sdk/cwl/tests/arvados-tests.sh

   1 #!/bin/bash
   2 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   3 #
   4 # SPDX-License-Identifier: Apache-2.0
   5 #
   6 # This in an additional integration test suite for Arvados specific
   7 # bugs and features that are not covered by the unit tests or CWL
   8 # conformance tests.
   9 #
  10
  11 set -ex
  12
  13 if ! arv-get d7514270f356df848477718d58308cc4+94 > /dev/null ; then
  14     arv-put --portable-data-hash testdir/*
  15 fi
  16 if ! arv-get f225e6259bdd63bc7240599648dde9f1+97 > /dev/null ; then
  17     arv-put --portable-data-hash hg19/*
  18 fi
  19 if ! arv-get 4d8a70b1e63b2aad6984e40e338e2373+69 > /dev/null ; then
  20     arv-put --portable-data-hash secondaryFiles/hello.txt*
  21 fi
  22 if ! arv-get 20850f01122e860fb878758ac1320877+71 > /dev/null ; then
  23     arv-put --portable-data-hash samples/sample1_S01_R1_001.fastq.gz
  24 fi
  25
  26 # Use the python executor associated with the installed OS package, if present.
  27 python=$(((ls /usr/share/python3*/dist/python3-arvados-cwl-runner/bin/python || echo python3) | head -n1) 2>/dev/null)
  28
  29 # Test for #18888
  30 # This is a standalone test because the bug was observed with this
  31 # command line and was thought to be due to command line handling.
  32 arvados-cwl-runner 18888-download_def.cwl --scripts scripts/
  33
  34 # Test for #19070
  35 # The most effective way to test this seemed to be to write an
  36 # integration test to check for the expected behavior.
  37 $python test_copy_deps.py
  38
  39 # Test for #17004
  40 # Checks that the final output collection has the expected properties.
  41 python test_set_output_prop.py
  42
  43 # Run integration tests
  44 exec cwltest --test arvados-tests.yml --tool arvados-cwl-runner $@ -- --disable-reuse --compute-checksum --api=containers