crunch_scripts/rtg-map

   1 #!/usr/bin/env python
   2 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   3 #
   4 # SPDX-License-Identifier: Apache-2.0
   5
   6 import arvados
   7 import os
   8 import re
   9 import sys
  10 import pyrtg
  11
  12 arvados.job_setup.one_task_per_input_stream(if_sequence=0, and_end_task=True)
  13
  14 this_job = arvados.current_job()
  15 this_task = arvados.current_task()
  16 in_dir = os.path.join(this_task.tmpdir, 'input')
  17 arvados.util.run_command(['rm', '-rf', in_dir], stderr=sys.stderr)
  18 in_dir = arvados.util.stream_extract(
  19     stream = arvados.StreamReader(this_task['parameters']['input']),
  20     path = in_dir,
  21     decompress = False)
  22 ref_dir = arvados.util.collection_extract(
  23     collection = this_job['script_parameters']['reference'],
  24     path = 'reference',
  25     decompress = False)
  26
  27 out_dir = os.path.join(arvados.current_task().tmpdir, 'out')
  28 arvados.util.run_command(['rm', '-rf', out_dir], stderr=sys.stderr)
  29
  30 # map reads
  31 pyrtg.run_rtg('map', out_dir,
  32               ['-i', in_dir,
  33                '-t', ref_dir,
  34                '-a', '2',
  35                '-b', '1',
  36                '--sam-rg', '@RG\\tID:NA\\tSM:NA\\tPL:ILLUMINA'])
  37
  38 # store output
  39 out = arvados.CollectionWriter()
  40 out.write_directory_tree(out_dir, this_task['parameters']['input'][0], 0)
  41 this_task.set_output(out.finish())