doc/start/getting_started/firstpipeline.html.textile.liquid

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   2 layout: default
   3 navsection: start
   4 title: Run your first pipeline in minutes
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   7 h2. LobSTR v3
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   9 In this quickstart guide, we'll run an existing pipeline with pre-existing data. Step-by-step instructions are shown below. You can follow along using your own local install or by using Curoverse's <a href="http://lp.curoverse.com/beta-signup/">hosted version of Arvados</a> (in public beta, any Google account can be used to login).
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  11 (For more information about this pipeline, see our <a href="https://dev.arvados.org/projects/arvados/wiki/LobSTR_tutorial">detailed lobSTR guide</a>).
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  13 <div id="carousel-firstpipe" class="carousel slide" data-interval="false">
  14   <!-- Indicators -->
  15   <ol class="carousel-indicators">
  16     <li data-target="#carousel-firstpipe" data-slide-to="0" class="active"></li>
  17     <li data-target="#carousel-firstpipe" data-slide-to="1"></li>
  18     <li data-target="#carousel-firstpipe" data-slide-to="2"></li>
  19     <li data-target="#carousel-firstpipe" data-slide-to="3"></li>
  20     <li data-target="#carousel-firstpipe" data-slide-to="4"></li>
  21     <li data-target="#carousel-firstpipe" data-slide-to="5"></li>
  22     <li data-target="#carousel-firstpipe" data-slide-to="6"></li>
  23   </ol>
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  25   <!-- Wrapper for slides -->
  26   <div class="carousel-inner" role="listbox">
  27     <div class="item active">
  28       <img src="{{ site.baseurl }}/images/quickstart/1.png" alt="Step 1. At the dashboard, click 'Run a pipeline...'.">
  29       <div class="carousel-caption">
  30         Step 1. At the dashboard, click 'Run a pipeline...'.
  31       </div>
  32     </div>
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  34     <div class="item">
  35       <img src="{{ site.baseurl }}/images/quickstart/2.png" alt="Choose 'lobstr v.3' and hit 'Next'.">
  36       <div class="carousel-caption">
  37         Choose 'lobstr v.3' and hit 'Next'.
  38       </div>
  39     </div>
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  41     <div class="item">
  42       <img src="{{ site.baseurl }}/images/quickstart/3.png" alt="Rename the pipeline instance, then click 'Run'. Click 'Choose' to change the default inputs.">
  43       <div class="carousel-caption">
  44         Rename the pipeline instance, then click 'Run'. Click 'Choose' to change the default inputs.
  45       </div>
  46     </div>
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  48     <div class="item">
  49       <img src="{{ site.baseurl }}/images/quickstart/4.png" alt="Here we search for and choose new inputs.">
  50       <div class="carousel-caption">
  51         Here we search for and choose new inputs.
  52       </div>
  53     </div>
  54
  55     <div class="item">
  56       <img src="{{ site.baseurl }}/images/quickstart/5.png" alt="After the job completes, you can re-run it with one click.">
  57       <div class="carousel-caption">
  58         After the job completes, you can re-run it with one click.
  59       </div>
  60     </div>
  61
  62     <div class="item">
  63       <img src="{{ site.baseurl }}/images/quickstart/6.png" alt="You can inspect details about the pipeline which are automatically logged.">
  64       <div class="carousel-caption">
  65         You can inspect automatically-logged details about the pipeline.
  66       </div>
  67     </div>
  68
  69     <div class="item">
  70       <img src="{{ site.baseurl }}/images/quickstart/7.png" alt="Click 'Create sharing link' to share the output files with people outside Arvados. [END]">
  71       <div class="carousel-caption">
  72         Click 'Create sharing link' to share the output files with people outside Arvados. [END]
  73       </div>
  74     </div>
  75
  76   </div>
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  78   <!-- Controls -->
  79   <a class="left carousel-control" href="#carousel-firstpipe" role="button" data-slide="prev">
  80     <span class="glyphicon glyphicon-chevron-left" aria-hidden="true"></span>
  81     <span class="sr-only">Previous</span>
  82   </a>
  83   <a class="right carousel-control" href="#carousel-firstpipe" role="button" data-slide="next">
  84     <span class="glyphicon glyphicon-chevron-right" aria-hidden="true"></span>
  85     <span class="sr-only">Next</span>
  86   </a>
  87 </div>
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  89 Tip: You may need to make your browser window bigger to see full-size images in the gallery above.