Merge branch 'master' into 6588-split-manage-account
[arvados.git] / doc / user / tutorials / tutorial-submit-job.html.textile.liquid
index de607845d2800e4b19b6fa79f89e9b4d40a33e94..a6edc7dd0a6a36c30d7c4af6e238dd3af5b189e9 100644 (file)
@@ -22,21 +22,28 @@ All Crunch scripts are managed through the Git revision control system.  Before
 ~$ <span class="userinput">git config --global user.email $USER@example.com</span></code></pre>
 </notextile>
 
-On the Arvados Workbench, click on the dropdown menu icon <span class="fa fa-lg fa-user"></span> <span class="caret"></span> in the upper right corner of the top navigation menu to access the user settings menu, and click on the menu item *Manage account* to go to the account management page.
-
-On the *Manage account* page, you will see *Repositories* panel. In this panel, you should see the @$USER/tutorial@ repository listed in the *name* column.  Next to *name* is the column *URL*. Copy the *URL* value associated with your repository.  This should look like <notextile><code>git@git.{{ site.arvados_api_host }}:$USER/tutorial.git</code></notextile>.
+On the Arvados Workbench, click on the dropdown menu icon <span class="fa fa-lg fa-user"></span> <span class="caret"></span> in the upper right corner of the top navigation menu to access the user settings menu, and click on the menu item *Repositories*. In the *Repositories* page, you should see the @$USER/tutorial@ repository listed in the *name* column.  Next to *name* is the column *URL*. Copy the *URL* value associated with your repository.  This should look like <notextile><code>https://git.{{ site.arvados_api_host }}/$USER/tutorial.git</code></notextile>. Alternatively, you can use <notextile><code>git@git.{{ site.arvados_api_host }}:$USER/tutorial.git</code></notextile>
 
 Next, on the Arvados virtual machine, clone your Git repository:
 
 <notextile>
 <pre><code>~$ <span class="userinput">cd $HOME</span> # (or wherever you want to install)
-~$ <span class="userinput">git clone git@git.{{ site.arvados_api_host }}:$USER/tutorial.git</span>
+~$ <span class="userinput">git clone https://git.{{ site.arvados_api_host }}/$USER/tutorial.git</span>
 Cloning into 'tutorial'...</code></pre>
 </notextile>
 
 This will create a Git repository in the directory called @tutorial@ in your home directory. Say yes when prompted to continue with connection.
 Ignore any warning that you are cloning an empty repository.
 
+*Note:* If you are prompted for username and password when you try to git clone using this command, you may first need to update your git configuration. Execute the following commands to update your git configuration.
+
+<notextile>
+<pre>
+<code>~$ <span class="userinput">git config 'credential.https://git.{{ site.arvados_api_host }}/.username' none</span></code>
+<code>~$ <span class="userinput">git config 'credential.https://git.{{ site.arvados_api_host }}/.helper' '!cred(){ cat >/dev/null; if [ "$1" = get ]; then echo password=$ARVADOS_API_TOKEN; fi; };cred'</span></code>
+</pre>
+</notextile>
+
 {% include 'notebox_begin' %}
 For more information about using Git, try
 
@@ -104,7 +111,7 @@ In the editor, enter the following template:
 
 <notextile> {% code 'tutorial_submit_job' as javascript %} </notextile>
 
-* @"repository"@ is the name of a git repository to search for the script version.  You can access a list of available git repositories on the Arvados Workbench in the *Manage account* page using the <span class="fa fa-lg fa-user"></span> <span class="caret"></span> top navigation menu icon.
+* @"repository"@ is the name of a git repository to search for the script version.  You can access a list of available git repositories on the Arvados Workbench in the *Repositories* page using the <span class="fa fa-lg fa-user"></span> <span class="caret"></span> top navigation menu icon.
 * @"script_version"@ specifies the version of the script that you wish to run.  This can be in the form of an explicit Git revision hash, a tag, or a branch (in which case it will use the HEAD of the specified branch).  Arvados logs the script version that was used in the run, enabling you to go back and re-run any past job with the guarantee that the exact same code will be used as was used in the previous run.
 * @"script"@ specifies the filename of the script to run.  Crunch expects to find this in the @crunch_scripts/@ subdirectory of the Git repository.
 * @"runtime_constraints"@ describes the runtime environment required to run the job.  These are described in the "job record schema":{{site.baseurl}}/api/schema/Job.html