doc/install/install-compute-node.html.textile.liquid

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   2 layout: default
   3 navsection: installguide
   4 title: Install a compute node
   5 ...
   6
   7 h2. Install dependencies
   8
   9 First, "add the appropriate package repository for your distribution":{{ site.baseurl }}/install/install-manual-prerequisites.html#repos.
  10
  11 On Debian-based systems:
  12
  13 <notextile>
  14 <pre><code>~$ <span class="userinput">sudo apt-get install perl python-virtualenv fuse python-arvados-python-client python-arvados-fuse crunchstat iptables ca-certificates</span>
  15 </code></pre>
  16 </notextile>
  17
  18 On Red Hat-based systems:
  19
  20 <notextile>
  21 <pre><code>~$ <span class="userinput">sudo yum install perl python27-python-virtualenv fuse python27-python-arvados-python-client python27-python-arvados-fuse crunchstat iptables ca-certificates</span>
  22 </code></pre>
  23 </notextile>
  24
  25 {% include 'note_python27_sc' %}
  26
  27 h2. Install Docker
  28
  29 Compute nodes must have Docker installed to run jobs inside containers.  This requires a relatively recent version of Linux (at least upstream version 3.10, or a distribution version with the appropriate patches backported).  Follow the "Docker Engine installation documentation":https://docs.docker.com/ for your distribution.
  30
  31 For Debian-based systems, the Arvados package repository includes a backported @docker.io@ package with a known-good version you can install.
  32
  33 h2. Configure Docker
  34
  35 Crunch runs jobs in Docker containers with relatively little configuration.  You may need to start the Docker daemon with specific options to make sure these jobs run smoothly in your environment.  This section highlights options that are useful to most installations.  Refer to the "Docker daemon reference":https://docs.docker.com/reference/commandline/daemon/ for complete information about all available options.
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  37 The best way to configure these options varies by distribution.
  38
  39 * If you're using our backported @docker.io@ package, you can list these options in the @DOCKER_OPTS@ setting in @/etc/default/docker.io@.
  40 * If you're using another Debian-based package, you can list these options in the @DOCKER_OPTS@ setting in @/etc/default/docker@.
  41 * On Red Hat-based distributions, you can list these options in the @other_args@ setting in @/etc/sysconfig/docker@.
  42
  43 h3. Default ulimits
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  45 Docker containers inherit ulimits from the Docker daemon.  However, the ulimits for a single Unix daemon may not accommodate a long-running Crunch job.  You may want to increase default limits for compute jobs by passing @--default-ulimit@ options to the Docker daemon.  For example, to allow jobs to open 10,000 files, set @--default-ulimit nofile=10000:10000@.
  46
  47 h3. DNS
  48
  49 Your containers must be able to resolve the hostname in the ARVADOS_API_HOST environment variable (provided by the Crunch dispatcher) and any hostnames returned in Keep service records.  If these names are not in public DNS records, you may need to set a DNS resolver for the containers by specifying the @--dns@ address with the IP address of an appropriate nameserver.  You may specify this option more than once to use multiple nameservers.
  50
  51 h2. Set up SLURM
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  53 Install SLURM following "the same process you used to install the Crunch dispatcher":install-crunch-dispatch.html#slurm.
  54
  55 h2. Copy configuration files from the dispatcher (API server)
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  57 The @/etc/slurm-llnl/slurm.conf@ and @/etc/munge/munge.key@ files need to be identicaly across the dispatcher and all compute nodes. Copy the files you created in the "Install the Crunch dispatcher":install-crunch-dispatch.html step to this compute node.
  58
  59 h2. Configure FUSE
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  61 Install this file as @/etc/fuse.conf@:
  62
  63 <notextile>
  64 <pre>
  65 # Set the maximum number of FUSE mounts allowed to non-root users.
  66 # The default is 1000.
  67 #
  68 #mount_max = 1000
  69
  70 # Allow non-root users to specify the 'allow_other' or 'allow_root'
  71 # mount options.
  72 #
  73 user_allow_other
  74 </pre>
  75 </notextile>
  76
  77 h2. Crunch user account
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  79 Create a Crunch user account, and add it to the @fuse@ and @docker@ groups so it can use those tools:
  80
  81 <notextile>
  82 <pre><code>~$ <span class="userinput">sudo useradd --groups fuse,docker crunch</span>
  83 </code></pre>
  84 </notextile>
  85
  86 The crunch user should have the same UID, GID, and home directory across all compute nodes and the dispatcher (API server).
  87
  88 h2. Tell the API server about this compute node
  89
  90 Load your API superuser token on the compute node:
  91
  92 <notextile>
  93 <pre><code>
  94 ~$ <span class="userinput">HISTIGNORE=$HISTIGNORE:'export ARVADOS_API_TOKEN=*'</span>
  95 ~$ <span class="userinput">export ARVADOS_API_TOKEN=@your-superuser-token@</span>
  96 ~$ <span class="userinput">export ARVADOS_API_HOST=@uuid_prefix.your.domain@</span>
  97 ~$ <span class="userinput">unset ARVADOS_API_HOST_INSECURE</span>
  98 </code>
  99 </pre>
 100 </notextile>
 101
 102 Then execute this script to create a compute node object, and set up a cron job to have the compute node ping the API server every five minutes:
 103
 104 <notextile>
 105 <pre><code>
 106 #!/bin/bash
 107 set -e
 108 if ! test -f /root/node.json ; then
 109     python - &lt;&lt;EOF
 110 import arvados, json, socket
 111 fqdn = socket.getfqdn()
 112 hostname, _, domain = fqdn.partition('.')
 113 ip_address = socket.gethostbyname(fqdn)
 114 node = arvados.api('v1').nodes().create(body={'hostname': hostname, 'domain': domain, 'ip_address': ip_address}).execute()
 115 with open('/root/node.json', 'w') as node_file:
 116     json.dump(node, node_file, indent=2)
 117 EOF
 118
 119     # Make sure /dev/fuse permissions are correct (the device appears after fuse is loaded)
 120     chmod 1660 /dev/fuse && chgrp fuse /dev/fuse
 121 fi
 122
 123 UUID=`grep \"uuid\" /root/node.json  |cut -f4 -d\"`
 124 PING_SECRET=`grep \"ping_secret\" /root/node.json  |cut -f4 -d\"`
 125
 126 if ! test -f /etc/cron.d/node_ping ; then
 127     echo "*/5 * * * * root /usr/bin/curl -k -d ping_secret=$PING_SECRET https://$ARVADOS_API_HOST/arvados/v1/nodes/$UUID/ping" > /etc/cron.d/node_ping
 128 fi
 129
 130 /usr/bin/curl -k -d ping_secret=$PING_SECRET https://$ARVADOS_API_HOST/arvados/v1/nodes/$UUID/ping?ping_secret=$PING_SECRET
 131 </code>
 132 </pre>
 133 </notextile>
 134
 135 And remove your token from the environment:
 136
 137 <notextile>
 138 <pre><code>
 139 ~$ <span class="userinput">unset ARVADOS_API_TOKEN</span>
 140 ~$ <span class="userinput">unset ARVADOS_API_HOST</span>
 141 </code>
 142 </pre>
 143 </notextile>
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