Merge branch '13690-composer-user-guide' closes #13690
[arvados.git] / doc / user / tutorials / tutorial-workflow-workbench.html.textile.liquid
index 445ce751e9d329930e4adc285bf969a680ff8f2f..8dcb8e674e55021313dad6bd4cea1902e3187b9f 100644 (file)
@@ -3,6 +3,11 @@ layout: default
 navsection: userguide
 title: "Running a workflow using Workbench"
 ...
+{% comment %}
+Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
+
+SPDX-License-Identifier: CC-BY-SA-3.0
+{% endcomment %}
 
 A "workflow" (sometimes called a "pipeline" in other systems) is a sequence of steps that apply various programs or tools to transform input data to output data.  Workflows are the principal means of performing computation with Arvados.  This tutorial demonstrates how to run a single-stage workflow to take a small data set of paired-end reads from a sample "exome":https://en.wikipedia.org/wiki/Exome in "FASTQ":https://en.wikipedia.org/wiki/FASTQ_format format and align them to "Chromosome 19":https://en.wikipedia.org/wiki/Chromosome_19_%28human%29 using the "bwa mem":http://bio-bwa.sourceforge.net/ tool, producing a "Sequence Alignment/Map (SAM)":https://samtools.github.io/ file.  This tutorial will introduce the following Arvados features:
 
@@ -14,6 +19,8 @@ A "workflow" (sometimes called a "pipeline" in other systems) is a sequence of s
 
 h3. Steps
 
+notextile. <div class="spaced-out">
+
 # Start from the *Workbench Dashboard*.  You can access the Dashboard by clicking on *<i class="fa fa-lg fa-fw fa-dashboard"></i> Dashboard* in the upper left corner of any Workbench page.
 # Click on the <span class="btn btn-sm btn-primary"><i class="fa fa-fw fa-gear"></i> Run a process...</span> button.  This will open a dialog box titled *Choose a pipeline or workflow to run*.
 # In the search box, type in *Tutorial bwa mem cwl*.
@@ -25,3 +32,5 @@ h3. Steps
 # After the process starts running, you can track the progress by watching log messages from the component(s).  This page refreshes automatically.  You will see a <span class="label label-success">complete</span> label when the process completes successfully.
 # Click on the *Output* link to see the results of the process.  This will load a new page listing the output files from this process.  You'll see the output SAM file from the alignment tool under the *Files* tab.
 # Click on the <span class="btn btn-sm btn-info"><i class="fa fa-download"></i></span> download button to the right of the SAM file to download your results.
+
+notextile. </div>