Merge branch 'master' into 3106-modal-loading-indicator
[arvados.git] / docker / build_tools / Makefile
index 36f3654573a0e9761a8012b17384e0919cfb992f..d01f955b0c3e370c759bc4edb88b11f4cc323735 100644 (file)
@@ -26,6 +26,8 @@ BASE_DEPS = base/Dockerfile $(BASE_GENERATED)
 
 JOBS_DEPS = jobs/Dockerfile
 
+JAVA_BWA_SAMTOOLS_DEPS = java-bwa-samtools/Dockerfile
+
 API_DEPS = api/Dockerfile $(API_GENERATED)
 
 DOC_DEPS = doc/Dockerfile doc/apache2_vhost
@@ -38,6 +40,8 @@ KEEP_DEPS = keep/Dockerfile
 
 SSO_DEPS = sso/passenger.conf $(SSO_GENERATED)
 
+BCBIO_NEXTGEN_DEPS = bcbio-nextgen/Dockerfile
+
 BASE_GENERATED = base/generated/arvados.tar.gz
 
 API_GENERATED = \
@@ -130,6 +134,16 @@ jobs-image: base-image $(BUILD) $(JOBS_DEPS)
        $(DOCKER_BUILD) -t arvados/jobs jobs
        date >jobs-image
 
+java-bwa-samtools-image: jobs-image $(BUILD) $(JAVA_BWA_SAMTOOLS_DEPS)
+       $(DOCKER_BUILD) -t arvados/jobs-java-bwa-samtools java-bwa-samtools
+       date >java-bwa-samtools-image
+
+bcbio-nextgen-image: $(BUILD) $(BASE_GENERATED) $(BCBIO_NEXTGEN_DEPS)
+       rm -rf bcbio-nextgen/generated
+       cp -r base/generated bcbio-nextgen
+       $(DOCKER_BUILD) -t arvados/bcbio-nextgen bcbio-nextgen
+       date >bcbio-nextgen-image
+
 workbench-image: passenger-image $(BUILD) $(WORKBENCH_DEPS)
        mkdir -p workbench/generated
        tar -czf workbench/generated/workbench.tar.gz -C build/apps workbench