sdk/cwl/tests/arvados-tests.sh

   1 #!/bin/sh
   2 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   3 #
   4 # SPDX-License-Identifier: Apache-2.0
   5
   6 set -e
   7
   8 if ! arv-get d7514270f356df848477718d58308cc4+94 > /dev/null ; then
   9     arv-put --portable-data-hash testdir/*
  10 fi
  11 if ! arv-get f225e6259bdd63bc7240599648dde9f1+97 > /dev/null ; then
  12     arv-put --portable-data-hash hg19/*
  13 fi
  14 if ! arv-get 4d8a70b1e63b2aad6984e40e338e2373+69 > /dev/null ; then
  15     arv-put --portable-data-hash secondaryFiles/hello.txt*
  16 fi
  17 if ! arv-get 20850f01122e860fb878758ac1320877+71 > /dev/null ; then
  18     arv-put --portable-data-hash samples/sample1_S01_R1_001.fastq.gz
  19 fi
  20
  21 # Test for #18888
  22 # This is a standalone test because the bug was observed with this
  23 # command line and was thought to be due to command line handling.
  24 arvados-cwl-runner 18888-download_def.cwl --scripts scripts/
  25
  26 # Test for #19070
  27 # The most effective way to test this seemed to be to write an
  28 # integration test to check for the expected behavior.
  29 python test_copy_deps.py
  30
  31 # Test for #17004
  32 # Checks that the final output collection has the expected properties.
  33 python test_set_output_prop.py
  34
  35 # Run integration tests
  36 exec cwltest --test arvados-tests.yml --tool arvados-cwl-runner $@ -- --disable-reuse --compute-checksum --api=containers