14946: Reverts Gemfile.lock changes. Updates documentation.
[arvados.git] / doc / install / install-workbench-app.html.textile.liquid
index 9c1e56067fdd8e4fb6d6d0f83def83e43d47208c..593e8018926ad42c0f8a22d6f67fa73c3c1ba7c1 100644 (file)
 ---
 layout: default
 navsection: installguide
-title: Install the Arvados Workbench application
+title: Install Workbench
 ...
+{% comment %}
+Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
 
-h2. Prerequisites
+SPDX-License-Identifier: CC-BY-SA-3.0
+{% endcomment %}
 
-# A GNU/linux (virtual) machine (can be shared with the API server)
-# A hostname for your Workbench application
+h2. Install prerequisites
 
-h2. Download the source tree
+The Arvados package repository includes a Workbench server package that can help automate much of the deployment.
 
-Please follow the instructions on the "Download page":https://arvados.org/projects/arvados/wiki/Download in the wiki.
+h3(#install_ruby_and_bundler). Install Ruby and Bundler
 
-The Workbench application is in @arvados/apps/workbench@.
+{% include 'install_ruby_and_bundler' %}
 
-h2. Configure the Workbench application
+h2(#install_workbench). Install Workbench and dependencies
+
+Workbench doesn't need its own database, so it does not need to have PostgreSQL installed.
+
+{% assign rh_version = "7" %}
+{% include 'note_python_sc' %}
+
+On a Debian-based system, install the following packages:
+
+<notextile>
+<pre><code>~$ <span class="userinput">sudo apt-get install bison build-essential graphviz git python-arvados-python-client arvados-workbench</span>
+</code></pre>
+</notextile>
+
+On a Red Hat-based system, install the following packages:
+
+<notextile>
+<pre><code>~$ <span class="userinput">sudo yum install bison make automake gcc gcc-c++ graphviz git python-arvados-python-client arvados-workbench</span>
+</code></pre>
+</notextile>
+
+h2(#configure). Configure Workbench
+
+Edit @/etc/arvados/workbench/application.yml@ following the instructions below.  Workbench reads both @application.yml@ and its own @config/application.defaults.yml@ file.  Values in @application.yml@ take precedence over the defaults that are defined in @config/application.defaults.yml@.  The @config/application.yml.example@ file is not read by Workbench and is provided for installation convenience only.
+
+Consult @config/application.default.yml@ for a full list of configuration options.  Always put your local configuration in @/etc/arvados/workbench/application.yml@&mdash;never edit @config/application.default.yml@.
+
+h3. secret_token
 
 This application needs a secret token. Generate a new secret:
 
 <notextile>
-<pre><code>~/arvados/apps/workbench$ <span class="userinput">rake secret</span>
+<pre><code>~$ <span class="userinput">ruby -e 'puts rand(2**400).to_s(36)'</span>
 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa
 </code></pre>
 </notextile>
 
-Copy @config/application.yml.example@ to @config/application.yml@ and edit it appropriately for your environment.
+Then put that value in the @secret_token@ field.
+
+h3. arvados_login_base and arvados_v1_base
+
+Point @arvados_login_base@ and @arvados_v1_base@ at your "API server":install-api-server.html. For example like this:
+
+<notextile>
+<pre><code>arvados_login_base: https://prefix_uuid.your.domain/login
+arvados_v1_base: https://prefix_uuid.your.domain/arvados/v1
+</code></pre>
+</notextile>
+
+h3. site_name
+
+@site_name@ can be set to any arbitrary string. It is used to identify this Workbench to people visiting it.
+
+h3. arvados_insecure_https
+
+If the SSL certificate you use for your API server isn't an official certificate signed by a CA, make sure @arvados_insecure_https@ is @true@.
+
+h3. Other options
+
+Consult @application.default.yml@ for a full list of configuration options. Always put your local configuration in @application.yml@ instead of editing @application.default.yml@.
+
+h2. Configure Piwik
+
+In @/var/www/arvados-workbench/current/config@, copy @piwik.yml.example@ to @piwik.yml@ and edit to suit.
+
+h2. Set up Web server
+
+For best performance, we recommend you use Nginx as your Web server front-end, with a Passenger backend to serve Workbench.  To do that:
+
+<notextile>
+<ol>
+<li><a href="https://www.phusionpassenger.com/library/walkthroughs/deploy/ruby/ownserver/nginx/oss/install_passenger_main.html">Install Nginx and Phusion Passenger</a>.</li>
+
+<li><p>Edit the http section of your Nginx configuration to run the Passenger server, and act as a front-end for it.  You might add a block like the following, adding SSL and logging parameters to taste:</p>
+
+<pre><code>server {
+  listen 127.0.0.1:9000;
+  server_name localhost-workbench;
+
+  root /var/www/arvados-workbench/current/public;
+  index  index.html index.htm index.php;
+
+  passenger_enabled on;
+  # If you're using RVM, uncomment the line below.
+  #passenger_ruby /usr/local/rvm/wrappers/default/ruby;
+
+  # `client_max_body_size` should match the corresponding setting in
+  # the API server's Nginx configuration.
+  client_max_body_size 128m;
+}
+
+upstream workbench {
+  server     127.0.0.1:9000  fail_timeout=10s;
+}
+
+proxy_http_version 1.1;
+
+server {
+  listen       <span class="userinput">[your public IP address]</span>:443 ssl;
+  server_name  workbench.<span class="userinput">uuid-prefix.your.domain</span>;
+
+  ssl on;
+  ssl_certificate     <span class="userinput">/YOUR/PATH/TO/cert.pem</span>;
+  ssl_certificate_key <span class="userinput">/YOUR/PATH/TO/cert.key</span>;
+
+  index  index.html index.htm index.php;
+  # `client_max_body_size` should match the corresponding setting in
+  # the API server's Nginx configuration.
+  client_max_body_size 128m;
+
+  location / {
+    proxy_pass            http://workbench;
+    proxy_redirect        off;
+    proxy_connect_timeout 90s;
+    proxy_read_timeout    300s;
+
+    proxy_set_header      X-Forwarded-Proto https;
+    proxy_set_header      Host $http_host;
+    proxy_set_header      X-Real-IP $remote_addr;
+    proxy_set_header      X-Forwarded-For $proxy_add_x_forwarded_for;
+  }
+}
+</code></pre>
+</li>
 
-* Set @secret_token@ to the string you generated with @rake secret@.
-* Point @arvados_login_base@ and @arvados_v1_base@ at your "API server":install-api-server.html
-* @site_name@ can be any string to identify this Workbench.
-* Assuming that the SSL certificate you use for development isn't signed by a CA, make sure @arvados_insecure_https@ is @true@.
+<li>Restart Nginx.</li>
 
-Copy @config/piwik.yml.example@ to @config/piwik.yml@ and edit to suit.
+</ol>
+</notextile>
 
-h3. Apache/Passenger (optional)
+h2. Prepare the Workbench deployment
 
-Set up Apache and Passenger. Point them to the apps/workbench directory in the source tree.
+{% assign railspkg = "arvados-workbench" %}
+{% include 'install_rails_reconfigure' %}
+
+{% include 'notebox_begin' %}
+You can safely ignore the following error message you may see when Ruby Gems are installed:
+<notextile>
+<pre><code>themes_for_rails at /usr/local/rvm/gems/ruby-2.1.1/bundler/gems/themes_for_rails-1fd2d7897d75 did not have a valid gemspec.
+This prevents bundler from installing bins or native extensions, but that may not affect its functionality.
+The validation message from Rubygems was:
+  duplicate dependency on rails (= 3.0.11, development), (>= 3.0.0) use:
+    add_runtime_dependency 'rails', '= 3.0.11', '>= 3.0.0'
+Using themes_for_rails (0.5.1) from https://github.com/holtkampw/themes_for_rails (at 1fd2d78)
+</code></pre>
+</notextile>
+{% include 'notebox_end' %}
 
 h2. Trusted client setting
 
-Log in to Workbench once (this ensures that the Arvados API server has a record of the Workbench client).
+Log in to Workbench once to ensure that the Arvados API server has a record of the Workbench client. (It's OK if Workbench says your account hasn't been activated yet. We'll deal with that next.)
+
+In the <strong>API server</strong> project root, start the Rails console.  {% include 'install_rails_command' %}
 
-In the API server project root, start the rails console.  Locate the ApiClient record for your Workbench installation, then set the `is_trusted` flag for the appropriate client record:
+At the console, enter the following commands to locate the ApiClient record for your Workbench installation (typically, while you're setting this up, the @last@ one in the database is the one you want), then set the @is_trusted@ flag for the appropriate client record:
 
-<notextile><pre><code>~/arvados/services/api$ <span class="userinput">RAILS_ENV=development bundle exec rails console</span>
-irb(main):001:0&gt; <span class="userinput">ApiClient.where('url_prefix like ?', '%workbench%')</span>
-=&gt; {:id => 1234}
-irb(main):002:0&gt; <span class="userinput">ApiClient.find(1234).update_attributes is_trusted: true</span>
+<notextile><pre><code>irb(main):001:0&gt; <span class="userinput">wb = ApiClient.all.last; [wb.url_prefix, wb.created_at]</span>
+=&gt; ["https://workbench.example.com/", Sat, 19 Apr 2014 03:35:12 UTC +00:00]
+irb(main):002:0&gt; <span class="userinput">include CurrentApiClient</span>
+=&gt; true
+irb(main):003:0&gt; <span class="userinput">act_as_system_user do wb.update_attributes!(is_trusted: true) end</span>
+=&gt; true
 </code></pre>
 </notextile>
 
-h2. Running tests
+h2(#admin-user). Add an admin user
+
+Next, we're going to use the Rails console on the <strong>API server</strong> to activate your account and give yourself admin privileges.  {% include 'install_rails_command' %}
 
-The Workbench application includes a series of integration tests.  When you run these, it starts the API server in a test environment, with all of its fixtures loaded, then tests Workbench by starting that server and making requests against it.
+Enter the following commands at the console:
+
+<notextile>
+<pre><code>irb(main):001:0&gt; <span class="userinput">Thread.current[:user] = User.all.select(&:identity_url).last</span>
+irb(main):002:0&gt; <span class="userinput">Thread.current[:user].update_attributes is_admin: true, is_active: true</span>
+irb(main):003:0&gt; <span class="userinput">User.where(is_admin: true).collect &:email</span>
+=&gt; ["root", "<b>your_address@example.com</b>"]
+</code></pre></notextile>
 
-In addition to bundled gems, running the integration tests requires "PhantomJS":http://phantomjs.org/download.html to test JavaScript elements.  The simplest way to get started is to download one of the binary builds provided, and install the executable into one of the directories in your @$PATH@.
\ No newline at end of file
+At this point, you should have a working Workbench login with administrator privileges. Revisit your Workbench URL in a browser and reload the page to access it.