses the obsolete "job" API.  Don't use this.  You should use @arvados-cwl-runner@ instead.
+
 The @arv-run@ command creates Arvados pipelines at the command line that fan out to multiple concurrent tasks across Arvados compute nodes.
 
 The User Guide has a page on "using arv-run":{{site.baseurl}}/user/topics/arv-run.html.
@@ -382,7 +418,7 @@ optional arguments:
                         exit
   --local               Run locally using arv-run-pipeline-instance
   --docker-image DOCKER_IMAGE
-                        Docker image to use, default arvados/jobs
+                        Docker image to use, otherwise use instance default.
   --ignore-rcode        Commands that return non-zero return codes should not
                         be considered failed.
   --no-reuse            Do not reuse past jobs.