tools/copy-tutorial/copy-tutorial.sh

   1 #!/bin/bash
   2 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   3 #
   4 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   5
   6 set -e -o pipefail
   7
   8 if test -z "$1"  ; then
   9   echo "$0: Copies Arvados tutorial resources from public data cluster (jutro)"
  10   echo "Usage: copy-tutorial.sh <dest>"
  11   echo "<dest> is 5-character cluster id of the destination"
  12   exit
  13 fi
  14
  15 src=jutro
  16 dest=$1
  17
  18 if ! test -f $HOME/.config/arvados/${dest}.conf ; then
  19     echo "Please create $HOME/.config/arvados/${dest}.conf with the following contents:"
  20     echo "ARVADOS_API_HOST=<${dest} host>"
  21     echo "ARVADOS_API_TOKEN=<${dest} token>"
  22     exit 1
  23 fi
  24
  25 if ! test -f $HOME/.config/arvados/jutro.conf ; then
  26     # Set it up with the anonymous user token.
  27     echo "ARVADOS_API_HOST=jutro.arvadosapi.com" > $HOME/.config/arvados/jutro.conf
  28     echo "ARVADOS_API_TOKEN=v2/jutro-gj3su-e2o9x84aeg7q005/22idg1m3zna4qe4id3n0b9aw86t72jdw8qu1zj45aboh1mm4ej" >> $HOME/.config/arvados/jutro.conf
  29     exit 1
  30 fi
  31
  32 for a in $(cat $HOME/.config/arvados/${dest}.conf) ; do export $a ; done
  33
  34 echo
  35 echo "Copying bwa mem example from public data cluster (jutro) to $dest"
  36 echo
  37
  38 set -x
  39
  40 project_uuid=$(arv --format=uuid group list --filters '[["name", "=", "User guide resources"]]')
  41 if test -z "$project_uuid" ; then
  42     project_uuid=$(arv --format=uuid group create --group '{"name":"User guide resources", "group_class": "project"}')
  43     arv link create --link '{"link_class": "permission", "name": "can_read", "tail_uuid": "'$dest'-j7d0g-anonymouspublic", "head_uuid": "'$project_uuid'"}'
  44 fi
  45
  46 if ! arv-keepdocker | grep "arvados/jobs *latest" ; then
  47     arv-copy --src jutro --dst $dest --project-uuid=$project_uuid jutro-4zz18-sxmit0qs6i9n2s4
  48 fi
  49
  50 # Bwa-mem workflow
  51 arv-copy --src jutro --dst $dest --project-uuid=$project_uuid f141fc27e7cfa7f7b6d208df5e0ee01b+59
  52 arv-copy --src jutro --dst $dest --project-uuid=$project_uuid jutro-7fd4e-mkmmq53m1ze6apx
  53
  54 set +x
  55
  56 echo
  57 echo "Finished, data copied to \"User guide resources\" at $project_uuid"
  58 echo