tools/copy-tutorial/copy-tutorial.sh

   1 #!/bin/sh
   2 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   3 #
   4 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   5
   6 set -e
   7
   8 if test -z "$1"  ; then
   9   echo "$0: Copies Arvados tutorial resources from public data cluster (jutro)"
  10   echo "Usage: copy-tutorial.sh <dest>"
  11   echo "<dest> is destination cluster configuration that can be found in ~/.config/arvados"
  12   exit
  13 fi
  14
  15 echo "Copying from public data cluster (jutro) to $1"
  16
  17 for a in $(cat $HOME/.config/arvados/$1.conf) ; do export $a ; done
  18
  19 project_uuid=$(arv --format=uuid group create --group '{"name":"User guide resources", "group_class": "project"}')
  20
  21 # Bwa-mem workflow
  22 arv-copy --src jutro --dst $1 --project-uuid=$project_uuid f141fc27e7cfa7f7b6d208df5e0ee01b+59
  23 arv-copy --src jutro --dst $1 --project-uuid=$project_uuid jutro-7fd4e-mkmmq53m1ze6apx
  24
  25 echo "Data copied to \"User guide resources\" at $project_uuid"