build/run-tests.sh

   1 #!/bin/bash
   2 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   3 #
   4 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   5
   6 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/libcloud-pin.sh
   7
   8 COLUMNS=80
   9 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/run-library.sh
  10
  11 read -rd "\000" helpmessage <<EOF
  12 $(basename $0): Install and test Arvados components.
  13
  14 Exit non-zero if any tests fail.
  15
  16 Syntax:
  17         $(basename $0) WORKSPACE=/path/to/arvados [options]
  18
  19 Options:
  20
  21 --skip FOO     Do not test the FOO component.
  22 --only FOO     Do not test anything except the FOO component.
  23 --temp DIR     Install components and dependencies under DIR instead of
  24                making a new temporary directory. Implies --leave-temp.
  25 --leave-temp   Do not remove GOPATH, virtualenv, and other temp dirs at exit.
  26                Instead, show the path to give as --temp to reuse them in
  27                subsequent invocations.
  28 --repeat N     Repeat each install/test step until it succeeds N times.
  29 --retry        Prompt to retry if an install or test suite fails.
  30 --skip-install Do not run any install steps. Just run tests.
  31                You should provide GOPATH, GEMHOME, and VENVDIR options
  32                from a previous invocation if you use this option.
  33 --only-install Run specific install step
  34 --short        Skip (or scale down) some slow tests.
  35 WORKSPACE=path Arvados source tree to test.
  36 CONFIGSRC=path Dir with api server config files to copy into source tree.
  37                (If none given, leave config files alone in source tree.)
  38 services/api_test="TEST=test/functional/arvados/v1/collections_controller_test.rb"
  39                Restrict apiserver tests to the given file
  40 sdk/python_test="--test-suite tests.test_keep_locator"
  41                Restrict Python SDK tests to the given class
  42 apps/workbench_test="TEST=test/integration/pipeline_instances_test.rb"
  43                Restrict Workbench tests to the given file
  44 services/arv-git-httpd_test="-check.vv"
  45                Show all log messages, even when tests pass (also works
  46                with services/keepstore_test etc.)
  47 ARVADOS_DEBUG=1
  48                Print more debug messages
  49 envvar=value   Set \$envvar to value. Primarily useful for WORKSPACE,
  50                *_test, and other examples shown above.
  51
  52 Assuming --skip-install is not given, all components are installed
  53 into \$GOPATH, \$VENDIR, and \$GEMHOME before running any tests. Many
  54 test suites depend on other components being installed, and installing
  55 everything tends to be quicker than debugging dependencies.
  56
  57 As a special concession to the current CI server config, CONFIGSRC
  58 defaults to $HOME/arvados-api-server if that directory exists.
  59
  60 More information and background:
  61
  62 https://arvados.org/projects/arvados/wiki/Running_tests
  63
  64 Available tests:
  65
  66 apps/workbench (*)
  67 apps/workbench_units (*)
  68 apps/workbench_functionals (*)
  69 apps/workbench_integration (*)
  70 apps/workbench_benchmark
  71 apps/workbench_profile
  72 cmd/arvados-client
  73 cmd/arvados-server
  74 doc
  75 lib/cli
  76 lib/cmd
  77 lib/controller
  78 lib/crunchstat
  79 lib/cloud
  80 lib/cloud/azure
  81 lib/dispatchcloud
  82 lib/dispatchcloud/container
  83 lib/dispatchcloud/scheduler
  84 lib/dispatchcloud/ssh_executor
  85 lib/dispatchcloud/worker
  86 services/api
  87 services/arv-git-httpd
  88 services/crunchstat
  89 services/dockercleaner
  90 services/fuse
  91 services/health
  92 services/keep-web
  93 services/keepproxy
  94 services/keepstore
  95 services/keep-balance
  96 services/login-sync
  97 services/nodemanager
  98 services/nodemanager_integration
  99 services/crunch-run
 100 services/crunch-dispatch-local
 101 services/crunch-dispatch-slurm
 102 services/ws
 103 sdk/cli
 104 sdk/pam
 105 sdk/python
 106 sdk/python:py3
 107 sdk/ruby
 108 sdk/go/arvados
 109 sdk/go/arvadosclient
 110 sdk/go/auth
 111 sdk/go/dispatch
 112 sdk/go/keepclient
 113 sdk/go/health
 114 sdk/go/httpserver
 115 sdk/go/manifest
 116 sdk/go/blockdigest
 117 sdk/go/asyncbuf
 118 sdk/go/stats
 119 sdk/go/crunchrunner
 120 sdk/cwl
 121 sdk/R
 122 sdk/java-v2
 123 tools/sync-groups
 124 tools/crunchstat-summary
 125 tools/keep-exercise
 126 tools/keep-rsync
 127 tools/keep-block-check
 128
 129 (*) apps/workbench is shorthand for apps/workbench_units +
 130     apps/workbench_functionals + apps/workbench_integration
 131
 132 EOF
 133
 134 # First make sure to remove any ARVADOS_ variables from the calling
 135 # environment that could interfere with the tests.
 136 unset $(env | cut -d= -f1 | grep \^ARVADOS_)
 137
 138 # Reset other variables that could affect our [tests'] behavior by
 139 # accident.
 140 GITDIR=
 141 GOPATH=
 142 VENVDIR=
 143 VENV3DIR=
 144 PYTHONPATH=
 145 GEMHOME=
 146 PERLINSTALLBASE=
 147 R_LIBS=
 148
 149 short=
 150 only_install=
 151 temp=
 152 temp_preserve=
 153
 154 clear_temp() {
 155     if [[ -z "$temp" ]]; then
 156         # we didn't even get as far as making a temp dir
 157         :
 158     elif [[ -z "$temp_preserve" ]]; then
 159         rm -rf "$temp"
 160     else
 161         echo "Leaving behind temp dirs in $temp"
 162     fi
 163 }
 164
 165 fatal() {
 166     clear_temp
 167     echo >&2 "Fatal: $* (encountered in ${FUNCNAME[1]} at ${BASH_SOURCE[1]} line ${BASH_LINENO[0]})"
 168     exit 1
 169 }
 170
 171 exit_cleanly() {
 172     trap - INT
 173     create-plot-data-from-log.sh $BUILD_NUMBER "$WORKSPACE/apps/workbench/log/test.log" "$WORKSPACE/apps/workbench/log/"
 174     rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
 175     stop_services
 176     rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
 177     report_outcomes
 178     clear_temp
 179     exit ${#failures}
 180 }
 181
 182 sanity_checks() {
 183     ( [[ -n "$WORKSPACE" ]] && [[ -d "$WORKSPACE/services" ]] ) \
 184         || fatal "WORKSPACE environment variable not set to a source directory (see: $0 --help)"
 185     echo Checking dependencies:
 186     echo -n 'virtualenv: '
 187     virtualenv --version \
 188         || fatal "No virtualenv. Try: apt-get install virtualenv (on ubuntu: python-virtualenv)"
 189     echo -n 'ruby: '
 190     ruby -v \
 191         || fatal "No ruby. Install >=2.1.9 (using rbenv, rvm, or source)"
 192     echo -n 'go: '
 193     go version \
 194         || fatal "No go binary. See http://golang.org/doc/install"
 195     [[ $(go version) =~ go1.([0-9]+) ]] && [[ ${BASH_REMATCH[1]} -ge 10 ]] \
 196         || fatal "Go >= 1.10 required. See http://golang.org/doc/install"
 197     echo -n 'gcc: '
 198     gcc --version | egrep ^gcc \
 199         || fatal "No gcc. Try: apt-get install build-essential"
 200     echo -n 'fuse.h: '
 201     find /usr/include -path '*fuse/fuse.h' | egrep --max-count=1 . \
 202         || fatal "No fuse/fuse.h. Try: apt-get install libfuse-dev"
 203     echo -n 'gnutls.h: '
 204     find /usr/include -path '*gnutls/gnutls.h' | egrep --max-count=1 . \
 205         || fatal "No gnutls/gnutls.h. Try: apt-get install libgnutls28-dev"
 206     echo -n 'Python2 pyconfig.h: '
 207     find /usr/include -path '*/python2*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
 208         || fatal "No Python2 pyconfig.h. Try: apt-get install python2.7-dev"
 209     echo -n 'Python3 pyconfig.h: '
 210     find /usr/include -path '*/python3*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
 211         || fatal "No Python3 pyconfig.h. Try: apt-get install python3-dev"
 212     echo -n 'nginx: '
 213     PATH="$PATH:/sbin:/usr/sbin:/usr/local/sbin" nginx -v \
 214         || fatal "No nginx. Try: apt-get install nginx"
 215     echo -n 'perl: '
 216     perl -v | grep version \
 217         || fatal "No perl. Try: apt-get install perl"
 218     for mod in ExtUtils::MakeMaker JSON LWP Net::SSL; do
 219         echo -n "perl $mod: "
 220         perl -e "use $mod; print \"\$$mod::VERSION\\n\"" \
 221             || fatal "No $mod. Try: apt-get install perl-modules libcrypt-ssleay-perl libjson-perl libwww-perl"
 222     done
 223     echo -n 'gitolite: '
 224     which gitolite \
 225         || fatal "No gitolite. Try: apt-get install gitolite3"
 226     echo -n 'npm: '
 227     npm --version \
 228         || fatal "No npm. Try: wget -O- https://nodejs.org/dist/v6.11.2/node-v6.11.2-linux-x64.tar.xz | sudo tar -C /usr/local -xJf - && sudo ln -s ../node-v6.11.2-linux-x64/bin/{node,npm} /usr/local/bin/"
 229     echo -n 'cadaver: '
 230     cadaver --version | grep -w cadaver \
 231           || fatal "No cadaver. Try: apt-get install cadaver"
 232     echo -n 'libattr1 xattr.h: '
 233     find /usr/include -path '*/attr/xattr.h' | egrep --max-count=1 . \
 234         || fatal "No libattr1 xattr.h. Try: apt-get install libattr1-dev"
 235     echo -n 'libcurl curl.h: '
 236     find /usr/include -path '*/curl/curl.h' | egrep --max-count=1 . \
 237         || fatal "No libcurl curl.h. Try: apt-get install libcurl4-gnutls-dev"
 238     echo -n 'libpq libpq-fe.h: '
 239     find /usr/include -path '*/postgresql/libpq-fe.h' | egrep --max-count=1 . \
 240         || fatal "No libpq libpq-fe.h. Try: apt-get install libpq-dev"
 241     echo -n 'services/api/config/database.yml: '
 242     if [[ ! -f "$WORKSPACE/services/api/config/database.yml" ]]; then
 243             fatal "Please provide a database.yml file for the test suite"
 244     else
 245             echo "OK"
 246     fi
 247     echo -n 'postgresql: '
 248     psql --version || fatal "No postgresql. Try: apt-get install postgresql postgresql-client-common"
 249     echo -n 'phantomjs: '
 250     phantomjs --version || fatal "No phantomjs. Try: apt-get install phantomjs"
 251     echo -n 'xvfb: '
 252     which Xvfb || fatal "No xvfb. Try: apt-get install xvfb"
 253     echo -n 'graphviz: '
 254     dot -V || fatal "No graphviz. Try: apt-get install graphviz"
 255     echo -n 'geckodriver: '
 256     geckodriver --version | grep ^geckodriver || echo "No geckodriver. Try: wget -O- https://github.com/mozilla/geckodriver/releases/download/v0.23.0/geckodriver-v0.23.0-linux64.tar.gz | sudo tar -C /usr/local/bin -xzf - geckodriver"
 257
 258     if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
 259       # R SDK stuff
 260       echo -n 'R: '
 261       which Rscript || fatal "No Rscript. Try: apt-get install r-base"
 262       echo -n 'testthat: '
 263       Rscript -e "library('testthat')" || fatal "No testthat. Try: apt-get install r-cran-testthat"
 264       # needed for roxygen2, needed for devtools, needed for R sdk
 265       pkg-config --exists libxml-2.0 || fatal "No libxml2. Try: apt-get install libxml2-dev"
 266       # needed for pkgdown, builds R SDK doc pages
 267       which pandoc || fatal "No pandoc. Try: apt-get install pandoc"
 268     fi
 269 }
 270
 271 rotate_logfile() {
 272   # i.e.  rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
 273   # $BUILD_NUMBER is set by Jenkins if this script is being called as part of a Jenkins run
 274   if [[ -f "$1/$2" ]]; then
 275     THEDATE=`date +%Y%m%d%H%M%S`
 276     mv "$1/$2" "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 277     gzip "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 278   fi
 279 }
 280
 281 declare -a failures
 282 declare -A skip
 283 declare -A only
 284 declare -A testargs
 285 skip[apps/workbench_profile]=1
 286 # nodemanager_integration tests are not reliable, see #12061.
 287 skip[services/nodemanager_integration]=1
 288
 289 while [[ -n "$1" ]]
 290 do
 291     arg="$1"; shift
 292     case "$arg" in
 293         --help)
 294             echo >&2 "$helpmessage"
 295             echo >&2
 296             exit 1
 297             ;;
 298         --skip)
 299             skip[$1]=1; shift
 300             ;;
 301         --only)
 302             only[$1]=1; skip[$1]=""; shift
 303             ;;
 304         --short)
 305             short=1
 306             ;;
 307         --skip-install)
 308             only_install=nothing
 309             ;;
 310         --only-install)
 311             only_install="$1"; shift
 312             ;;
 313         --temp)
 314             temp="$1"; shift
 315             temp_preserve=1
 316             ;;
 317         --leave-temp)
 318             temp_preserve=1
 319             ;;
 320         --repeat)
 321             repeat=$((${1}+0)); shift
 322             ;;
 323         --retry)
 324             retry=1
 325             ;;
 326         *_test=*)
 327             suite="${arg%%_test=*}"
 328             args="${arg#*=}"
 329             testargs["$suite"]="$args"
 330             ;;
 331         *=*)
 332             eval export $(echo $arg | cut -d= -f1)=\"$(echo $arg | cut -d= -f2-)\"
 333             ;;
 334         *)
 335             echo >&2 "$0: Unrecognized option: '$arg'. Try: $0 --help"
 336             exit 1
 337             ;;
 338     esac
 339 done
 340
 341 # R SDK installation is very slow (~360s in a clean environment) and only
 342 # required when testing it. Skip that step if it is not needed.
 343 NEED_SDK_R=true
 344
 345 if [[ ${#only[@]} -ne 0 ]] &&
 346    [[ -z "${only['sdk/R']}" && -z "${only['doc']}" ]]; then
 347   NEED_SDK_R=false
 348 fi
 349
 350 if [[ ${skip["sdk/R"]} == 1 && ${skip["doc"]} == 1 ]]; then
 351   NEED_SDK_R=false
 352 fi
 353
 354 if [[ $NEED_SDK_R == false ]]; then
 355         echo "R SDK not needed, it will not be installed."
 356 fi
 357
 358 start_services() {
 359     echo 'Starting API, keepproxy, keep-web, ws, arv-git-httpd, and nginx ssl proxy...'
 360     if [[ ! -d "$WORKSPACE/services/api/log" ]]; then
 361         mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/log"
 362     fi
 363     # Remove empty api.pid file if it exists
 364     if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid" && ! -s "$WORKSPACE/tmp/api.pid" ]]; then
 365         rm -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid"
 366     fi
 367     cd "$WORKSPACE" \
 368         && eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py start --auth admin || echo fail=1) \
 369         && export ARVADOS_TEST_API_HOST="$ARVADOS_API_HOST" \
 370         && export ARVADOS_TEST_API_INSTALLED="$$" \
 371         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_controller \
 372         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep_proxy \
 373         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep-web \
 374         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_arv-git-httpd \
 375         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_ws \
 376         && eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py start_nginx || echo fail=1) \
 377         && (env | egrep ^ARVADOS)
 378     if [[ -n "$fail" ]]; then
 379        return 1
 380     fi
 381 }
 382
 383 stop_services() {
 384     if [[ -z "$ARVADOS_TEST_API_HOST" ]]; then
 385         return
 386     fi
 387     unset ARVADOS_TEST_API_HOST
 388     cd "$WORKSPACE" \
 389         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_nginx \
 390         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_arv-git-httpd \
 391         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_ws \
 392         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep-web \
 393         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep_proxy \
 394         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_controller \
 395         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop
 396 }
 397
 398 interrupt() {
 399     failures+=("($(basename $0) interrupted)")
 400     exit_cleanly
 401 }
 402 trap interrupt INT
 403
 404 sanity_checks
 405
 406 echo "WORKSPACE=$WORKSPACE"
 407
 408 if [[ -z "$CONFIGSRC" ]] && [[ -d "$HOME/arvados-api-server" ]]; then
 409     # Jenkins expects us to use this by default.
 410     CONFIGSRC="$HOME/arvados-api-server"
 411 fi
 412
 413 # Clean up .pyc files that may exist in the workspace
 414 cd "$WORKSPACE"
 415 find -name '*.pyc' -delete
 416
 417 if [[ -z "$temp" ]]; then
 418     temp="$(mktemp -d)"
 419 fi
 420
 421 # Set up temporary install dirs (unless existing dirs were supplied)
 422 for tmpdir in VENVDIR VENV3DIR GOPATH GEMHOME PERLINSTALLBASE R_LIBS
 423 do
 424     if [[ -z "${!tmpdir}" ]]; then
 425         eval "$tmpdir"="$temp/$tmpdir"
 426     fi
 427     if ! [[ -d "${!tmpdir}" ]]; then
 428         mkdir "${!tmpdir}" || fatal "can't create ${!tmpdir} (does $temp exist?)"
 429     fi
 430 done
 431
 432 rm -vf "${WORKSPACE}/tmp/*.log"
 433
 434 setup_ruby_environment() {
 435     if [[ -s "$HOME/.rvm/scripts/rvm" ]] ; then
 436         source "$HOME/.rvm/scripts/rvm"
 437         using_rvm=true
 438     elif [[ -s "/usr/local/rvm/scripts/rvm" ]] ; then
 439         source "/usr/local/rvm/scripts/rvm"
 440         using_rvm=true
 441     else
 442         using_rvm=false
 443     fi
 444
 445     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
 446         # If rvm is in use, we can't just put separate "dependencies"
 447         # and "gems-under-test" paths to GEM_PATH: passenger resets
 448         # the environment to the "current gemset", which would lose
 449         # our GEM_PATH and prevent our test suites from running ruby
 450         # programs (for example, the Workbench test suite could not
 451         # boot an API server or run arv). Instead, we have to make an
 452         # rvm gemset and use it for everything.
 453
 454         [[ `type rvm | head -n1` == "rvm is a function" ]] \
 455             || fatal 'rvm check'
 456
 457         # Put rvm's favorite path back in first place (overriding
 458         # virtualenv, which just put itself there). Ignore rvm's
 459         # complaint about not being in first place already.
 460         rvm use @default 2>/dev/null
 461
 462         # Create (if needed) and switch to an @arvados-tests-* gemset,
 463         # salting the gemset name so it doesn't interfere with
 464         # concurrent builds in other workspaces. Leave the choice of
 465         # ruby to the caller.
 466         gemset="arvados-tests-$(echo -n "${WORKSPACE}" | md5sum | head -c16)"
 467         rvm use "@${gemset}" --create \
 468             || fatal 'rvm gemset setup'
 469
 470         rvm env
 471     else
 472         # When our "bundle install"s need to install new gems to
 473         # satisfy dependencies, we want them to go where "gem install
 474         # --user-install" would put them. (However, if the caller has
 475         # already set GEM_HOME, we assume that's where dependencies
 476         # should be installed, and we should leave it alone.)
 477
 478         if [ -z "$GEM_HOME" ]; then
 479             user_gempath="$(gem env gempath)"
 480             export GEM_HOME="${user_gempath%%:*}"
 481         fi
 482         PATH="$(gem env gemdir)/bin:$PATH"
 483
 484         # When we build and install our own gems, we install them in our
 485         # $GEMHOME tmpdir, and we want them to be at the front of GEM_PATH and
 486         # PATH so integration tests prefer them over other versions that
 487         # happen to be installed in $user_gempath, system dirs, etc.
 488
 489         tmpdir_gem_home="$(env - PATH="$PATH" HOME="$GEMHOME" gem env gempath | cut -f1 -d:)"
 490         PATH="$tmpdir_gem_home/bin:$PATH"
 491         export GEM_PATH="$tmpdir_gem_home"
 492
 493         echo "Will install dependencies to $(gem env gemdir)"
 494         echo "Will install arvados gems to $tmpdir_gem_home"
 495         echo "Gem search path is GEM_PATH=$GEM_PATH"
 496     fi
 497     bundle config || gem install bundler \
 498         || fatal 'install bundler'
 499 }
 500
 501 with_test_gemset() {
 502     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
 503         "$@"
 504     else
 505         GEM_HOME="$tmpdir_gem_home" GEM_PATH="$tmpdir_gem_home" "$@"
 506     fi
 507 }
 508
 509 gem_uninstall_if_exists() {
 510     if gem list "$1\$" | egrep '^\w'; then
 511         gem uninstall --force --all --executables "$1"
 512     fi
 513 }
 514
 515 setup_virtualenv() {
 516     local venvdest="$1"; shift
 517     if ! [[ -e "$venvdest/bin/activate" ]] || ! [[ -e "$venvdest/bin/pip" ]]; then
 518         virtualenv --setuptools "$@" "$venvdest" || fatal "virtualenv $venvdest failed"
 519     elif [[ -n "$short" ]]; then
 520         return
 521     fi
 522     if [[ $("$venvdest/bin/python" --version 2>&1) =~ \ 3\.[012]\. ]]; then
 523         # pip 8.0.0 dropped support for python 3.2, e.g., debian wheezy
 524         "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'setuptools>=18.5' 'pip>=7,<8'
 525     else
 526         "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'setuptools>=18.5' 'pip>=7'
 527     fi
 528     # ubuntu1404 can't seem to install mock via tests_require, but it can do this.
 529     "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'mock>=1.0' 'pbr<1.7.0'
 530 }
 531
 532 export PERLINSTALLBASE
 533 export PERL5LIB="$PERLINSTALLBASE/lib/perl5${PERL5LIB:+:$PERL5LIB}"
 534
 535 export R_LIBS
 536
 537 export GOPATH
 538 (
 539     set -e
 540     mkdir -p "$GOPATH/src/git.curoverse.com"
 541     if [[ ! -h "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git" ]]; then
 542         for d in \
 543             "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/tmp/GOPATH" \
 544                 "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/tmp" \
 545                 "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"; do
 546             [[ -d "$d" ]] && rmdir "$d"
 547         done
 548     fi
 549     for d in \
 550         "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/arvados" \
 551         "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"; do
 552         [[ -h "$d" ]] && rm "$d"
 553     done
 554     ln -vsfT "$WORKSPACE" "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"
 555     go get -v github.com/kardianos/govendor
 556     cd "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"
 557     if [[ -n "$short" ]]; then
 558         go get -v -d ...
 559         "$GOPATH/bin/govendor" sync
 560     else
 561         # Remove cached source dirs in workdir. Otherwise, they will
 562         # not qualify as +missing or +external below, and we won't be
 563         # able to detect that they're missing from vendor/vendor.json.
 564         rm -rf vendor/*/
 565         go get -v -d ...
 566         "$GOPATH/bin/govendor" sync
 567         [[ -z $("$GOPATH/bin/govendor" list +unused +missing +external | tee /dev/stderr) ]] \
 568             || fatal "vendor/vendor.json has unused or missing dependencies -- try:
 569
 570 (export GOPATH=\"${GOPATH}\"; cd \$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git && \$GOPATH/bin/govendor add +missing +external && \$GOPATH/bin/govendor remove +unused)
 571
 572 ";
 573     fi
 574 ) || fatal "Go setup failed"
 575
 576 setup_virtualenv "$VENVDIR" --python python2.7
 577 . "$VENVDIR/bin/activate"
 578
 579 # Needed for run_test_server.py which is used by certain (non-Python) tests.
 580 pip install --no-cache-dir PyYAML \
 581     || fatal "pip install PyYAML failed"
 582
 583 # Preinstall libcloud if using a fork; otherwise nodemanager "pip
 584 # install" won't pick it up by default.
 585 if [[ -n "$LIBCLOUD_PIN_SRC" ]]; then
 586     pip freeze 2>/dev/null | egrep ^apache-libcloud==$LIBCLOUD_PIN \
 587         || pip install --pre --ignore-installed --no-cache-dir "$LIBCLOUD_PIN_SRC" >/dev/null \
 588         || fatal "pip install apache-libcloud failed"
 589 fi
 590
 591 # Deactivate Python 2 virtualenv
 592 deactivate
 593
 594 declare -a pythonstuff
 595 pythonstuff=(
 596     sdk/pam
 597     sdk/python
 598     sdk/python:py3
 599     sdk/cwl
 600     sdk/cwl:py3
 601     services/dockercleaner:py3
 602     services/fuse
 603     services/nodemanager
 604     tools/crunchstat-summary
 605     )
 606
 607 # If Python 3 is available, set up its virtualenv in $VENV3DIR.
 608 # Otherwise, skip dependent tests.
 609 PYTHON3=$(which python3)
 610 if [[ ${?} = 0 ]]; then
 611     setup_virtualenv "$VENV3DIR" --python python3
 612 else
 613     PYTHON3=
 614     cat >&2 <<EOF
 615
 616 Warning: python3 could not be found. Python 3 tests will be skipped.
 617
 618 EOF
 619 fi
 620
 621 # Reactivate Python 2 virtualenv
 622 . "$VENVDIR/bin/activate"
 623
 624 # Note: this must be the last time we change PATH, otherwise rvm will
 625 # whine a lot.
 626 setup_ruby_environment
 627
 628 echo "PATH is $PATH"
 629
 630 if ! which bundler >/dev/null
 631 then
 632     gem install --user-install bundler || fatal 'Could not install bundler'
 633 fi
 634
 635 # Jenkins config requires that glob tmp/*.log match something. Ensure
 636 # that happens even if we don't end up running services that set up
 637 # logging.
 638 mkdir -p "${WORKSPACE}/tmp/" || fatal "could not mkdir ${WORKSPACE}/tmp"
 639 touch "${WORKSPACE}/tmp/controller.log" || fatal "could not touch ${WORKSPACE}/tmp/controller.log"
 640
 641 retry() {
 642     remain="${repeat}"
 643     while :
 644     do
 645         if ${@}; then
 646             if [[ "$remain" -gt 1 ]]; then
 647                 remain=$((${remain}-1))
 648                 title "Repeating ${remain} more times"
 649             else
 650                 break
 651             fi
 652         elif [[ "$retry" == 1 ]]; then
 653             read -p 'Try again? [Y/n] ' x
 654             if [[ "$x" != "y" ]] && [[ "$x" != "" ]]
 655             then
 656                 break
 657             fi
 658         else
 659             break
 660         fi
 661     done
 662 }
 663
 664 do_test() {
 665     case "${1}" in
 666         apps/workbench_units | apps/workbench_functionals | apps/workbench_integration)
 667             suite=apps/workbench
 668             ;;
 669         services/nodemanager | services/nodemanager_integration)
 670             suite=services/nodemanager_suite
 671             ;;
 672         *)
 673             suite="${1}"
 674             ;;
 675     esac
 676     if [[ -z "${skip[$suite]}" && -z "${skip[$1]}" && \
 677               (${#only[@]} -eq 0 || ${only[$suite]} -eq 1 || \
 678                    ${only[$1]} -eq 1) ||
 679                   ${only[$2]} -eq 1 ]]; then
 680         retry do_test_once ${@}
 681     else
 682         title "Skipping ${1} tests"
 683     fi
 684 }
 685
 686 do_test_once() {
 687     unset result
 688
 689     title "Running $1 tests"
 690     timer_reset
 691     if [[ "$2" == "go" ]]
 692     then
 693         covername="coverage-$(echo "$1" | sed -e 's/\//_/g')"
 694         coverflags=("-covermode=count" "-coverprofile=$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp")
 695         # We do "go get -t" here to catch compilation errors
 696         # before trying "go test". Otherwise, coverage-reporting
 697         # mode makes Go show the wrong line numbers when reporting
 698         # compilation errors.
 699         go get -ldflags "-X main.version=${ARVADOS_VERSION:-$(git log -n1 --format=%H)-dev}" -t "git.curoverse.com/arvados.git/$1" && \
 700             cd "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/$1" && \
 701             [[ -z "$(gofmt -e -d . | tee /dev/stderr)" ]] && \
 702             if [[ -n "${testargs[$1]}" ]]
 703         then
 704             # "go test -check.vv giturl" doesn't work, but this
 705             # does:
 706             go test ${short:+-short} ${testargs[$1]}
 707         else
 708             # The above form gets verbose even when testargs is
 709             # empty, so use this form in such cases:
 710             go test ${short:+-short} ${coverflags[@]} "git.curoverse.com/arvados.git/$1"
 711         fi
 712         result=${result:-$?}
 713         if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" ]]
 714         then
 715             go tool cover -html="$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" -o "$WORKSPACE/tmp/$covername.html"
 716             rm "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp"
 717         fi
 718     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 719     then
 720         tries=0
 721         cd "$WORKSPACE/$1" && while :
 722         do
 723             tries=$((${tries}+1))
 724             # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
 725             # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
 726             "${3}python" setup.py ${short:+--short-tests-only} test ${testargs[$1]}
 727             result=$?
 728             if [[ ${tries} < 3 && ${result} == 137 ]]
 729             then
 730                 printf '\n*****\n%s tests killed -- retrying\n*****\n\n' "$1"
 731                 continue
 732             else
 733                 break
 734             fi
 735         done
 736     elif [[ "$2" != "" ]]
 737     then
 738         "test_$2"
 739     else
 740         "test_$1"
 741     fi
 742     result=${result:-$?}
 743     checkexit $result "$1 tests"
 744     title "End of $1 tests (`timer`)"
 745     return $result
 746 }
 747
 748 do_install() {
 749   skipit=false
 750
 751   if [[ -z "${only_install}" || "${only_install}" == "${1}" || "${only_install}" == "${2}" ]]; then
 752       retry do_install_once ${@}
 753   else
 754       skipit=true
 755   fi
 756
 757   if [[ "$skipit" = true ]]; then
 758     title "Skipping $1 install"
 759   fi
 760 }
 761
 762 do_install_once() {
 763     title "Running $1 install"
 764     timer_reset
 765     if [[ "$2" == "go" ]]
 766     then
 767         go get -ldflags "-X main.version=${ARVADOS_VERSION:-$(git log -n1 --format=%H)-dev}" -t "git.curoverse.com/arvados.git/$1"
 768     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 769     then
 770         # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
 771         # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
 772
 773         # Need to change to a different directory after creating
 774         # the source dist package to avoid a pip bug.
 775         # see https://arvados.org/issues/5766 for details.
 776
 777         # Also need to install twice, because if it believes the package is
 778         # already installed, pip it won't install it.  So the first "pip
 779         # install" ensures that the dependencies are met, the second "pip
 780         # install" ensures that we've actually installed the local package
 781         # we just built.
 782         cd "$WORKSPACE/$1" \
 783             && "${3}python" setup.py sdist rotate --keep=1 --match .tar.gz \
 784             && cd "$WORKSPACE" \
 785             && "${3}pip" install --no-cache-dir --quiet "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz \
 786             && "${3}pip" install --no-cache-dir --quiet --no-deps --ignore-installed "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz
 787     elif [[ "$2" != "" ]]
 788     then
 789         "install_$2"
 790     else
 791         "install_$1"
 792     fi
 793     result=$?
 794     checkexit $result "$1 install"
 795     title "End of $1 install (`timer`)"
 796     return $result
 797 }
 798
 799 bundle_install_trylocal() {
 800     (
 801         set -e
 802         echo "(Running bundle install --local. 'could not find package' messages are OK.)"
 803         if ! bundle install --local --no-deployment; then
 804             echo "(Running bundle install again, without --local.)"
 805             bundle install --no-deployment
 806         fi
 807         bundle package --all
 808     )
 809 }
 810
 811 install_doc() {
 812     cd "$WORKSPACE/doc" \
 813         && bundle_install_trylocal \
 814         && rm -rf .site
 815 }
 816 do_install doc
 817
 818 install_gem() {
 819     gemname=$1
 820     srcpath=$2
 821     with_test_gemset gem_uninstall_if_exists "$gemname" \
 822         && cd "$WORKSPACE/$srcpath" \
 823         && bundle_install_trylocal \
 824         && gem build "$gemname.gemspec" \
 825         && with_test_gemset gem install --no-ri --no-rdoc $(ls -t "$gemname"-*.gem|head -n1)
 826 }
 827
 828 install_ruby_sdk() {
 829     install_gem arvados sdk/ruby
 830 }
 831 do_install sdk/ruby ruby_sdk
 832
 833 install_R_sdk() {
 834   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
 835     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
 836        && Rscript --vanilla install_deps.R
 837   fi
 838 }
 839 do_install sdk/R R_sdk
 840
 841 install_perl_sdk() {
 842     cd "$WORKSPACE/sdk/perl" \
 843         && perl Makefile.PL INSTALL_BASE="$PERLINSTALLBASE" \
 844         && make install INSTALLDIRS=perl
 845 }
 846 do_install sdk/perl perl_sdk
 847
 848 install_cli() {
 849     install_gem arvados-cli sdk/cli
 850 }
 851 do_install sdk/cli cli
 852
 853 install_login-sync() {
 854     install_gem arvados-login-sync services/login-sync
 855 }
 856 do_install services/login-sync login-sync
 857
 858 # Install the Python SDK early. Various other test suites (like
 859 # keepproxy) bring up run_test_server.py, which imports the arvados
 860 # module. We can't actually *test* the Python SDK yet though, because
 861 # its own test suite brings up some of those other programs (like
 862 # keepproxy).
 863 for p in "${pythonstuff[@]}"
 864 do
 865     dir=${p%:py3}
 866     if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
 867         if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
 868             do_install ${dir} pip
 869         fi
 870     elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
 871         if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
 872             do_install ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
 873         fi
 874     fi
 875 done
 876
 877 install_apiserver() {
 878     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 879         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal
 880
 881     rm -f config/environments/test.rb
 882     cp config/environments/test.rb.example config/environments/test.rb
 883
 884     if [ -n "$CONFIGSRC" ]
 885     then
 886         for f in database.yml
 887         do
 888             cp "$CONFIGSRC/$f" config/ || fatal "$f"
 889         done
 890     fi
 891
 892     # Clear out any lingering postgresql connections to the test
 893     # database, so that we can drop it. This assumes the current user
 894     # is a postgresql superuser.
 895     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 896         && test_database=$(python -c "import yaml; print yaml.load(file('config/database.yml'))['test']['database']") \
 897         && psql "$test_database" -c "SELECT pg_terminate_backend (pg_stat_activity.pid::int) FROM pg_stat_activity WHERE pg_stat_activity.datname = '$test_database';" 2>/dev/null
 898
 899     mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/tmp/pids"
 900
 901     cert="$WORKSPACE/services/api/tmp/self-signed"
 902     if [[ ! -e "$cert.pem" || "$(date -r "$cert.pem" +%s)" -lt 1512659226 ]]; then
 903         (
 904             dir="$WORKSPACE/services/api/tmp"
 905             set -ex
 906             openssl req -newkey rsa:2048 -nodes -subj '/C=US/ST=State/L=City/CN=localhost' -out "$cert.csr" -keyout "$cert.key" </dev/null
 907             openssl x509 -req -in "$cert.csr" -signkey "$cert.key" -out "$cert.pem" -days 3650 -extfile <(printf 'subjectAltName=DNS:localhost,DNS:::1,DNS:0.0.0.0,DNS:127.0.0.1,IP:::1,IP:0.0.0.0,IP:127.0.0.1')
 908         ) || return 1
 909     fi
 910
 911     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 912         && rm -rf tmp/git \
 913         && mkdir -p tmp/git \
 914         && cd tmp/git \
 915         && tar xf ../../test/test.git.tar \
 916         && mkdir -p internal.git \
 917         && git --git-dir internal.git init \
 918             || return 1
 919
 920     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 921         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:drop \
 922         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:setup \
 923         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:fixtures:load
 924 }
 925 do_install services/api apiserver
 926
 927 declare -a gostuff
 928 gostuff=(
 929     cmd/arvados-client
 930     cmd/arvados-server
 931     lib/cli
 932     lib/cmd
 933     lib/controller
 934     lib/crunchstat
 935     lib/cloud
 936     lib/cloud/azure
 937     lib/cloud/ec2
 938     lib/dispatchcloud
 939     lib/dispatchcloud/container
 940     lib/dispatchcloud/scheduler
 941     lib/dispatchcloud/ssh_executor
 942     lib/dispatchcloud/worker
 943     sdk/go/arvados
 944     sdk/go/arvadosclient
 945     sdk/go/auth
 946     sdk/go/blockdigest
 947     sdk/go/dispatch
 948     sdk/go/health
 949     sdk/go/httpserver
 950     sdk/go/manifest
 951     sdk/go/asyncbuf
 952     sdk/go/crunchrunner
 953     sdk/go/stats
 954     services/arv-git-httpd
 955     services/crunchstat
 956     services/health
 957     services/keep-web
 958     services/keepstore
 959     sdk/go/keepclient
 960     services/keep-balance
 961     services/keepproxy
 962     services/crunch-dispatch-local
 963     services/crunch-dispatch-slurm
 964     services/crunch-run
 965     services/ws
 966     tools/keep-block-check
 967     tools/keep-exercise
 968     tools/keep-rsync
 969     tools/sync-groups
 970 )
 971 for g in "${gostuff[@]}"
 972 do
 973     do_install "$g" go
 974 done
 975
 976 install_workbench() {
 977     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
 978         && mkdir -p tmp/cache \
 979         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal \
 980         && RAILS_ENV=test RAILS_GROUPS=assets bundle exec rake npm:install
 981 }
 982 do_install apps/workbench workbench
 983
 984 unset http_proxy https_proxy no_proxy
 985
 986 test_doclinkchecker() {
 987     (
 988         set -e
 989         cd "$WORKSPACE/doc"
 990         ARVADOS_API_HOST=qr1hi.arvadosapi.com
 991         # Make sure python-epydoc is installed or the next line won't
 992         # do much good!
 993         PYTHONPATH=$WORKSPACE/sdk/python/ bundle exec rake linkchecker baseurl=file://$WORKSPACE/doc/.site/ arvados_workbench_host=https://workbench.$ARVADOS_API_HOST arvados_api_host=$ARVADOS_API_HOST
 994     )
 995 }
 996 do_test doc doclinkchecker
 997
 998 stop_services
 999
1000 test_apiserver() {
1001     rm -f "$WORKSPACE/services/api/git-commit.version"
1002     cd "$WORKSPACE/services/api" \
1003         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[services/api]}
1004 }
1005 do_test services/api apiserver
1006
1007 # Shortcut for when we're only running apiserver tests. This saves a bit of time,
1008 # because we don't need to start up the api server for subsequent tests.
1009 if [ ! -z "$only" ] && [ "$only" == "services/api" ]; then
1010   rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
1011   exit_cleanly
1012 fi
1013
1014 start_services || { stop_services; fatal "start_services"; }
1015
1016 test_ruby_sdk() {
1017     cd "$WORKSPACE/sdk/ruby" \
1018         && bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/ruby]}
1019 }
1020 do_test sdk/ruby ruby_sdk
1021
1022 test_R_sdk() {
1023   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
1024     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
1025         && Rscript --vanilla run_test.R
1026   fi
1027 }
1028
1029 do_test sdk/R R_sdk
1030
1031 test_cli() {
1032     cd "$WORKSPACE/sdk/cli" \
1033         && mkdir -p /tmp/keep \
1034         && KEEP_LOCAL_STORE=/tmp/keep bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/cli]}
1035 }
1036 do_test sdk/cli cli
1037
1038 test_java_v2_sdk() {
1039     cd "$WORKSPACE/sdk/java-v2" && ./gradlew test
1040 }
1041 do_test sdk/java-v2 java_v2_sdk
1042
1043 test_login-sync() {
1044     cd "$WORKSPACE/services/login-sync" \
1045         && bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[services/login-sync]}
1046 }
1047 do_test services/login-sync login-sync
1048
1049 test_nodemanager_integration() {
1050     cd "$WORKSPACE/services/nodemanager" \
1051         && tests/integration_test.py ${testargs[services/nodemanager_integration]}
1052 }
1053 do_test services/nodemanager_integration nodemanager_integration
1054
1055 for p in "${pythonstuff[@]}"
1056 do
1057     dir=${p%:py3}
1058     if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
1059         if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
1060             do_test ${dir} pip
1061         fi
1062     elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
1063         if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
1064             do_test ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
1065         fi
1066     fi
1067 done
1068
1069 for g in "${gostuff[@]}"
1070 do
1071     do_test "$g" go
1072 done
1073
1074 test_workbench_units() {
1075     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1076         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:units TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1077 }
1078 do_test apps/workbench_units workbench_units
1079
1080 test_workbench_functionals() {
1081     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1082         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:functionals TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1083 }
1084 do_test apps/workbench_functionals workbench_functionals
1085
1086 test_workbench_integration() {
1087     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1088         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:integration TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1089 }
1090 do_test apps/workbench_integration workbench_integration
1091
1092
1093 test_workbench_benchmark() {
1094     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1095         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:benchmark ${testargs[apps/workbench_benchmark]}
1096 }
1097 do_test apps/workbench_benchmark workbench_benchmark
1098
1099 test_workbench_profile() {
1100     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1101         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:profile ${testargs[apps/workbench_profile]}
1102 }
1103 do_test apps/workbench_profile workbench_profile
1104
1105 exit_cleanly