build/run-tests.sh

   1 #!/bin/bash
   2 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   3 #
   4 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   5
   6 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/libcloud-pin.sh
   7
   8 COLUMNS=80
   9 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/run-library.sh
  10
  11 read -rd "\000" helpmessage <<EOF
  12 $(basename $0): Install and test Arvados components.
  13
  14 Exit non-zero if any tests fail.
  15
  16 Syntax:
  17         $(basename $0) WORKSPACE=/path/to/arvados [options]
  18
  19 Options:
  20
  21 --skip FOO     Do not test the FOO component.
  22 --skip sanity  Skip initial dev environment sanity checks.
  23 --skip install Do not run any install steps. Just run tests.
  24                You should provide GOPATH, GEMHOME, and VENVDIR options
  25                from a previous invocation if you use this option.
  26 --only FOO     Do not test anything except the FOO component.
  27 --temp DIR     Install components and dependencies under DIR instead of
  28                making a new temporary directory. Implies --leave-temp.
  29 --leave-temp   Do not remove GOPATH, virtualenv, and other temp dirs at exit.
  30                Instead, show the path to give as --temp to reuse them in
  31                subsequent invocations.
  32 --repeat N     Repeat each install/test step until it succeeds N times.
  33 --retry        Prompt to retry if an install or test suite fails.
  34 --only-install Run specific install step
  35 --short        Skip (or scale down) some slow tests.
  36 --interactive  Set up, then prompt for test/install steps to perform.
  37 WORKSPACE=path Arvados source tree to test.
  38 CONFIGSRC=path Dir with config.yml file containing PostgreSQL section for use by tests.
  39 services/api_test="TEST=test/functional/arvados/v1/collections_controller_test.rb"
  40                Restrict apiserver tests to the given file
  41 sdk/python_test="--test-suite tests.test_keep_locator"
  42                Restrict Python SDK tests to the given class
  43 apps/workbench_test="TEST=test/integration/pipeline_instances_test.rb"
  44                Restrict Workbench tests to the given file
  45 services/arv-git-httpd_test="-check.vv"
  46                Show all log messages, even when tests pass (also works
  47                with services/keepstore_test etc.)
  48 ARVADOS_DEBUG=1
  49                Print more debug messages
  50 envvar=value   Set \$envvar to value. Primarily useful for WORKSPACE,
  51                *_test, and other examples shown above.
  52
  53 Assuming "--skip install" is not given, all components are installed
  54 into \$GOPATH, \$VENDIR, and \$GEMHOME before running any tests. Many
  55 test suites depend on other components being installed, and installing
  56 everything tends to be quicker than debugging dependencies.
  57
  58 As a special concession to the current CI server config, CONFIGSRC
  59 defaults to $HOME/arvados-api-server if that directory exists.
  60
  61 More information and background:
  62
  63 https://arvados.org/projects/arvados/wiki/Running_tests
  64
  65 Available tests:
  66
  67 apps/workbench (*)
  68 apps/workbench_units (*)
  69 apps/workbench_functionals (*)
  70 apps/workbench_integration (*)
  71 apps/workbench_benchmark
  72 apps/workbench_profile
  73 cmd/arvados-client
  74 cmd/arvados-server
  75 doc
  76 lib/cli
  77 lib/cmd
  78 lib/controller
  79 lib/controller/federation
  80 lib/controller/railsproxy
  81 lib/controller/router
  82 lib/controller/rpc
  83 lib/crunchstat
  84 lib/crunch-run
  85 lib/cloud
  86 lib/cloud/azure
  87 lib/cloud/cloudtest
  88 lib/dispatchcloud
  89 lib/dispatchcloud/container
  90 lib/dispatchcloud/scheduler
  91 lib/dispatchcloud/ssh_executor
  92 lib/dispatchcloud/worker
  93 lib/mount
  94 lib/pam
  95 lib/service
  96 services/api
  97 services/arv-git-httpd
  98 services/crunchstat
  99 services/dockercleaner
 100 services/fuse
 101 services/fuse:py3
 102 services/health
 103 services/keep-web
 104 services/keepproxy
 105 services/keepstore
 106 services/keep-balance
 107 services/login-sync
 108 services/crunch-dispatch-local
 109 services/crunch-dispatch-slurm
 110 services/ws
 111 sdk/cli
 112 sdk/python
 113 sdk/python:py3
 114 sdk/ruby
 115 sdk/go/arvados
 116 sdk/go/arvadosclient
 117 sdk/go/auth
 118 sdk/go/dispatch
 119 sdk/go/keepclient
 120 sdk/go/health
 121 sdk/go/httpserver
 122 sdk/go/manifest
 123 sdk/go/blockdigest
 124 sdk/go/asyncbuf
 125 sdk/go/stats
 126 sdk/go/crunchrunner
 127 sdk/cwl:py3
 128 sdk/R
 129 sdk/java-v2
 130 tools/sync-groups
 131 tools/crunchstat-summary
 132 tools/crunchstat-summary:py3
 133 tools/keep-exercise
 134 tools/keep-rsync
 135 tools/keep-block-check
 136
 137 (*) apps/workbench is shorthand for apps/workbench_units +
 138     apps/workbench_functionals + apps/workbench_integration
 139
 140 EOF
 141
 142 # First make sure to remove any ARVADOS_ variables from the calling
 143 # environment that could interfere with the tests.
 144 unset $(env | cut -d= -f1 | grep \^ARVADOS_)
 145
 146 # Reset other variables that could affect our [tests'] behavior by
 147 # accident.
 148 GITDIR=
 149 GOPATH=
 150 VENVDIR=
 151 VENV3DIR=
 152 PYTHONPATH=
 153 GEMHOME=
 154 PERLINSTALLBASE=
 155 R_LIBS=
 156 export LANG=en_US.UTF-8
 157
 158 short=
 159 only_install=
 160 temp=
 161 temp_preserve=
 162
 163 clear_temp() {
 164     if [[ -z "$temp" ]]; then
 165         # we did not even get as far as making a temp dir
 166         :
 167     elif [[ -z "$temp_preserve" ]]; then
 168         # Go creates readonly dirs in the module cache, which cause
 169         # "rm -rf" to fail unless we chmod first.
 170         chmod -R u+w "$temp"
 171         rm -rf "$temp"
 172     else
 173         echo "Leaving behind temp dirs in $temp"
 174     fi
 175 }
 176
 177 fatal() {
 178     clear_temp
 179     echo >&2 "Fatal: $* (encountered in ${FUNCNAME[1]} at ${BASH_SOURCE[1]} line ${BASH_LINENO[0]})"
 180     exit 1
 181 }
 182
 183 exit_cleanly() {
 184     trap - INT
 185     if which create-plot-data-from-log.sh >/dev/null; then
 186         create-plot-data-from-log.sh $BUILD_NUMBER "$WORKSPACE/apps/workbench/log/test.log" "$WORKSPACE/apps/workbench/log/"
 187     fi
 188     rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
 189     stop_services
 190     rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
 191     report_outcomes
 192     clear_temp
 193     exit ${#failures}
 194 }
 195
 196 sanity_checks() {
 197     [[ -n "${skip[sanity]}" ]] && return 0
 198     ( [[ -n "$WORKSPACE" ]] && [[ -d "$WORKSPACE/services" ]] ) \
 199         || fatal "WORKSPACE environment variable not set to a source directory (see: $0 --help)"
 200     [[ -z "$CONFIGSRC" ]] || [[ -s "$CONFIGSRC/config.yml" ]] \
 201         || fatal "CONFIGSRC is $CONFIGSRC but '$CONFIGSRC/config.yml' is empty or not found (see: $0 --help)"
 202     echo Checking dependencies:
 203     echo "locale: ${LANG}"
 204     [[ "$(locale charmap)" = "UTF-8" ]] \
 205         || fatal "Locale '${LANG}' is broken/missing. Try: echo ${LANG} | sudo tee -a /etc/locale.gen && sudo locale-gen"
 206     echo -n 'virtualenv: '
 207     virtualenv --version \
 208         || fatal "No virtualenv. Try: apt-get install virtualenv (on ubuntu: python-virtualenv)"
 209     echo -n 'ruby: '
 210     ruby -v \
 211         || fatal "No ruby. Install >=2.1.9 (using rbenv, rvm, or source)"
 212     echo -n 'go: '
 213     go version \
 214         || fatal "No go binary. See http://golang.org/doc/install"
 215     [[ $(go version) =~ go1.([0-9]+) ]] && [[ ${BASH_REMATCH[1]} -ge 12 ]] \
 216         || fatal "Go >= 1.12 required. See http://golang.org/doc/install"
 217     echo -n 'gcc: '
 218     gcc --version | egrep ^gcc \
 219         || fatal "No gcc. Try: apt-get install build-essential"
 220     echo -n 'fuse.h: '
 221     find /usr/include -path '*fuse/fuse.h' | egrep --max-count=1 . \
 222         || fatal "No fuse/fuse.h. Try: apt-get install libfuse-dev"
 223     echo -n 'gnutls.h: '
 224     find /usr/include -path '*gnutls/gnutls.h' | egrep --max-count=1 . \
 225         || fatal "No gnutls/gnutls.h. Try: apt-get install libgnutls28-dev"
 226     echo -n 'Python2 pyconfig.h: '
 227     find /usr/include -path '*/python2*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
 228         || fatal "No Python2 pyconfig.h. Try: apt-get install python2.7-dev"
 229     echo -n 'Python3 pyconfig.h: '
 230     find /usr/include -path '*/python3*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
 231         || fatal "No Python3 pyconfig.h. Try: apt-get install python3-dev"
 232     which netstat \
 233         || fatal "No netstat. Try: apt-get install net-tools"
 234     echo -n 'nginx: '
 235     PATH="$PATH:/sbin:/usr/sbin:/usr/local/sbin" nginx -v \
 236         || fatal "No nginx. Try: apt-get install nginx"
 237     echo -n 'perl: '
 238     perl -v | grep version \
 239         || fatal "No perl. Try: apt-get install perl"
 240     for mod in ExtUtils::MakeMaker JSON LWP Net::SSL; do
 241         echo -n "perl $mod: "
 242         perl -e "use $mod; print \"\$$mod::VERSION\\n\"" \
 243             || fatal "No $mod. Try: apt-get install perl-modules libcrypt-ssleay-perl libjson-perl libwww-perl"
 244     done
 245     echo -n 'gitolite: '
 246     which gitolite \
 247         || fatal "No gitolite. Try: apt-get install gitolite3"
 248     echo -n 'npm: '
 249     npm --version \
 250         || fatal "No npm. Try: wget -O- https://nodejs.org/dist/v6.11.2/node-v6.11.2-linux-x64.tar.xz | sudo tar -C /usr/local -xJf - && sudo ln -s ../node-v6.11.2-linux-x64/bin/{node,npm} /usr/local/bin/"
 251     echo -n 'cadaver: '
 252     cadaver --version | grep -w cadaver \
 253           || fatal "No cadaver. Try: apt-get install cadaver"
 254     echo -n 'libattr1 xattr.h: '
 255     find /usr/include -path '*/attr/xattr.h' | egrep --max-count=1 . \
 256         || fatal "No libattr1 xattr.h. Try: apt-get install libattr1-dev"
 257     echo -n 'libcurl curl.h: '
 258     find /usr/include -path '*/curl/curl.h' | egrep --max-count=1 . \
 259         || fatal "No libcurl curl.h. Try: apt-get install libcurl4-gnutls-dev"
 260     echo -n 'libpq libpq-fe.h: '
 261     find /usr/include -path '*/postgresql/libpq-fe.h' | egrep --max-count=1 . \
 262         || fatal "No libpq libpq-fe.h. Try: apt-get install libpq-dev"
 263     echo -n 'libpam pam_appl.h: '
 264     find /usr/include -path '*/security/pam_appl.h' | egrep --max-count=1 . \
 265         || fatal "No libpam pam_appl.h. Try: apt-get install libpam0g-dev"
 266     echo -n 'postgresql: '
 267     psql --version || fatal "No postgresql. Try: apt-get install postgresql postgresql-client-common"
 268     echo -n 'phantomjs: '
 269     phantomjs --version || fatal "No phantomjs. Try: apt-get install phantomjs"
 270     echo -n 'xvfb: '
 271     which Xvfb || fatal "No xvfb. Try: apt-get install xvfb"
 272     echo -n 'graphviz: '
 273     dot -V || fatal "No graphviz. Try: apt-get install graphviz"
 274     echo -n 'geckodriver: '
 275     geckodriver --version | grep ^geckodriver || echo "No geckodriver. Try: wget -O- https://github.com/mozilla/geckodriver/releases/download/v0.23.0/geckodriver-v0.23.0-linux64.tar.gz | sudo tar -C /usr/local/bin -xzf - geckodriver"
 276
 277     if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
 278       # R SDK stuff
 279       echo -n 'R: '
 280       which Rscript || fatal "No Rscript. Try: apt-get install r-base"
 281       echo -n 'testthat: '
 282       Rscript -e "library('testthat')" || fatal "No testthat. Try: apt-get install r-cran-testthat"
 283       # needed for roxygen2, needed for devtools, needed for R sdk
 284       pkg-config --exists libxml-2.0 || fatal "No libxml2. Try: apt-get install libxml2-dev"
 285       # needed for pkgdown, builds R SDK doc pages
 286       which pandoc || fatal "No pandoc. Try: apt-get install pandoc"
 287     fi
 288     echo 'procs with /dev/fuse open:'
 289     find /proc/*/fd -lname /dev/fuse 2>/dev/null | cut -d/ -f3 | xargs --no-run-if-empty ps -lywww
 290     echo 'grep fuse /proc/self/mountinfo:'
 291     grep fuse /proc/self/mountinfo
 292 }
 293
 294 rotate_logfile() {
 295   # i.e.  rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
 296   # $BUILD_NUMBER is set by Jenkins if this script is being called as part of a Jenkins run
 297   if [[ -f "$1/$2" ]]; then
 298     THEDATE=`date +%Y%m%d%H%M%S`
 299     mv "$1/$2" "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 300     gzip "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 301   fi
 302 }
 303
 304 declare -a failures
 305 declare -A skip
 306 declare -A only
 307 declare -A testargs
 308 skip[apps/workbench_profile]=1
 309
 310 while [[ -n "$1" ]]
 311 do
 312     arg="$1"; shift
 313     case "$arg" in
 314         --help)
 315             echo >&2 "$helpmessage"
 316             echo >&2
 317             exit 1
 318             ;;
 319         --skip)
 320             skip[$1]=1; shift
 321             ;;
 322         --only)
 323             only[$1]=1; skip[$1]=""; shift
 324             ;;
 325         --short)
 326             short=1
 327             ;;
 328         --interactive)
 329             interactive=1
 330             ;;
 331         --skip-install)
 332             skip[install]=1
 333             ;;
 334         --only-install)
 335             only_install="$1"; shift
 336             ;;
 337         --temp)
 338             temp="$1"; shift
 339             temp_preserve=1
 340             ;;
 341         --leave-temp)
 342             temp_preserve=1
 343             ;;
 344         --repeat)
 345             repeat=$((${1}+0)); shift
 346             ;;
 347         --retry)
 348             retry=1
 349             ;;
 350         *_test=*)
 351             suite="${arg%%_test=*}"
 352             args="${arg#*=}"
 353             testargs["$suite"]="$args"
 354             ;;
 355         *=*)
 356             eval export $(echo $arg | cut -d= -f1)=\"$(echo $arg | cut -d= -f2-)\"
 357             ;;
 358         *)
 359             echo >&2 "$0: Unrecognized option: '$arg'. Try: $0 --help"
 360             exit 1
 361             ;;
 362     esac
 363 done
 364
 365 # R SDK installation is very slow (~360s in a clean environment) and only
 366 # required when testing it. Skip that step if it is not needed.
 367 NEED_SDK_R=true
 368
 369 if [[ ${#only[@]} -ne 0 ]] &&
 370    [[ -z "${only['sdk/R']}" && -z "${only['doc']}" ]]; then
 371   NEED_SDK_R=false
 372 fi
 373
 374 if [[ ${skip["sdk/R"]} == 1 && ${skip["doc"]} == 1 ]]; then
 375   NEED_SDK_R=false
 376 fi
 377
 378 if [[ $NEED_SDK_R == false ]]; then
 379         echo "R SDK not needed, it will not be installed."
 380 fi
 381
 382 checkpidfile() {
 383     svc="$1"
 384     pid="$(cat "$WORKSPACE/tmp/${svc}.pid")"
 385     if [[ -z "$pid" ]] || ! kill -0 "$pid"; then
 386         tail $WORKSPACE/tmp/${1}*.log
 387         echo "${svc} pid ${pid} not running"
 388         return 1
 389     fi
 390     echo "${svc} pid ${pid} ok"
 391 }
 392
 393 checkhealth() {
 394     svc="$1"
 395     base=$("${VENVDIR}/bin/python" -c "import yaml; print list(yaml.safe_load(file('$ARVADOS_CONFIG'))['Clusters']['zzzzz']['Services']['$1']['InternalURLs'].keys())[0]")
 396     url="$base/_health/ping"
 397     if ! curl -Ss -H "Authorization: Bearer e687950a23c3a9bceec28c6223a06c79" "${url}" | tee -a /dev/stderr | grep '"OK"'; then
 398         echo "${url} failed"
 399         return 1
 400     fi
 401 }
 402
 403 checkdiscoverydoc() {
 404     dd="https://${1}/discovery/v1/apis/arvados/v1/rest"
 405     if ! (set -o pipefail; curl -fsk "$dd" | grep -q ^{ ); then
 406         echo >&2 "ERROR: could not retrieve discovery doc from RailsAPI at $dd"
 407         tail -v $WORKSPACE/tmp/railsapi.log
 408         return 1
 409     fi
 410     echo "${dd} ok"
 411 }
 412
 413 start_services() {
 414     if [[ -n "$ARVADOS_TEST_API_HOST" ]]; then
 415         return 0
 416     fi
 417     . "$VENVDIR/bin/activate"
 418     echo 'Starting API, controller, keepproxy, keep-web, arv-git-httpd, ws, and nginx ssl proxy...'
 419     if [[ ! -d "$WORKSPACE/services/api/log" ]]; then
 420         mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/log"
 421     fi
 422     # Remove empty api.pid file if it exists
 423     if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid" && ! -s "$WORKSPACE/tmp/api.pid" ]]; then
 424         rm -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid"
 425     fi
 426     all_services_stopped=
 427     fail=1
 428
 429     cd "$WORKSPACE" \
 430         && eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py start --auth admin) \
 431         && export ARVADOS_TEST_API_HOST="$ARVADOS_API_HOST" \
 432         && export ARVADOS_TEST_API_INSTALLED="$$" \
 433         && checkpidfile api \
 434         && checkdiscoverydoc $ARVADOS_API_HOST \
 435         && eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py start_nginx) \
 436         && checkpidfile nginx \
 437         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_controller \
 438         && checkpidfile controller \
 439         && checkhealth Controller \
 440         && checkdiscoverydoc $ARVADOS_API_HOST \
 441         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep_proxy \
 442         && checkpidfile keepproxy \
 443         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep-web \
 444         && checkpidfile keep-web \
 445         && checkhealth WebDAV \
 446         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_arv-git-httpd \
 447         && checkpidfile arv-git-httpd \
 448         && checkhealth GitHTTP \
 449         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_ws \
 450         && checkpidfile ws \
 451         && export ARVADOS_TEST_PROXY_SERVICES=1 \
 452         && (env | egrep ^ARVADOS) \
 453         && fail=0
 454     deactivate
 455     if [[ $fail != 0 ]]; then
 456         unset ARVADOS_TEST_API_HOST
 457     fi
 458     return $fail
 459 }
 460
 461 stop_services() {
 462     if [[ -n "$all_services_stopped" ]]; then
 463         return
 464     fi
 465     unset ARVADOS_TEST_API_HOST ARVADOS_TEST_PROXY_SERVICES
 466     . "$VENVDIR/bin/activate" || return
 467     cd "$WORKSPACE" \
 468         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_nginx \
 469         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_arv-git-httpd \
 470         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_ws \
 471         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep-web \
 472         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep_proxy \
 473         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_controller \
 474         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop \
 475         && all_services_stopped=1
 476     deactivate
 477     unset ARVADOS_CONFIG
 478 }
 479
 480 interrupt() {
 481     failures+=("($(basename $0) interrupted)")
 482     exit_cleanly
 483 }
 484 trap interrupt INT
 485
 486 setup_ruby_environment() {
 487     if [[ -s "$HOME/.rvm/scripts/rvm" ]] ; then
 488         source "$HOME/.rvm/scripts/rvm"
 489         using_rvm=true
 490     elif [[ -s "/usr/local/rvm/scripts/rvm" ]] ; then
 491         source "/usr/local/rvm/scripts/rvm"
 492         using_rvm=true
 493     else
 494         using_rvm=false
 495     fi
 496
 497     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
 498         # If rvm is in use, we can't just put separate "dependencies"
 499         # and "gems-under-test" paths to GEM_PATH: passenger resets
 500         # the environment to the "current gemset", which would lose
 501         # our GEM_PATH and prevent our test suites from running ruby
 502         # programs (for example, the Workbench test suite could not
 503         # boot an API server or run arv). Instead, we have to make an
 504         # rvm gemset and use it for everything.
 505
 506         [[ `type rvm | head -n1` == "rvm is a function" ]] \
 507             || fatal 'rvm check'
 508
 509         # Put rvm's favorite path back in first place (overriding
 510         # virtualenv, which just put itself there). Ignore rvm's
 511         # complaint about not being in first place already.
 512         rvm use @default 2>/dev/null
 513
 514         # Create (if needed) and switch to an @arvados-tests-* gemset,
 515         # salting the gemset name so it doesn't interfere with
 516         # concurrent builds in other workspaces. Leave the choice of
 517         # ruby to the caller.
 518         gemset="arvados-tests-$(echo -n "${WORKSPACE}" | md5sum | head -c16)"
 519         rvm use "@${gemset}" --create \
 520             || fatal 'rvm gemset setup'
 521
 522         rvm env
 523         (bundle version | grep -q 2.0.2) || gem install bundler -v 2.0.2
 524         bundle="$(which bundle)"
 525         echo "$bundle"
 526         "$bundle" version | grep 2.0.2 || fatal 'install bundler'
 527     else
 528         # When our "bundle install"s need to install new gems to
 529         # satisfy dependencies, we want them to go where "gem install
 530         # --user-install" would put them. (However, if the caller has
 531         # already set GEM_HOME, we assume that's where dependencies
 532         # should be installed, and we should leave it alone.)
 533
 534         if [ -z "$GEM_HOME" ]; then
 535             user_gempath="$(gem env gempath)"
 536             export GEM_HOME="${user_gempath%%:*}"
 537         fi
 538         PATH="$(gem env gemdir)/bin:$PATH"
 539
 540         # When we build and install our own gems, we install them in our
 541         # $GEMHOME tmpdir, and we want them to be at the front of GEM_PATH and
 542         # PATH so integration tests prefer them over other versions that
 543         # happen to be installed in $user_gempath, system dirs, etc.
 544
 545         tmpdir_gem_home="$(env - PATH="$PATH" HOME="$GEMHOME" gem env gempath | cut -f1 -d:)"
 546         PATH="$tmpdir_gem_home/bin:$PATH"
 547         export GEM_PATH="$tmpdir_gem_home:$(gem env gempath)"
 548
 549         echo "Will install dependencies to $(gem env gemdir)"
 550         echo "Will install bundler and arvados gems to $tmpdir_gem_home"
 551         echo "Gem search path is GEM_PATH=$GEM_PATH"
 552         bundle="$tmpdir_gem_home/bin/bundle"
 553         (
 554             export HOME=$GEMHOME
 555             bundlers="$(gem list --details bundler)"
 556             versions=(1.11.0 1.17.3 2.0.2)
 557             for v in ${versions[@]}; do
 558                 if ! echo "$bundlers" | fgrep -q "($v)"; then
 559                     gem install --user $(for v in ${versions[@]}; do echo bundler:${v}; done)
 560                     break
 561                 fi
 562             done
 563             "$bundle" version | tee /dev/stderr | grep -q 'version 2'
 564         ) || fatal 'install bundler'
 565     fi
 566 }
 567
 568 with_test_gemset() {
 569     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
 570         "$@"
 571     else
 572         GEM_HOME="$tmpdir_gem_home" GEM_PATH="$tmpdir_gem_home" "$@"
 573     fi
 574 }
 575
 576 gem_uninstall_if_exists() {
 577     if gem list "$1\$" | egrep '^\w'; then
 578         gem uninstall --force --all --executables "$1"
 579     fi
 580 }
 581
 582 setup_virtualenv() {
 583     local venvdest="$1"; shift
 584     if ! [[ -e "$venvdest/bin/activate" ]] || ! [[ -e "$venvdest/bin/pip" ]]; then
 585         virtualenv --setuptools "$@" "$venvdest" || fatal "virtualenv $venvdest failed"
 586     elif [[ -n "$short" ]]; then
 587         return
 588     fi
 589     if [[ $("$venvdest/bin/python" --version 2>&1) =~ \ 3\.[012]\. ]]; then
 590         # pip 8.0.0 dropped support for python 3.2, e.g., debian wheezy
 591         "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'setuptools>=18.5' 'pip>=7,<8'
 592     else
 593         "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'setuptools>=18.5' 'pip>=7'
 594     fi
 595 }
 596
 597 initialize() {
 598     # If dependencies like ruby, go, etc. are installed in
 599     # /var/lib/arvados -- presumably by "arvados-server install" --
 600     # then we want to use those versions, instead of whatever happens
 601     # to be installed in /usr.
 602     PATH="/var/lib/arvados/bin:${PATH}"
 603     sanity_checks
 604
 605     echo "WORKSPACE=$WORKSPACE"
 606
 607     # Clean up .pyc files that may exist in the workspace
 608     cd "$WORKSPACE"
 609     find -name '*.pyc' -delete
 610
 611     if [[ -z "$temp" ]]; then
 612         temp="$(mktemp -d)"
 613     fi
 614
 615     # Set up temporary install dirs (unless existing dirs were supplied)
 616     for tmpdir in VENVDIR VENV3DIR GOPATH GEMHOME PERLINSTALLBASE R_LIBS
 617     do
 618         if [[ -z "${!tmpdir}" ]]; then
 619             eval "$tmpdir"="$temp/$tmpdir"
 620         fi
 621         if ! [[ -d "${!tmpdir}" ]]; then
 622             mkdir "${!tmpdir}" || fatal "can't create ${!tmpdir} (does $temp exist?)"
 623         fi
 624     done
 625
 626     rm -vf "${WORKSPACE}/tmp/*.log"
 627
 628     export PERLINSTALLBASE
 629     export PERL5LIB="$PERLINSTALLBASE/lib/perl5${PERL5LIB:+:$PERL5LIB}"
 630
 631     export R_LIBS
 632
 633     export GOPATH
 634     # Make sure our compiled binaries under test override anything
 635     # else that might be in the environment.
 636     export PATH=$GOPATH/bin:$PATH
 637
 638     # Jenkins config requires that glob tmp/*.log match something. Ensure
 639     # that happens even if we don't end up running services that set up
 640     # logging.
 641     mkdir -p "${WORKSPACE}/tmp/" || fatal "could not mkdir ${WORKSPACE}/tmp"
 642     touch "${WORKSPACE}/tmp/controller.log" || fatal "could not touch ${WORKSPACE}/tmp/controller.log"
 643
 644     unset http_proxy https_proxy no_proxy
 645
 646     # Note: this must be the last time we change PATH, otherwise rvm will
 647     # whine a lot.
 648     setup_ruby_environment
 649
 650     echo "PATH is $PATH"
 651 }
 652
 653 install_env() {
 654     go mod download || fatal "Go deps failed"
 655     which goimports >/dev/null || go get golang.org/x/tools/cmd/goimports || fatal "Go setup failed"
 656
 657     setup_virtualenv "$VENVDIR" --python python2.7
 658     . "$VENVDIR/bin/activate"
 659
 660     # Needed for run_test_server.py which is used by certain (non-Python) tests.
 661     (
 662         set -e
 663         "${VENVDIR}/bin/pip" install PyYAML
 664         "${VENV3DIR}/bin/pip" install PyYAML
 665         cd "$WORKSPACE/sdk/python"
 666         python setup.py install
 667     ) || fatal "installing PyYAML and sdk/python failed"
 668
 669     # Deactivate Python 2 virtualenv
 670     deactivate
 671
 672     # If Python 3 is available, set up its virtualenv in $VENV3DIR.
 673     # Otherwise, skip dependent tests.
 674     PYTHON3=$(which python3)
 675     if [[ ${?} = 0 ]]; then
 676         setup_virtualenv "$VENV3DIR" --python python3
 677     else
 678         PYTHON3=
 679         cat >&2 <<EOF
 680
 681 Warning: python3 could not be found. Python 3 tests will be skipped.
 682
 683 EOF
 684     fi
 685 }
 686
 687 retry() {
 688     remain="${repeat}"
 689     while :
 690     do
 691         if ${@}; then
 692             if [[ "$remain" -gt 1 ]]; then
 693                 remain=$((${remain}-1))
 694                 title "(repeating ${remain} more times)"
 695             else
 696                 break
 697             fi
 698         elif [[ "$retry" == 1 ]]; then
 699             read -p 'Try again? [Y/n] ' x
 700             if [[ "$x" != "y" ]] && [[ "$x" != "" ]]
 701             then
 702                 break
 703             fi
 704         else
 705             break
 706         fi
 707     done
 708 }
 709
 710 do_test() {
 711     case "${1}" in
 712         apps/workbench_units | apps/workbench_functionals | apps/workbench_integration)
 713             suite=apps/workbench
 714             ;;
 715         *)
 716             suite="${1}"
 717             ;;
 718     esac
 719     if [[ -n "${skip[$suite]}" || \
 720               -n "${skip[$1]}" || \
 721               (${#only[@]} -ne 0 && ${only[$suite]} -eq 0 && ${only[$1]} -eq 0) ]]; then
 722         return 0
 723     fi
 724     case "${1}" in
 725         services/api)
 726             stop_services
 727             check_arvados_config "$1"
 728             ;;
 729         gofmt | doc | lib/cli | lib/cloud/azure | lib/cloud/ec2 | lib/cloud/cloudtest | lib/cmd | lib/dispatchcloud/ssh_executor | lib/dispatchcloud/worker)
 730             check_arvados_config "$1"
 731             # don't care whether services are running
 732             ;;
 733         *)
 734             check_arvados_config "$1"
 735             if ! start_services; then
 736                 checkexit 1 "$1 tests"
 737                 title "test $1 -- failed to start services"
 738                 return 1
 739             fi
 740             ;;
 741     esac
 742     retry do_test_once ${@}
 743 }
 744
 745 go_ldflags() {
 746     version=${ARVADOS_VERSION:-$(git log -n1 --format=%H)-dev}
 747     echo "-X git.arvados.org/arvados.git/lib/cmd.version=${version} -X main.version=${version}"
 748 }
 749
 750 do_test_once() {
 751     unset result
 752
 753     title "test $1"
 754     timer_reset
 755
 756     result=
 757     if which deactivate >/dev/null; then deactivate; fi
 758     if ! . "$VENVDIR/bin/activate"
 759     then
 760         result=1
 761     elif [[ "$2" == "go" ]]
 762     then
 763         covername="coverage-$(echo "$1" | sed -e 's/\//_/g')"
 764         coverflags=("-covermode=count" "-coverprofile=$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp")
 765         # We do "go install" here to catch compilation errors
 766         # before trying "go test". Otherwise, coverage-reporting
 767         # mode makes Go show the wrong line numbers when reporting
 768         # compilation errors.
 769         go install -ldflags "$(go_ldflags)" "$WORKSPACE/$1" && \
 770             cd "$WORKSPACE/$1" && \
 771             if [[ -n "${testargs[$1]}" ]]
 772         then
 773             # "go test -check.vv giturl" doesn't work, but this
 774             # does:
 775             go test ${short:+-short} ${testargs[$1]}
 776         else
 777             # The above form gets verbose even when testargs is
 778             # empty, so use this form in such cases:
 779             go test ${short:+-short} ${coverflags[@]} "git.arvados.org/arvados.git/$1"
 780         fi
 781         result=${result:-$?}
 782         if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" ]]
 783         then
 784             go tool cover -html="$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" -o "$WORKSPACE/tmp/$covername.html"
 785             rm "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp"
 786         fi
 787         [[ $result = 0 ]] && gofmt -e -d *.go
 788     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 789     then
 790         tries=0
 791         cd "$WORKSPACE/$1" && while :
 792         do
 793             tries=$((${tries}+1))
 794             # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
 795             # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
 796             if [[ -e "${3}activate" ]]; then
 797                 . "${3}activate"
 798             fi
 799             python setup.py ${short:+--short-tests-only} test ${testargs[$1]}
 800             result=$?
 801             if [[ ${tries} < 3 && ${result} == 137 ]]
 802             then
 803                 printf '\n*****\n%s tests killed -- retrying\n*****\n\n' "$1"
 804                 continue
 805             else
 806                 break
 807             fi
 808         done
 809     elif [[ "$2" != "" ]]
 810     then
 811         "test_$2"
 812     else
 813         "test_$1"
 814     fi
 815     result=${result:-$?}
 816     checkexit $result "$1 tests"
 817     title "test $1 -- `timer`"
 818     return $result
 819 }
 820
 821 check_arvados_config() {
 822     if [[ "$1" = "env" ]] ; then
 823         return
 824     fi
 825     if [[ -z "$ARVADOS_CONFIG" ]] ; then
 826         # Create config file.  The run_test_server script requires PyYAML,
 827         # so virtualenv needs to be active.  Downstream steps like
 828         # workbench install which require a valid config.yml.
 829         if [[ ! -s "$VENVDIR/bin/activate" ]] ; then
 830             install_env
 831         fi
 832         . "$VENVDIR/bin/activate"
 833         cd "$WORKSPACE"
 834         eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py setup_config)
 835         deactivate
 836     fi
 837 }
 838
 839 do_install() {
 840     if [[ -n "${skip[install]}" || ( -n "${only_install}" && "${only_install}" != "${1}" && "${only_install}" != "${2}" ) ]]; then
 841         return 0
 842     fi
 843     check_arvados_config "$1"
 844     retry do_install_once ${@}
 845 }
 846
 847 do_install_once() {
 848     title "install $1"
 849     timer_reset
 850
 851     result=
 852     if which deactivate >/dev/null; then deactivate; fi
 853     if [[ "$1" != "env" ]] && ! . "$VENVDIR/bin/activate"; then
 854         result=1
 855     elif [[ "$2" == "go" ]]
 856     then
 857         go install -ldflags "$(go_ldflags)" "$WORKSPACE/$1"
 858     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 859     then
 860         # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
 861         # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
 862
 863         # Need to change to a different directory after creating
 864         # the source dist package to avoid a pip bug.
 865         # see https://arvados.org/issues/5766 for details.
 866
 867         # Also need to install twice, because if it believes the package is
 868         # already installed, pip it won't install it.  So the first "pip
 869         # install" ensures that the dependencies are met, the second "pip
 870         # install" ensures that we've actually installed the local package
 871         # we just built.
 872         cd "$WORKSPACE/$1" \
 873             && "${3}python" setup.py sdist rotate --keep=1 --match .tar.gz \
 874             && cd "$WORKSPACE" \
 875             && "${3}pip" install --no-cache-dir "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz \
 876             && "${3}pip" install --no-cache-dir --no-deps --ignore-installed "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz
 877     elif [[ "$2" != "" ]]
 878     then
 879         "install_$2"
 880     else
 881         "install_$1"
 882     fi
 883     result=${result:-$?}
 884     checkexit $result "$1 install"
 885     title "install $1 -- `timer`"
 886     return $result
 887 }
 888
 889 bundle_install_trylocal() {
 890     (
 891         set -e
 892         echo "(Running bundle install --local. 'could not find package' messages are OK.)"
 893         if ! "$bundle" install --local --no-deployment; then
 894             echo "(Running bundle install again, without --local.)"
 895             "$bundle" install --no-deployment
 896         fi
 897         "$bundle" package
 898     )
 899 }
 900
 901 install_doc() {
 902     cd "$WORKSPACE/doc" \
 903         && bundle_install_trylocal \
 904         && rm -rf .site
 905 }
 906
 907 install_gem() {
 908     gemname=$1
 909     srcpath=$2
 910     with_test_gemset gem_uninstall_if_exists "$gemname" \
 911         && cd "$WORKSPACE/$srcpath" \
 912         && bundle_install_trylocal \
 913         && gem build "$gemname.gemspec" \
 914         && with_test_gemset gem install --no-document $(ls -t "$gemname"-*.gem|head -n1)
 915 }
 916
 917 install_sdk/ruby() {
 918     install_gem arvados sdk/ruby
 919 }
 920
 921 install_sdk/R() {
 922   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
 923     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
 924        && Rscript --vanilla install_deps.R
 925   fi
 926 }
 927
 928 install_sdk/perl() {
 929     cd "$WORKSPACE/sdk/perl" \
 930         && perl Makefile.PL INSTALL_BASE="$PERLINSTALLBASE" \
 931         && make install INSTALLDIRS=perl
 932 }
 933
 934 install_sdk/cli() {
 935     install_gem arvados-cli sdk/cli
 936 }
 937
 938 install_services/login-sync() {
 939     install_gem arvados-login-sync services/login-sync
 940 }
 941
 942 install_services/api() {
 943     stop_services
 944     check_arvados_config "services/api"
 945     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 946         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal \
 947             || return 1
 948
 949     rm -f config/environments/test.rb
 950     cp config/environments/test.rb.example config/environments/test.rb
 951
 952     # Clear out any lingering postgresql connections to the test
 953     # database, so that we can drop it. This assumes the current user
 954     # is a postgresql superuser.
 955     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 956         && test_database=$("${VENVDIR}/bin/python" -c "import yaml; print yaml.safe_load(file('$ARVADOS_CONFIG'))['Clusters']['zzzzz']['PostgreSQL']['Connection']['dbname']") \
 957         && psql "$test_database" -c "SELECT pg_terminate_backend (pg_stat_activity.pid::int) FROM pg_stat_activity WHERE pg_stat_activity.datname = '$test_database';" 2>/dev/null
 958
 959     mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/tmp/pids"
 960
 961     cert="$WORKSPACE/services/api/tmp/self-signed"
 962     if [[ ! -e "$cert.pem" || "$(date -r "$cert.pem" +%s)" -lt 1512659226 ]]; then
 963         (
 964             dir="$WORKSPACE/services/api/tmp"
 965             set -ex
 966             openssl req -newkey rsa:2048 -nodes -subj '/C=US/ST=State/L=City/CN=localhost' -out "$cert.csr" -keyout "$cert.key" </dev/null
 967             openssl x509 -req -in "$cert.csr" -signkey "$cert.key" -out "$cert.pem" -days 3650 -extfile <(printf 'subjectAltName=DNS:localhost,DNS:::1,DNS:0.0.0.0,DNS:127.0.0.1,IP:::1,IP:0.0.0.0,IP:127.0.0.1')
 968         ) || return 1
 969     fi
 970
 971     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 972         && rm -rf tmp/git \
 973         && mkdir -p tmp/git \
 974         && cd tmp/git \
 975         && tar xf ../../test/test.git.tar \
 976         && mkdir -p internal.git \
 977         && git --git-dir internal.git init \
 978             || return 1
 979
 980     (
 981         set -e
 982         cd "$WORKSPACE/services/api"
 983         export RAILS_ENV=test
 984         if "$bundle" exec rails db:environment:set ; then
 985             "$bundle" exec rake db:drop
 986         fi
 987         "$bundle" exec rake db:setup
 988         "$bundle" exec rake db:fixtures:load
 989     ) || return 1
 990 }
 991
 992 declare -a pythonstuff
 993 pythonstuff=(
 994     sdk/python
 995     sdk/python:py3
 996     sdk/cwl:py3
 997     services/dockercleaner:py3
 998     services/fuse
 999     services/fuse:py3
1000     tools/crunchstat-summary
1001     tools/crunchstat-summary:py3
1002 )
1003
1004 declare -a gostuff
1005 gostuff=($(cd "$WORKSPACE" && git grep -lw func | grep \\.go | sed -e 's/\/[^\/]*$//' | sort -u))
1006
1007 install_apps/workbench() {
1008     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1009         && mkdir -p tmp/cache \
1010         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal \
1011         && RAILS_ENV=test RAILS_GROUPS=assets "$bundle" exec rake npm:install
1012 }
1013
1014 test_doc() {
1015     (
1016         set -e
1017         cd "$WORKSPACE/doc"
1018         ARVADOS_API_HOST=pirca.arvadosapi.com
1019         # Make sure python-epydoc is installed or the next line won't
1020         # do much good!
1021         PYTHONPATH=$WORKSPACE/sdk/python/ "$bundle" exec rake linkchecker baseurl=file://$WORKSPACE/doc/.site/ arvados_workbench_host=https://workbench.$ARVADOS_API_HOST arvados_api_host=$ARVADOS_API_HOST
1022     )
1023 }
1024
1025 test_gofmt() {
1026     cd "$WORKSPACE" || return 1
1027     dirs=$(ls -d */ | egrep -v 'vendor|tmp')
1028     [[ -z "$(gofmt -e -d $dirs | tee -a /dev/stderr)" ]]
1029 }
1030
1031 test_services/api() {
1032     rm -f "$WORKSPACE/services/api/git-commit.version"
1033     cd "$WORKSPACE/services/api" \
1034         && eval env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} "$bundle" exec rake test TESTOPTS=\'-v -d\' ${testargs[services/api]}
1035 }
1036
1037 test_sdk/ruby() {
1038     cd "$WORKSPACE/sdk/ruby" \
1039         && "$bundle" exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/ruby]}
1040 }
1041
1042 test_sdk/R() {
1043   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
1044     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
1045         && Rscript --vanilla run_test.R
1046   fi
1047 }
1048
1049 test_sdk/cli() {
1050     cd "$WORKSPACE/sdk/cli" \
1051         && mkdir -p /tmp/keep \
1052         && KEEP_LOCAL_STORE=/tmp/keep "$bundle" exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/cli]}
1053 }
1054
1055 test_sdk/java-v2() {
1056     cd "$WORKSPACE/sdk/java-v2" && gradle test ${testargs[sdk/java-v2]}
1057 }
1058
1059 test_services/login-sync() {
1060     cd "$WORKSPACE/services/login-sync" \
1061         && "$bundle" exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[services/login-sync]}
1062 }
1063
1064 test_apps/workbench_units() {
1065     local TASK="test:units"
1066     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1067         && eval env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} "$bundle" exec rake ${TASK} TESTOPTS=\'-v -d\' ${testargs[apps/workbench]} ${testargs[apps/workbench_units]}
1068 }
1069
1070 test_apps/workbench_functionals() {
1071     local TASK="test:functionals"
1072     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1073         && eval env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} "$bundle" exec rake ${TASK} TESTOPTS=\'-v -d\' ${testargs[apps/workbench]} ${testargs[apps/workbench_functionals]}
1074 }
1075
1076 test_apps/workbench_integration() {
1077     local TASK="test:integration"
1078     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1079         && eval env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} "$bundle" exec rake ${TASK} TESTOPTS=\'-v -d\' ${testargs[apps/workbench]} ${testargs[apps/workbench_integration]}
1080 }
1081
1082 test_apps/workbench_benchmark() {
1083     local TASK="test:benchmark"
1084     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1085         && eval env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} "$bundle" exec rake ${TASK} ${testargs[apps/workbench_benchmark]}
1086 }
1087
1088 test_apps/workbench_profile() {
1089     local TASK="test:profile"
1090     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1091         && eval env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} "$bundle" exec rake ${TASK} ${testargs[apps/workbench_profile]}
1092 }
1093
1094 install_deps() {
1095     # Install parts needed by test suites
1096     do_install env
1097     do_install cmd/arvados-server go
1098     do_install sdk/cli
1099     do_install sdk/perl
1100     do_install sdk/python pip
1101     do_install sdk/python pip "${VENV3DIR}/bin/"
1102     do_install sdk/ruby
1103     do_install services/api
1104     do_install services/arv-git-httpd go
1105     do_install services/keepproxy go
1106     do_install services/keepstore go
1107     do_install services/keep-web go
1108     do_install services/ws go
1109 }
1110
1111 install_all() {
1112     do_install env
1113     do_install doc
1114     do_install sdk/ruby
1115     do_install sdk/R
1116     do_install sdk/perl
1117     do_install sdk/cli
1118     do_install services/login-sync
1119     for p in "${pythonstuff[@]}"
1120     do
1121         dir=${p%:py3}
1122         if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
1123             if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
1124                 do_install ${dir} pip
1125             fi
1126         elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
1127             if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
1128                 do_install ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
1129             fi
1130         fi
1131     done
1132     for g in "${gostuff[@]}"
1133     do
1134         do_install "$g" go
1135     done
1136     do_install services/api
1137     do_install apps/workbench
1138 }
1139
1140 test_all() {
1141     stop_services
1142     do_test services/api
1143
1144     # Shortcut for when we're only running apiserver tests. This saves a bit of time,
1145     # because we don't need to start up the api server for subsequent tests.
1146     if [ ! -z "$only" ] && [ "$only" == "services/api" ]; then
1147         rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
1148         exit_cleanly
1149     fi
1150
1151     do_test gofmt
1152     do_test doc
1153     do_test sdk/ruby
1154     do_test sdk/R
1155     do_test sdk/cli
1156     do_test services/login-sync
1157     do_test sdk/java-v2
1158     for p in "${pythonstuff[@]}"
1159     do
1160         dir=${p%:py3}
1161         if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
1162             if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
1163                 do_test ${dir} pip
1164             fi
1165         elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
1166             if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
1167                 do_test ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
1168             fi
1169         fi
1170     done
1171
1172     for g in "${gostuff[@]}"
1173     do
1174         do_test "$g" go
1175     done
1176     do_test apps/workbench_units
1177     do_test apps/workbench_functionals
1178     do_test apps/workbench_integration
1179     do_test apps/workbench_benchmark
1180     do_test apps/workbench_profile
1181 }
1182
1183 help_interactive() {
1184     echo "== Interactive commands:"
1185     echo "TARGET                 (short for 'test DIR')"
1186     echo "test TARGET"
1187     echo "10 test TARGET         (run test 10 times)"
1188     echo "test TARGET:py3        (test with python3)"
1189     echo "test TARGET -check.vv  (pass arguments to test)"
1190     echo "install TARGET"
1191     echo "install env            (go/python libs)"
1192     echo "install deps           (go/python libs + arvados components needed for integration tests)"
1193     echo "reset                  (...services used by integration tests)"
1194     echo "exit"
1195     echo "== Test targets:"
1196     echo "${!testfuncargs[@]}" | tr ' ' '\n' | sort | column
1197 }
1198
1199 initialize
1200
1201 declare -A testfuncargs=()
1202 for g in "${gostuff[@]}"; do
1203     testfuncargs[$g]="$g go"
1204 done
1205 for p in "${pythonstuff[@]}"; do
1206     dir=${p%:py3}
1207     testfuncargs[$dir]="$dir pip $VENVDIR/bin/"
1208     testfuncargs[$dir:py3]="$dir pip $VENV3DIR/bin/"
1209 done
1210
1211 testfuncargs["sdk/cli"]="sdk/cli"
1212 testfuncargs["sdk/R"]="sdk/R"
1213 testfuncargs["sdk/java-v2"]="sdk/java-v2"
1214 testfuncargs["apps/workbench_units"]="apps/workbench_units"
1215 testfuncargs["apps/workbench_functionals"]="apps/workbench_functionals"
1216 testfuncargs["apps/workbench_integration"]="apps/workbench_integration"
1217 testfuncargs["apps/workbench_benchmark"]="apps/workbench_benchmark"
1218 testfuncargs["apps/workbench_profile"]="apps/workbench_profile"
1219
1220 if [[ -z ${interactive} ]]; then
1221     install_all
1222     test_all
1223 else
1224     skip=()
1225     only=()
1226     only_install=()
1227     if [[ -e "$VENVDIR/bin/activate" ]]; then stop_services; fi
1228     setnextcmd() {
1229         if [[ "$TERM" = dumb ]]; then
1230             # assume emacs, or something, is offering a history buffer
1231             # and pre-populating the command will only cause trouble
1232             nextcmd=
1233         elif [[ ! -e "$VENVDIR/bin/activate" ]]; then
1234             nextcmd="install deps"
1235         else
1236             nextcmd=""
1237         fi
1238     }
1239     echo
1240     help_interactive
1241     nextcmd="install deps"
1242     setnextcmd
1243     HISTFILE="$WORKSPACE/tmp/.history"
1244     history -r
1245     while read -p 'What next? ' -e -i "$nextcmd" nextcmd; do
1246         history -s "$nextcmd"
1247         history -w
1248         count=1
1249         if [[ "${nextcmd}" =~ ^[0-9] ]]; then
1250           read count nextcmd <<<"${nextcmd}"
1251         fi
1252         read verb target opts <<<"${nextcmd}"
1253         target="${target%/}"
1254         target="${target/\/:/:}"
1255         case "${verb}" in
1256             "exit" | "quit")
1257                 exit_cleanly
1258                 ;;
1259             "reset")
1260                 stop_services
1261                 ;;
1262             "test" | "install")
1263                 case "$target" in
1264                     "")
1265                         help_interactive
1266                         ;;
1267                     all | deps)
1268                         ${verb}_${target}
1269                         ;;
1270                     *)
1271                         argstarget=${target%:py3}
1272                         testargs["$argstarget"]="${opts}"
1273                         tt="${testfuncargs[${target}]}"
1274                         tt="${tt:-$target}"
1275                         while [ $count -gt 0 ]; do
1276                           do_$verb $tt
1277                           let "count=count-1"
1278                         done
1279                         ;;
1280                 esac
1281                 ;;
1282             "" | "help" | *)
1283                 help_interactive
1284                 ;;
1285         esac
1286         if [[ ${#successes[@]} -gt 0 || ${#failures[@]} -gt 0 ]]; then
1287             report_outcomes
1288             successes=()
1289             failures=()
1290         fi
1291         cd "$WORKSPACE"
1292         setnextcmd
1293     done
1294     echo
1295 fi
1296 exit_cleanly