build/run-tests.sh

   1 #!/bin/bash
   2 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   3 #
   4 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   5
   6 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/libcloud-pin.sh
   7
   8 COLUMNS=80
   9 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/run-library.sh
  10
  11 read -rd "\000" helpmessage <<EOF
  12 $(basename $0): Install and test Arvados components.
  13
  14 Exit non-zero if any tests fail.
  15
  16 Syntax:
  17         $(basename $0) WORKSPACE=/path/to/arvados [options]
  18
  19 Options:
  20
  21 --skip FOO     Do not test the FOO component.
  22 --skip sanity  Skip initial dev environment sanity checks.
  23 --skip install Do not run any install steps. Just run tests.
  24                You should provide GOPATH, GEMHOME, and VENVDIR options
  25                from a previous invocation if you use this option.
  26 --only FOO     Do not test anything except the FOO component.
  27 --temp DIR     Install components and dependencies under DIR instead of
  28                making a new temporary directory. Implies --leave-temp.
  29 --leave-temp   Do not remove GOPATH, virtualenv, and other temp dirs at exit.
  30                Instead, show the path to give as --temp to reuse them in
  31                subsequent invocations.
  32 --repeat N     Repeat each install/test step until it succeeds N times.
  33 --retry        Prompt to retry if an install or test suite fails.
  34 --only-install Run specific install step
  35 --short        Skip (or scale down) some slow tests.
  36 --interactive  Set up, then prompt for test/install steps to perform.
  37 WORKSPACE=path Arvados source tree to test.
  38 CONFIGSRC=path Dir with config.yml file containing PostgreSQL section for use by tests.
  39 services/api_test="TEST=test/functional/arvados/v1/collections_controller_test.rb"
  40                Restrict apiserver tests to the given file
  41 sdk/python_test="--test-suite tests.test_keep_locator"
  42                Restrict Python SDK tests to the given class
  43 apps/workbench_test="TEST=test/integration/pipeline_instances_test.rb"
  44                Restrict Workbench tests to the given file
  45 services/arv-git-httpd_test="-check.vv"
  46                Show all log messages, even when tests pass (also works
  47                with services/keepstore_test etc.)
  48 ARVADOS_DEBUG=1
  49                Print more debug messages
  50 envvar=value   Set \$envvar to value. Primarily useful for WORKSPACE,
  51                *_test, and other examples shown above.
  52
  53 Assuming "--skip install" is not given, all components are installed
  54 into \$GOPATH, \$VENDIR, and \$GEMHOME before running any tests. Many
  55 test suites depend on other components being installed, and installing
  56 everything tends to be quicker than debugging dependencies.
  57
  58 As a special concession to the current CI server config, CONFIGSRC
  59 defaults to $HOME/arvados-api-server if that directory exists.
  60
  61 More information and background:
  62
  63 https://arvados.org/projects/arvados/wiki/Running_tests
  64
  65 Available tests:
  66
  67 apps/workbench (*)
  68 apps/workbench_units (*)
  69 apps/workbench_functionals (*)
  70 apps/workbench_integration (*)
  71 apps/workbench_benchmark
  72 apps/workbench_profile
  73 cmd/arvados-client
  74 cmd/arvados-server
  75 doc
  76 lib/cli
  77 lib/cmd
  78 lib/controller
  79 lib/controller/federation
  80 lib/controller/railsproxy
  81 lib/controller/router
  82 lib/controller/rpc
  83 lib/crunchstat
  84 lib/crunch-run
  85 lib/cloud
  86 lib/cloud/azure
  87 lib/cloud/cloudtest
  88 lib/dispatchcloud
  89 lib/dispatchcloud/container
  90 lib/dispatchcloud/scheduler
  91 lib/dispatchcloud/ssh_executor
  92 lib/dispatchcloud/worker
  93 lib/mount
  94 lib/pam
  95 lib/service
  96 services/api
  97 services/arv-git-httpd
  98 services/crunchstat
  99 services/dockercleaner
 100 services/fuse
 101 services/fuse:py3
 102 services/health
 103 services/keep-web
 104 services/keepproxy
 105 services/keepstore
 106 services/keep-balance
 107 services/login-sync
 108 services/crunch-dispatch-local
 109 services/crunch-dispatch-slurm
 110 services/ws
 111 sdk/cli
 112 sdk/python
 113 sdk/python:py3
 114 sdk/ruby
 115 sdk/go/arvados
 116 sdk/go/arvadosclient
 117 sdk/go/auth
 118 sdk/go/dispatch
 119 sdk/go/keepclient
 120 sdk/go/health
 121 sdk/go/httpserver
 122 sdk/go/manifest
 123 sdk/go/blockdigest
 124 sdk/go/asyncbuf
 125 sdk/go/stats
 126 sdk/go/crunchrunner
 127 sdk/cwl:py3
 128 sdk/R
 129 sdk/java-v2
 130 tools/sync-groups
 131 tools/crunchstat-summary
 132 tools/crunchstat-summary:py3
 133 tools/keep-exercise
 134 tools/keep-rsync
 135 tools/keep-block-check
 136
 137 (*) apps/workbench is shorthand for apps/workbench_units +
 138     apps/workbench_functionals + apps/workbench_integration
 139
 140 EOF
 141
 142 # First make sure to remove any ARVADOS_ variables from the calling
 143 # environment that could interfere with the tests.
 144 unset $(env | cut -d= -f1 | grep \^ARVADOS_)
 145
 146 # Reset other variables that could affect our [tests'] behavior by
 147 # accident.
 148 GITDIR=
 149 GOPATH=
 150 VENVDIR=
 151 VENV3DIR=
 152 PYTHONPATH=
 153 GEMHOME=
 154 PERLINSTALLBASE=
 155 R_LIBS=
 156 export LANG=en_US.UTF-8
 157
 158 short=
 159 only_install=
 160 temp=
 161 temp_preserve=
 162
 163 clear_temp() {
 164     if [[ -z "$temp" ]]; then
 165         # we didn't even get as far as making a temp dir
 166         :
 167     elif [[ -z "$temp_preserve" ]]; then
 168         rm -rf "$temp"
 169     else
 170         echo "Leaving behind temp dirs in $temp"
 171     fi
 172 }
 173
 174 fatal() {
 175     clear_temp
 176     echo >&2 "Fatal: $* (encountered in ${FUNCNAME[1]} at ${BASH_SOURCE[1]} line ${BASH_LINENO[0]})"
 177     exit 1
 178 }
 179
 180 exit_cleanly() {
 181     trap - INT
 182     if which create-plot-data-from-log.sh >/dev/null; then
 183         create-plot-data-from-log.sh $BUILD_NUMBER "$WORKSPACE/apps/workbench/log/test.log" "$WORKSPACE/apps/workbench/log/"
 184     fi
 185     rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
 186     stop_services
 187     rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
 188     report_outcomes
 189     clear_temp
 190     exit ${#failures}
 191 }
 192
 193 sanity_checks() {
 194     [[ -n "${skip[sanity]}" ]] && return 0
 195     ( [[ -n "$WORKSPACE" ]] && [[ -d "$WORKSPACE/services" ]] ) \
 196         || fatal "WORKSPACE environment variable not set to a source directory (see: $0 --help)"
 197     [[ -z "$CONFIGSRC" ]] || [[ -s "$CONFIGSRC/config.yml" ]] \
 198         || fatal "CONFIGSRC is $CONFIGSRC but '$CONFIGSRC/config.yml' is empty or not found (see: $0 --help)"
 199     echo Checking dependencies:
 200     echo "locale: ${LANG}"
 201     [[ "$(locale charmap)" = "UTF-8" ]] \
 202         || fatal "Locale '${LANG}' is broken/missing. Try: echo ${LANG} | sudo tee -a /etc/locale.gen && sudo locale-gen"
 203     echo -n 'virtualenv: '
 204     virtualenv --version \
 205         || fatal "No virtualenv. Try: apt-get install virtualenv (on ubuntu: python-virtualenv)"
 206     echo -n 'ruby: '
 207     ruby -v \
 208         || fatal "No ruby. Install >=2.1.9 (using rbenv, rvm, or source)"
 209     echo -n 'go: '
 210     go version \
 211         || fatal "No go binary. See http://golang.org/doc/install"
 212     [[ $(go version) =~ go1.([0-9]+) ]] && [[ ${BASH_REMATCH[1]} -ge 12 ]] \
 213         || fatal "Go >= 1.12 required. See http://golang.org/doc/install"
 214     echo -n 'gcc: '
 215     gcc --version | egrep ^gcc \
 216         || fatal "No gcc. Try: apt-get install build-essential"
 217     echo -n 'fuse.h: '
 218     find /usr/include -path '*fuse/fuse.h' | egrep --max-count=1 . \
 219         || fatal "No fuse/fuse.h. Try: apt-get install libfuse-dev"
 220     echo -n 'gnutls.h: '
 221     find /usr/include -path '*gnutls/gnutls.h' | egrep --max-count=1 . \
 222         || fatal "No gnutls/gnutls.h. Try: apt-get install libgnutls28-dev"
 223     echo -n 'Python2 pyconfig.h: '
 224     find /usr/include -path '*/python2*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
 225         || fatal "No Python2 pyconfig.h. Try: apt-get install python2.7-dev"
 226     echo -n 'Python3 pyconfig.h: '
 227     find /usr/include -path '*/python3*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
 228         || fatal "No Python3 pyconfig.h. Try: apt-get install python3-dev"
 229     which netstat \
 230         || fatal "No netstat. Try: apt-get install net-tools"
 231     echo -n 'nginx: '
 232     PATH="$PATH:/sbin:/usr/sbin:/usr/local/sbin" nginx -v \
 233         || fatal "No nginx. Try: apt-get install nginx"
 234     echo -n 'perl: '
 235     perl -v | grep version \
 236         || fatal "No perl. Try: apt-get install perl"
 237     for mod in ExtUtils::MakeMaker JSON LWP Net::SSL; do
 238         echo -n "perl $mod: "
 239         perl -e "use $mod; print \"\$$mod::VERSION\\n\"" \
 240             || fatal "No $mod. Try: apt-get install perl-modules libcrypt-ssleay-perl libjson-perl libwww-perl"
 241     done
 242     echo -n 'gitolite: '
 243     which gitolite \
 244         || fatal "No gitolite. Try: apt-get install gitolite3"
 245     echo -n 'npm: '
 246     npm --version \
 247         || fatal "No npm. Try: wget -O- https://nodejs.org/dist/v6.11.2/node-v6.11.2-linux-x64.tar.xz | sudo tar -C /usr/local -xJf - && sudo ln -s ../node-v6.11.2-linux-x64/bin/{node,npm} /usr/local/bin/"
 248     echo -n 'cadaver: '
 249     cadaver --version | grep -w cadaver \
 250           || fatal "No cadaver. Try: apt-get install cadaver"
 251     echo -n 'libattr1 xattr.h: '
 252     find /usr/include -path '*/attr/xattr.h' | egrep --max-count=1 . \
 253         || fatal "No libattr1 xattr.h. Try: apt-get install libattr1-dev"
 254     echo -n 'libcurl curl.h: '
 255     find /usr/include -path '*/curl/curl.h' | egrep --max-count=1 . \
 256         || fatal "No libcurl curl.h. Try: apt-get install libcurl4-gnutls-dev"
 257     echo -n 'libpq libpq-fe.h: '
 258     find /usr/include -path '*/postgresql/libpq-fe.h' | egrep --max-count=1 . \
 259         || fatal "No libpq libpq-fe.h. Try: apt-get install libpq-dev"
 260     echo -n 'libpam pam_appl.h: '
 261     find /usr/include -path '*/security/pam_appl.h' | egrep --max-count=1 . \
 262         || fatal "No libpam pam_appl.h. Try: apt-get install libpam0g-dev"
 263     echo -n 'postgresql: '
 264     psql --version || fatal "No postgresql. Try: apt-get install postgresql postgresql-client-common"
 265     echo -n 'phantomjs: '
 266     phantomjs --version || fatal "No phantomjs. Try: apt-get install phantomjs"
 267     echo -n 'xvfb: '
 268     which Xvfb || fatal "No xvfb. Try: apt-get install xvfb"
 269     echo -n 'graphviz: '
 270     dot -V || fatal "No graphviz. Try: apt-get install graphviz"
 271     echo -n 'geckodriver: '
 272     geckodriver --version | grep ^geckodriver || echo "No geckodriver. Try: wget -O- https://github.com/mozilla/geckodriver/releases/download/v0.23.0/geckodriver-v0.23.0-linux64.tar.gz | sudo tar -C /usr/local/bin -xzf - geckodriver"
 273
 274     if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
 275       # R SDK stuff
 276       echo -n 'R: '
 277       which Rscript || fatal "No Rscript. Try: apt-get install r-base"
 278       echo -n 'testthat: '
 279       Rscript -e "library('testthat')" || fatal "No testthat. Try: apt-get install r-cran-testthat"
 280       # needed for roxygen2, needed for devtools, needed for R sdk
 281       pkg-config --exists libxml-2.0 || fatal "No libxml2. Try: apt-get install libxml2-dev"
 282       # needed for pkgdown, builds R SDK doc pages
 283       which pandoc || fatal "No pandoc. Try: apt-get install pandoc"
 284     fi
 285     echo 'procs with /dev/fuse open:'
 286     find /proc/*/fd -lname /dev/fuse 2>/dev/null | cut -d/ -f3 | xargs --no-run-if-empty ps -lywww
 287     echo 'grep fuse /proc/self/mountinfo:'
 288     grep fuse /proc/self/mountinfo
 289 }
 290
 291 rotate_logfile() {
 292   # i.e.  rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
 293   # $BUILD_NUMBER is set by Jenkins if this script is being called as part of a Jenkins run
 294   if [[ -f "$1/$2" ]]; then
 295     THEDATE=`date +%Y%m%d%H%M%S`
 296     mv "$1/$2" "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 297     gzip "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 298   fi
 299 }
 300
 301 declare -a failures
 302 declare -A skip
 303 declare -A only
 304 declare -A testargs
 305 skip[apps/workbench_profile]=1
 306
 307 while [[ -n "$1" ]]
 308 do
 309     arg="$1"; shift
 310     case "$arg" in
 311         --help)
 312             echo >&2 "$helpmessage"
 313             echo >&2
 314             exit 1
 315             ;;
 316         --skip)
 317             skip[$1]=1; shift
 318             ;;
 319         --only)
 320             only[$1]=1; skip[$1]=""; shift
 321             ;;
 322         --short)
 323             short=1
 324             ;;
 325         --interactive)
 326             interactive=1
 327             ;;
 328         --skip-install)
 329             skip[install]=1
 330             ;;
 331         --only-install)
 332             only_install="$1"; shift
 333             ;;
 334         --temp)
 335             temp="$1"; shift
 336             temp_preserve=1
 337             ;;
 338         --leave-temp)
 339             temp_preserve=1
 340             ;;
 341         --repeat)
 342             repeat=$((${1}+0)); shift
 343             ;;
 344         --retry)
 345             retry=1
 346             ;;
 347         *_test=*)
 348             suite="${arg%%_test=*}"
 349             args="${arg#*=}"
 350             testargs["$suite"]="$args"
 351             ;;
 352         *=*)
 353             eval export $(echo $arg | cut -d= -f1)=\"$(echo $arg | cut -d= -f2-)\"
 354             ;;
 355         *)
 356             echo >&2 "$0: Unrecognized option: '$arg'. Try: $0 --help"
 357             exit 1
 358             ;;
 359     esac
 360 done
 361
 362 # R SDK installation is very slow (~360s in a clean environment) and only
 363 # required when testing it. Skip that step if it is not needed.
 364 NEED_SDK_R=true
 365
 366 if [[ ${#only[@]} -ne 0 ]] &&
 367    [[ -z "${only['sdk/R']}" && -z "${only['doc']}" ]]; then
 368   NEED_SDK_R=false
 369 fi
 370
 371 if [[ ${skip["sdk/R"]} == 1 && ${skip["doc"]} == 1 ]]; then
 372   NEED_SDK_R=false
 373 fi
 374
 375 if [[ $NEED_SDK_R == false ]]; then
 376         echo "R SDK not needed, it will not be installed."
 377 fi
 378
 379 checkpidfile() {
 380     svc="$1"
 381     pid="$(cat "$WORKSPACE/tmp/${svc}.pid")"
 382     if [[ -z "$pid" ]] || ! kill -0 "$pid"; then
 383         tail $WORKSPACE/tmp/${1}*.log
 384         echo "${svc} pid ${pid} not running"
 385         return 1
 386     fi
 387     echo "${svc} pid ${pid} ok"
 388 }
 389
 390 checkhealth() {
 391     svc="$1"
 392     base=$("${VENVDIR}/bin/python" -c "import yaml; print list(yaml.safe_load(file('$ARVADOS_CONFIG'))['Clusters']['zzzzz']['Services']['$1']['InternalURLs'].keys())[0]")
 393     url="$base/_health/ping"
 394     if ! curl -Ss -H "Authorization: Bearer e687950a23c3a9bceec28c6223a06c79" "${url}" | tee -a /dev/stderr | grep '"OK"'; then
 395         echo "${url} failed"
 396         return 1
 397     fi
 398 }
 399
 400 checkdiscoverydoc() {
 401     dd="https://${1}/discovery/v1/apis/arvados/v1/rest"
 402     if ! (set -o pipefail; curl -fsk "$dd" | grep -q ^{ ); then
 403         echo >&2 "ERROR: could not retrieve discovery doc from RailsAPI at $dd"
 404         tail -v $WORKSPACE/tmp/railsapi.log
 405         return 1
 406     fi
 407     echo "${dd} ok"
 408 }
 409
 410 start_services() {
 411     if [[ -n "$ARVADOS_TEST_API_HOST" ]]; then
 412         return 0
 413     fi
 414     . "$VENVDIR/bin/activate"
 415     echo 'Starting API, controller, keepproxy, keep-web, arv-git-httpd, ws, and nginx ssl proxy...'
 416     if [[ ! -d "$WORKSPACE/services/api/log" ]]; then
 417         mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/log"
 418     fi
 419     # Remove empty api.pid file if it exists
 420     if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid" && ! -s "$WORKSPACE/tmp/api.pid" ]]; then
 421         rm -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid"
 422     fi
 423     all_services_stopped=
 424     fail=1
 425
 426     cd "$WORKSPACE" \
 427         && eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py start --auth admin) \
 428         && export ARVADOS_TEST_API_HOST="$ARVADOS_API_HOST" \
 429         && export ARVADOS_TEST_API_INSTALLED="$$" \
 430         && checkpidfile api \
 431         && checkdiscoverydoc $ARVADOS_API_HOST \
 432         && eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py start_nginx) \
 433         && checkpidfile nginx \
 434         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_controller \
 435         && checkpidfile controller \
 436         && checkhealth Controller \
 437         && checkdiscoverydoc $ARVADOS_API_HOST \
 438         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep_proxy \
 439         && checkpidfile keepproxy \
 440         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep-web \
 441         && checkpidfile keep-web \
 442         && checkhealth WebDAV \
 443         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_arv-git-httpd \
 444         && checkpidfile arv-git-httpd \
 445         && checkhealth GitHTTP \
 446         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_ws \
 447         && checkpidfile ws \
 448         && export ARVADOS_TEST_PROXY_SERVICES=1 \
 449         && (env | egrep ^ARVADOS) \
 450         && fail=0
 451     deactivate
 452     if [[ $fail != 0 ]]; then
 453         unset ARVADOS_TEST_API_HOST
 454     fi
 455     return $fail
 456 }
 457
 458 stop_services() {
 459     if [[ -n "$all_services_stopped" ]]; then
 460         return
 461     fi
 462     unset ARVADOS_TEST_API_HOST ARVADOS_TEST_PROXY_SERVICES
 463     . "$VENVDIR/bin/activate" || return
 464     cd "$WORKSPACE" \
 465         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_nginx \
 466         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_arv-git-httpd \
 467         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_ws \
 468         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep-web \
 469         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep_proxy \
 470         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_controller \
 471         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop \
 472         && all_services_stopped=1
 473     deactivate
 474     unset ARVADOS_CONFIG
 475 }
 476
 477 interrupt() {
 478     failures+=("($(basename $0) interrupted)")
 479     exit_cleanly
 480 }
 481 trap interrupt INT
 482
 483 setup_ruby_environment() {
 484     if [[ -s "$HOME/.rvm/scripts/rvm" ]] ; then
 485         source "$HOME/.rvm/scripts/rvm"
 486         using_rvm=true
 487     elif [[ -s "/usr/local/rvm/scripts/rvm" ]] ; then
 488         source "/usr/local/rvm/scripts/rvm"
 489         using_rvm=true
 490     else
 491         using_rvm=false
 492     fi
 493
 494     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
 495         # If rvm is in use, we can't just put separate "dependencies"
 496         # and "gems-under-test" paths to GEM_PATH: passenger resets
 497         # the environment to the "current gemset", which would lose
 498         # our GEM_PATH and prevent our test suites from running ruby
 499         # programs (for example, the Workbench test suite could not
 500         # boot an API server or run arv). Instead, we have to make an
 501         # rvm gemset and use it for everything.
 502
 503         [[ `type rvm | head -n1` == "rvm is a function" ]] \
 504             || fatal 'rvm check'
 505
 506         # Put rvm's favorite path back in first place (overriding
 507         # virtualenv, which just put itself there). Ignore rvm's
 508         # complaint about not being in first place already.
 509         rvm use @default 2>/dev/null
 510
 511         # Create (if needed) and switch to an @arvados-tests-* gemset,
 512         # salting the gemset name so it doesn't interfere with
 513         # concurrent builds in other workspaces. Leave the choice of
 514         # ruby to the caller.
 515         gemset="arvados-tests-$(echo -n "${WORKSPACE}" | md5sum | head -c16)"
 516         rvm use "@${gemset}" --create \
 517             || fatal 'rvm gemset setup'
 518
 519         rvm env
 520         (bundle version | grep -q 2.0.2) || gem install bundler -v 2.0.2
 521         bundle="$(which bundle)"
 522         echo "$bundle"
 523         "$bundle" version | grep 2.0.2 || fatal 'install bundler'
 524     else
 525         # When our "bundle install"s need to install new gems to
 526         # satisfy dependencies, we want them to go where "gem install
 527         # --user-install" would put them. (However, if the caller has
 528         # already set GEM_HOME, we assume that's where dependencies
 529         # should be installed, and we should leave it alone.)
 530
 531         if [ -z "$GEM_HOME" ]; then
 532             user_gempath="$(gem env gempath)"
 533             export GEM_HOME="${user_gempath%%:*}"
 534         fi
 535         PATH="$(gem env gemdir)/bin:$PATH"
 536
 537         # When we build and install our own gems, we install them in our
 538         # $GEMHOME tmpdir, and we want them to be at the front of GEM_PATH and
 539         # PATH so integration tests prefer them over other versions that
 540         # happen to be installed in $user_gempath, system dirs, etc.
 541
 542         tmpdir_gem_home="$(env - PATH="$PATH" HOME="$GEMHOME" gem env gempath | cut -f1 -d:)"
 543         PATH="$tmpdir_gem_home/bin:$PATH"
 544         export GEM_PATH="$tmpdir_gem_home"
 545
 546         echo "Will install dependencies to $(gem env gemdir)"
 547         echo "Will install arvados gems to $tmpdir_gem_home"
 548         echo "Gem search path is GEM_PATH=$GEM_PATH"
 549         bundle="$(gem env gempath | cut -f1 -d:)/bin/bundle"
 550         (
 551             export HOME=$GEMHOME
 552             bundlers="$(gem list --details bundler)"
 553             versions=(1.11.0 1.17.3 2.0.2)
 554             for v in ${versions[@]}; do
 555                 if ! echo "$bundlers" | fgrep -q "($v)"; then
 556                     gem install --user $(for v in ${versions[@]}; do echo bundler:${v}; done)
 557                     break
 558                 fi
 559             done
 560             "$bundle" version | tee /dev/stderr | grep -q 'version 2'
 561         ) || fatal 'install bundler'
 562     fi
 563 }
 564
 565 with_test_gemset() {
 566     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
 567         "$@"
 568     else
 569         GEM_HOME="$tmpdir_gem_home" GEM_PATH="$tmpdir_gem_home" "$@"
 570     fi
 571 }
 572
 573 gem_uninstall_if_exists() {
 574     if gem list "$1\$" | egrep '^\w'; then
 575         gem uninstall --force --all --executables "$1"
 576     fi
 577 }
 578
 579 setup_virtualenv() {
 580     local venvdest="$1"; shift
 581     if ! [[ -e "$venvdest/bin/activate" ]] || ! [[ -e "$venvdest/bin/pip" ]]; then
 582         virtualenv --setuptools "$@" "$venvdest" || fatal "virtualenv $venvdest failed"
 583     elif [[ -n "$short" ]]; then
 584         return
 585     fi
 586     if [[ $("$venvdest/bin/python" --version 2>&1) =~ \ 3\.[012]\. ]]; then
 587         # pip 8.0.0 dropped support for python 3.2, e.g., debian wheezy
 588         "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'setuptools>=18.5' 'pip>=7,<8'
 589     else
 590         "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'setuptools>=18.5' 'pip>=7'
 591     fi
 592 }
 593
 594 initialize() {
 595     # If dependencies like ruby, go, etc. are installed in
 596     # /var/lib/arvados -- presumably by "arvados-server install" --
 597     # then we want to use those versions, instead of whatever happens
 598     # to be installed in /usr.
 599     PATH="/var/lib/arvados/bin:${PATH}"
 600     sanity_checks
 601
 602     echo "WORKSPACE=$WORKSPACE"
 603
 604     # Clean up .pyc files that may exist in the workspace
 605     cd "$WORKSPACE"
 606     find -name '*.pyc' -delete
 607
 608     if [[ -z "$temp" ]]; then
 609         temp="$(mktemp -d)"
 610     fi
 611
 612     # Set up temporary install dirs (unless existing dirs were supplied)
 613     for tmpdir in VENVDIR VENV3DIR GOPATH GEMHOME PERLINSTALLBASE R_LIBS
 614     do
 615         if [[ -z "${!tmpdir}" ]]; then
 616             eval "$tmpdir"="$temp/$tmpdir"
 617         fi
 618         if ! [[ -d "${!tmpdir}" ]]; then
 619             mkdir "${!tmpdir}" || fatal "can't create ${!tmpdir} (does $temp exist?)"
 620         fi
 621     done
 622
 623     rm -vf "${WORKSPACE}/tmp/*.log"
 624
 625     export PERLINSTALLBASE
 626     export PERL5LIB="$PERLINSTALLBASE/lib/perl5${PERL5LIB:+:$PERL5LIB}"
 627
 628     export R_LIBS
 629
 630     export GOPATH
 631     # Make sure our compiled binaries under test override anything
 632     # else that might be in the environment.
 633     export PATH=$GOPATH/bin:$PATH
 634
 635     # Jenkins config requires that glob tmp/*.log match something. Ensure
 636     # that happens even if we don't end up running services that set up
 637     # logging.
 638     mkdir -p "${WORKSPACE}/tmp/" || fatal "could not mkdir ${WORKSPACE}/tmp"
 639     touch "${WORKSPACE}/tmp/controller.log" || fatal "could not touch ${WORKSPACE}/tmp/controller.log"
 640
 641     unset http_proxy https_proxy no_proxy
 642
 643     # Note: this must be the last time we change PATH, otherwise rvm will
 644     # whine a lot.
 645     setup_ruby_environment
 646
 647     echo "PATH is $PATH"
 648 }
 649
 650 install_env() {
 651     go mod download || fatal "Go deps failed"
 652     which goimports >/dev/null || go get golang.org/x/tools/cmd/goimports || fatal "Go setup failed"
 653
 654     setup_virtualenv "$VENVDIR" --python python2.7
 655     . "$VENVDIR/bin/activate"
 656
 657     # Needed for run_test_server.py which is used by certain (non-Python) tests.
 658     (
 659         set -e
 660         "${VENVDIR}/bin/pip" install PyYAML
 661         "${VENV3DIR}/bin/pip" install PyYAML
 662         cd "$WORKSPACE/sdk/python"
 663         python setup.py install
 664     ) || fatal "installing PyYAML and sdk/python failed"
 665
 666     # Deactivate Python 2 virtualenv
 667     deactivate
 668
 669     # If Python 3 is available, set up its virtualenv in $VENV3DIR.
 670     # Otherwise, skip dependent tests.
 671     PYTHON3=$(which python3)
 672     if [[ ${?} = 0 ]]; then
 673         setup_virtualenv "$VENV3DIR" --python python3
 674     else
 675         PYTHON3=
 676         cat >&2 <<EOF
 677
 678 Warning: python3 could not be found. Python 3 tests will be skipped.
 679
 680 EOF
 681     fi
 682 }
 683
 684 retry() {
 685     remain="${repeat}"
 686     while :
 687     do
 688         if ${@}; then
 689             if [[ "$remain" -gt 1 ]]; then
 690                 remain=$((${remain}-1))
 691                 title "(repeating ${remain} more times)"
 692             else
 693                 break
 694             fi
 695         elif [[ "$retry" == 1 ]]; then
 696             read -p 'Try again? [Y/n] ' x
 697             if [[ "$x" != "y" ]] && [[ "$x" != "" ]]
 698             then
 699                 break
 700             fi
 701         else
 702             break
 703         fi
 704     done
 705 }
 706
 707 do_test() {
 708     case "${1}" in
 709         apps/workbench_units | apps/workbench_functionals | apps/workbench_integration)
 710             suite=apps/workbench
 711             ;;
 712         *)
 713             suite="${1}"
 714             ;;
 715     esac
 716     if [[ -n "${skip[$suite]}" || \
 717               -n "${skip[$1]}" || \
 718               (${#only[@]} -ne 0 && ${only[$suite]} -eq 0 && ${only[$1]} -eq 0) ]]; then
 719         return 0
 720     fi
 721     case "${1}" in
 722         services/api)
 723             stop_services
 724             check_arvados_config "$1"
 725             ;;
 726         gofmt | doc | lib/cli | lib/cloud/azure | lib/cloud/ec2 | lib/cloud/cloudtest | lib/cmd | lib/dispatchcloud/ssh_executor | lib/dispatchcloud/worker)
 727             check_arvados_config "$1"
 728             # don't care whether services are running
 729             ;;
 730         *)
 731             check_arvados_config "$1"
 732             if ! start_services; then
 733                 checkexit 1 "$1 tests"
 734                 title "test $1 -- failed to start services"
 735                 return 1
 736             fi
 737             ;;
 738     esac
 739     retry do_test_once ${@}
 740 }
 741
 742 go_ldflags() {
 743     version=${ARVADOS_VERSION:-$(git log -n1 --format=%H)-dev}
 744     echo "-X git.arvados.org/arvados.git/lib/cmd.version=${version} -X main.version=${version}"
 745 }
 746
 747 do_test_once() {
 748     unset result
 749
 750     title "test $1"
 751     timer_reset
 752
 753     result=
 754     if which deactivate >/dev/null; then deactivate; fi
 755     if ! . "$VENVDIR/bin/activate"
 756     then
 757         result=1
 758     elif [[ "$2" == "go" ]]
 759     then
 760         covername="coverage-$(echo "$1" | sed -e 's/\//_/g')"
 761         coverflags=("-covermode=count" "-coverprofile=$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp")
 762         # We do "go install" here to catch compilation errors
 763         # before trying "go test". Otherwise, coverage-reporting
 764         # mode makes Go show the wrong line numbers when reporting
 765         # compilation errors.
 766         go install -ldflags "$(go_ldflags)" "$WORKSPACE/$1" && \
 767             cd "$WORKSPACE/$1" && \
 768             if [[ -n "${testargs[$1]}" ]]
 769         then
 770             # "go test -check.vv giturl" doesn't work, but this
 771             # does:
 772             go test ${short:+-short} ${testargs[$1]}
 773         else
 774             # The above form gets verbose even when testargs is
 775             # empty, so use this form in such cases:
 776             go test ${short:+-short} ${coverflags[@]} "git.arvados.org/arvados.git/$1"
 777         fi
 778         result=${result:-$?}
 779         if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" ]]
 780         then
 781             go tool cover -html="$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" -o "$WORKSPACE/tmp/$covername.html"
 782             rm "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp"
 783         fi
 784         [[ $result = 0 ]] && gofmt -e -d *.go
 785     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 786     then
 787         tries=0
 788         cd "$WORKSPACE/$1" && while :
 789         do
 790             tries=$((${tries}+1))
 791             # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
 792             # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
 793             if [[ -e "${3}activate" ]]; then
 794                 . "${3}activate"
 795             fi
 796             python setup.py ${short:+--short-tests-only} test ${testargs[$1]}
 797             result=$?
 798             if [[ ${tries} < 3 && ${result} == 137 ]]
 799             then
 800                 printf '\n*****\n%s tests killed -- retrying\n*****\n\n' "$1"
 801                 continue
 802             else
 803                 break
 804             fi
 805         done
 806     elif [[ "$2" != "" ]]
 807     then
 808         "test_$2"
 809     else
 810         "test_$1"
 811     fi
 812     result=${result:-$?}
 813     checkexit $result "$1 tests"
 814     title "test $1 -- `timer`"
 815     return $result
 816 }
 817
 818 check_arvados_config() {
 819     if [[ "$1" = "env" ]] ; then
 820         return
 821     fi
 822     if [[ -z "$ARVADOS_CONFIG" ]] ; then
 823         # Create config file.  The run_test_server script requires PyYAML,
 824         # so virtualenv needs to be active.  Downstream steps like
 825         # workbench install which require a valid config.yml.
 826         if [[ ! -s "$VENVDIR/bin/activate" ]] ; then
 827             install_env
 828         fi
 829         . "$VENVDIR/bin/activate"
 830         cd "$WORKSPACE"
 831         eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py setup_config)
 832         deactivate
 833     fi
 834 }
 835
 836 do_install() {
 837     if [[ -n "${skip[install]}" || ( -n "${only_install}" && "${only_install}" != "${1}" && "${only_install}" != "${2}" ) ]]; then
 838         return 0
 839     fi
 840     check_arvados_config "$1"
 841     retry do_install_once ${@}
 842 }
 843
 844 do_install_once() {
 845     title "install $1"
 846     timer_reset
 847
 848     result=
 849     if which deactivate >/dev/null; then deactivate; fi
 850     if [[ "$1" != "env" ]] && ! . "$VENVDIR/bin/activate"; then
 851         result=1
 852     elif [[ "$2" == "go" ]]
 853     then
 854         go install -ldflags "$(go_ldflags)" "$WORKSPACE/$1"
 855     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 856     then
 857         # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
 858         # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
 859
 860         # Need to change to a different directory after creating
 861         # the source dist package to avoid a pip bug.
 862         # see https://arvados.org/issues/5766 for details.
 863
 864         # Also need to install twice, because if it believes the package is
 865         # already installed, pip it won't install it.  So the first "pip
 866         # install" ensures that the dependencies are met, the second "pip
 867         # install" ensures that we've actually installed the local package
 868         # we just built.
 869         cd "$WORKSPACE/$1" \
 870             && "${3}python" setup.py sdist rotate --keep=1 --match .tar.gz \
 871             && cd "$WORKSPACE" \
 872             && "${3}pip" install --no-cache-dir "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz \
 873             && "${3}pip" install --no-cache-dir --no-deps --ignore-installed "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz
 874     elif [[ "$2" != "" ]]
 875     then
 876         "install_$2"
 877     else
 878         "install_$1"
 879     fi
 880     result=${result:-$?}
 881     checkexit $result "$1 install"
 882     title "install $1 -- `timer`"
 883     return $result
 884 }
 885
 886 bundle_install_trylocal() {
 887     (
 888         set -e
 889         echo "(Running bundle install --local. 'could not find package' messages are OK.)"
 890         if ! "$bundle" install --local --no-deployment; then
 891             echo "(Running bundle install again, without --local.)"
 892             "$bundle" install --no-deployment
 893         fi
 894         "$bundle" package
 895     )
 896 }
 897
 898 install_doc() {
 899     cd "$WORKSPACE/doc" \
 900         && bundle_install_trylocal \
 901         && rm -rf .site
 902 }
 903
 904 install_gem() {
 905     gemname=$1
 906     srcpath=$2
 907     with_test_gemset gem_uninstall_if_exists "$gemname" \
 908         && cd "$WORKSPACE/$srcpath" \
 909         && bundle_install_trylocal \
 910         && gem build "$gemname.gemspec" \
 911         && with_test_gemset gem install --no-document $(ls -t "$gemname"-*.gem|head -n1)
 912 }
 913
 914 install_sdk/ruby() {
 915     install_gem arvados sdk/ruby
 916 }
 917
 918 install_sdk/R() {
 919   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
 920     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
 921        && Rscript --vanilla install_deps.R
 922   fi
 923 }
 924
 925 install_sdk/perl() {
 926     cd "$WORKSPACE/sdk/perl" \
 927         && perl Makefile.PL INSTALL_BASE="$PERLINSTALLBASE" \
 928         && make install INSTALLDIRS=perl
 929 }
 930
 931 install_sdk/cli() {
 932     install_gem arvados-cli sdk/cli
 933 }
 934
 935 install_services/login-sync() {
 936     install_gem arvados-login-sync services/login-sync
 937 }
 938
 939 install_services/api() {
 940     stop_services
 941     check_arvados_config "services/api"
 942     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 943         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal \
 944             || return 1
 945
 946     rm -f config/environments/test.rb
 947     cp config/environments/test.rb.example config/environments/test.rb
 948
 949     # Clear out any lingering postgresql connections to the test
 950     # database, so that we can drop it. This assumes the current user
 951     # is a postgresql superuser.
 952     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 953         && test_database=$("${VENVDIR}/bin/python" -c "import yaml; print yaml.safe_load(file('$ARVADOS_CONFIG'))['Clusters']['zzzzz']['PostgreSQL']['Connection']['dbname']") \
 954         && psql "$test_database" -c "SELECT pg_terminate_backend (pg_stat_activity.pid::int) FROM pg_stat_activity WHERE pg_stat_activity.datname = '$test_database';" 2>/dev/null
 955
 956     mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/tmp/pids"
 957
 958     cert="$WORKSPACE/services/api/tmp/self-signed"
 959     if [[ ! -e "$cert.pem" || "$(date -r "$cert.pem" +%s)" -lt 1512659226 ]]; then
 960         (
 961             dir="$WORKSPACE/services/api/tmp"
 962             set -ex
 963             openssl req -newkey rsa:2048 -nodes -subj '/C=US/ST=State/L=City/CN=localhost' -out "$cert.csr" -keyout "$cert.key" </dev/null
 964             openssl x509 -req -in "$cert.csr" -signkey "$cert.key" -out "$cert.pem" -days 3650 -extfile <(printf 'subjectAltName=DNS:localhost,DNS:::1,DNS:0.0.0.0,DNS:127.0.0.1,IP:::1,IP:0.0.0.0,IP:127.0.0.1')
 965         ) || return 1
 966     fi
 967
 968     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 969         && rm -rf tmp/git \
 970         && mkdir -p tmp/git \
 971         && cd tmp/git \
 972         && tar xf ../../test/test.git.tar \
 973         && mkdir -p internal.git \
 974         && git --git-dir internal.git init \
 975             || return 1
 976
 977     (
 978         set -e
 979         cd "$WORKSPACE/services/api"
 980         export RAILS_ENV=test
 981         if "$bundle" exec rails db:environment:set ; then
 982             "$bundle" exec rake db:drop
 983         fi
 984         "$bundle" exec rake db:setup
 985         "$bundle" exec rake db:fixtures:load
 986     ) || return 1
 987 }
 988
 989 declare -a pythonstuff
 990 pythonstuff=(
 991     sdk/python
 992     sdk/python:py3
 993     sdk/cwl:py3
 994     services/dockercleaner:py3
 995     services/fuse
 996     services/fuse:py3
 997     tools/crunchstat-summary
 998     tools/crunchstat-summary:py3
 999 )
1000
1001 declare -a gostuff
1002 gostuff=($(cd "$WORKSPACE" && git grep -lw func | grep \\.go | sed -e 's/\/[^\/]*$//' | sort -u))
1003
1004 install_apps/workbench() {
1005     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1006         && mkdir -p tmp/cache \
1007         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal \
1008         && RAILS_ENV=test RAILS_GROUPS=assets "$bundle" exec rake npm:install
1009 }
1010
1011 test_doc() {
1012     (
1013         set -e
1014         cd "$WORKSPACE/doc"
1015         ARVADOS_API_HOST=pirca.arvadosapi.com
1016         # Make sure python-epydoc is installed or the next line won't
1017         # do much good!
1018         PYTHONPATH=$WORKSPACE/sdk/python/ "$bundle" exec rake linkchecker baseurl=file://$WORKSPACE/doc/.site/ arvados_workbench_host=https://workbench.$ARVADOS_API_HOST arvados_api_host=$ARVADOS_API_HOST
1019     )
1020 }
1021
1022 test_gofmt() {
1023     cd "$WORKSPACE" || return 1
1024     dirs=$(ls -d */ | egrep -v 'vendor|tmp')
1025     [[ -z "$(gofmt -e -d $dirs | tee -a /dev/stderr)" ]]
1026 }
1027
1028 test_services/api() {
1029     rm -f "$WORKSPACE/services/api/git-commit.version"
1030     cd "$WORKSPACE/services/api" \
1031         && eval env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} "$bundle" exec rake test TESTOPTS=\'-v -d\' ${testargs[services/api]}
1032 }
1033
1034 test_sdk/ruby() {
1035     cd "$WORKSPACE/sdk/ruby" \
1036         && "$bundle" exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/ruby]}
1037 }
1038
1039 test_sdk/R() {
1040   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
1041     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
1042         && Rscript --vanilla run_test.R
1043   fi
1044 }
1045
1046 test_sdk/cli() {
1047     cd "$WORKSPACE/sdk/cli" \
1048         && mkdir -p /tmp/keep \
1049         && KEEP_LOCAL_STORE=/tmp/keep "$bundle" exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/cli]}
1050 }
1051
1052 test_sdk/java-v2() {
1053     cd "$WORKSPACE/sdk/java-v2" && gradle test ${testargs[sdk/java-v2]}
1054 }
1055
1056 test_services/login-sync() {
1057     cd "$WORKSPACE/services/login-sync" \
1058         && "$bundle" exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[services/login-sync]}
1059 }
1060
1061 test_apps/workbench_units() {
1062     local TASK="test:units"
1063     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1064         && eval env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} "$bundle" exec rake ${TASK} TESTOPTS=\'-v -d\' ${testargs[apps/workbench]} ${testargs[apps/workbench_units]}
1065 }
1066
1067 test_apps/workbench_functionals() {
1068     local TASK="test:functionals"
1069     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1070         && eval env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} "$bundle" exec rake ${TASK} TESTOPTS=\'-v -d\' ${testargs[apps/workbench]} ${testargs[apps/workbench_functionals]}
1071 }
1072
1073 test_apps/workbench_integration() {
1074     local TASK="test:integration"
1075     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1076         && eval env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} "$bundle" exec rake ${TASK} TESTOPTS=\'-v -d\' ${testargs[apps/workbench]} ${testargs[apps/workbench_integration]}
1077 }
1078
1079 test_apps/workbench_benchmark() {
1080     local TASK="test:benchmark"
1081     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1082         && eval env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} "$bundle" exec rake ${TASK} ${testargs[apps/workbench_benchmark]}
1083 }
1084
1085 test_apps/workbench_profile() {
1086     local TASK="test:profile"
1087     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1088         && eval env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} "$bundle" exec rake ${TASK} ${testargs[apps/workbench_profile]}
1089 }
1090
1091 install_deps() {
1092     # Install parts needed by test suites
1093     do_install env
1094     do_install cmd/arvados-server go
1095     do_install sdk/cli
1096     do_install sdk/perl
1097     do_install sdk/python pip
1098     do_install sdk/python pip "${VENV3DIR}/bin/"
1099     do_install sdk/ruby
1100     do_install services/api
1101     do_install services/arv-git-httpd go
1102     do_install services/keepproxy go
1103     do_install services/keepstore go
1104     do_install services/keep-web go
1105     do_install services/ws go
1106 }
1107
1108 install_all() {
1109     do_install env
1110     do_install doc
1111     do_install sdk/ruby
1112     do_install sdk/R
1113     do_install sdk/perl
1114     do_install sdk/cli
1115     do_install services/login-sync
1116     for p in "${pythonstuff[@]}"
1117     do
1118         dir=${p%:py3}
1119         if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
1120             if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
1121                 do_install ${dir} pip
1122             fi
1123         elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
1124             if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
1125                 do_install ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
1126             fi
1127         fi
1128     done
1129     for g in "${gostuff[@]}"
1130     do
1131         do_install "$g" go
1132     done
1133     do_install services/api
1134     do_install apps/workbench
1135 }
1136
1137 test_all() {
1138     stop_services
1139     do_test services/api
1140
1141     # Shortcut for when we're only running apiserver tests. This saves a bit of time,
1142     # because we don't need to start up the api server for subsequent tests.
1143     if [ ! -z "$only" ] && [ "$only" == "services/api" ]; then
1144         rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
1145         exit_cleanly
1146     fi
1147
1148     do_test gofmt
1149     do_test doc
1150     do_test sdk/ruby
1151     do_test sdk/R
1152     do_test sdk/cli
1153     do_test services/login-sync
1154     do_test sdk/java-v2
1155     for p in "${pythonstuff[@]}"
1156     do
1157         dir=${p%:py3}
1158         if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
1159             if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
1160                 do_test ${dir} pip
1161             fi
1162         elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
1163             if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
1164                 do_test ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
1165             fi
1166         fi
1167     done
1168
1169     for g in "${gostuff[@]}"
1170     do
1171         do_test "$g" go
1172     done
1173     do_test apps/workbench_units
1174     do_test apps/workbench_functionals
1175     do_test apps/workbench_integration
1176     do_test apps/workbench_benchmark
1177     do_test apps/workbench_profile
1178 }
1179
1180 help_interactive() {
1181     echo "== Interactive commands:"
1182     echo "TARGET                 (short for 'test DIR')"
1183     echo "test TARGET"
1184     echo "10 test TARGET         (run test 10 times)"
1185     echo "test TARGET:py3        (test with python3)"
1186     echo "test TARGET -check.vv  (pass arguments to test)"
1187     echo "install TARGET"
1188     echo "install env            (go/python libs)"
1189     echo "install deps           (go/python libs + arvados components needed for integration tests)"
1190     echo "reset                  (...services used by integration tests)"
1191     echo "exit"
1192     echo "== Test targets:"
1193     echo "${!testfuncargs[@]}" | tr ' ' '\n' | sort | column
1194 }
1195
1196 initialize
1197
1198 declare -A testfuncargs=()
1199 for g in "${gostuff[@]}"; do
1200     testfuncargs[$g]="$g go"
1201 done
1202 for p in "${pythonstuff[@]}"; do
1203     dir=${p%:py3}
1204     testfuncargs[$dir]="$dir pip $VENVDIR/bin/"
1205     testfuncargs[$dir:py3]="$dir pip $VENV3DIR/bin/"
1206 done
1207
1208 testfuncargs["sdk/cli"]="sdk/cli"
1209 testfuncargs["sdk/R"]="sdk/R"
1210 testfuncargs["sdk/java-v2"]="sdk/java-v2"
1211 testfuncargs["apps/workbench_units"]="apps/workbench_units"
1212 testfuncargs["apps/workbench_functionals"]="apps/workbench_functionals"
1213 testfuncargs["apps/workbench_integration"]="apps/workbench_integration"
1214 testfuncargs["apps/workbench_benchmark"]="apps/workbench_benchmark"
1215 testfuncargs["apps/workbench_profile"]="apps/workbench_profile"
1216
1217 if [[ -z ${interactive} ]]; then
1218     install_all
1219     test_all
1220 else
1221     skip=()
1222     only=()
1223     only_install=()
1224     if [[ -e "$VENVDIR/bin/activate" ]]; then stop_services; fi
1225     setnextcmd() {
1226         if [[ "$TERM" = dumb ]]; then
1227             # assume emacs, or something, is offering a history buffer
1228             # and pre-populating the command will only cause trouble
1229             nextcmd=
1230         elif [[ ! -e "$VENVDIR/bin/activate" ]]; then
1231             nextcmd="install deps"
1232         else
1233             nextcmd=""
1234         fi
1235     }
1236     echo
1237     help_interactive
1238     nextcmd="install deps"
1239     setnextcmd
1240     HISTFILE="$WORKSPACE/tmp/.history"
1241     history -r
1242     while read -p 'What next? ' -e -i "$nextcmd" nextcmd; do
1243         history -s "$nextcmd"
1244         history -w
1245         count=1
1246         if [[ "${nextcmd}" =~ ^[0-9] ]]; then
1247           read count nextcmd <<<"${nextcmd}"
1248         fi
1249         read verb target opts <<<"${nextcmd}"
1250         target="${target%/}"
1251         target="${target/\/:/:}"
1252         case "${verb}" in
1253             "exit" | "quit")
1254                 exit_cleanly
1255                 ;;
1256             "reset")
1257                 stop_services
1258                 ;;
1259             "test" | "install")
1260                 case "$target" in
1261                     "")
1262                         help_interactive
1263                         ;;
1264                     all | deps)
1265                         ${verb}_${target}
1266                         ;;
1267                     *)
1268                         argstarget=${target%:py3}
1269                         testargs["$argstarget"]="${opts}"
1270                         tt="${testfuncargs[${target}]}"
1271                         tt="${tt:-$target}"
1272                         while [ $count -gt 0 ]; do
1273                           do_$verb $tt
1274                           let "count=count-1"
1275                         done
1276                         ;;
1277                 esac
1278                 ;;
1279             "" | "help" | *)
1280                 help_interactive
1281                 ;;
1282         esac
1283         if [[ ${#successes[@]} -gt 0 || ${#failures[@]} -gt 0 ]]; then
1284             report_outcomes
1285             successes=()
1286             failures=()
1287         fi
1288         cd "$WORKSPACE"
1289         setnextcmd
1290     done
1291     echo
1292 fi
1293 exit_cleanly