lib/crunchrun/singularity.go

   1 // Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   2 //
   3 // SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   4
   5 package crunchrun
   6
   7 import (
   8         "bytes"
   9         "errors"
  10         "fmt"
  11         "io/ioutil"
  12         "net"
  13         "os"
  14         "os/exec"
  15         "os/user"
  16         "regexp"
  17         "sort"
  18         "strconv"
  19         "strings"
  20         "syscall"
  21         "time"
  22
  23         "git.arvados.org/arvados.git/sdk/go/arvados"
  24         "golang.org/x/net/context"
  25 )
  26
  27 type singularityExecutor struct {
  28         logf          func(string, ...interface{})
  29         fakeroot      bool // use --fakeroot flag, allow --network=bridge when non-root (currently only used by tests)
  30         spec          containerSpec
  31         tmpdir        string
  32         child         *exec.Cmd
  33         imageFilename string // "sif" image
  34 }
  35
  36 func newSingularityExecutor(logf func(string, ...interface{})) (*singularityExecutor, error) {
  37         tmpdir, err := ioutil.TempDir("", "crunch-run-singularity-")
  38         if err != nil {
  39                 return nil, err
  40         }
  41         return &singularityExecutor{
  42                 logf:   logf,
  43                 tmpdir: tmpdir,
  44         }, nil
  45 }
  46
  47 func (e *singularityExecutor) Runtime() string {
  48         buf, err := exec.Command("singularity", "--version").CombinedOutput()
  49         if err != nil {
  50                 return "singularity (unknown version)"
  51         }
  52         return strings.TrimSuffix(string(buf), "\n")
  53 }
  54
  55 func (e *singularityExecutor) getOrCreateProject(ownerUuid string, name string, containerClient *arvados.Client) (*arvados.Group, error) {
  56         var gp arvados.GroupList
  57         err := containerClient.RequestAndDecode(&gp,
  58                 arvados.EndpointGroupList.Method,
  59                 arvados.EndpointGroupList.Path,
  60                 nil, arvados.ListOptions{Filters: []arvados.Filter{
  61                         arvados.Filter{"owner_uuid", "=", ownerUuid},
  62                         arvados.Filter{"name", "=", name},
  63                         arvados.Filter{"group_class", "=", "project"},
  64                 },
  65                         Limit: 1})
  66         if err != nil {
  67                 return nil, err
  68         }
  69         if len(gp.Items) == 1 {
  70                 return &gp.Items[0], nil
  71         }
  72
  73         var rgroup arvados.Group
  74         err = containerClient.RequestAndDecode(&rgroup,
  75                 arvados.EndpointGroupCreate.Method,
  76                 arvados.EndpointGroupCreate.Path,
  77                 nil, map[string]interface{}{
  78                         "group": map[string]string{
  79                                 "owner_uuid":  ownerUuid,
  80                                 "name":        name,
  81                                 "group_class": "project",
  82                         },
  83                 })
  84         if err != nil {
  85                 return nil, err
  86         }
  87         return &rgroup, nil
  88 }
  89
  90 func (e *singularityExecutor) checkImageCache(dockerImageID string, container arvados.Container, arvMountPoint string,
  91         containerClient *arvados.Client) (collection *arvados.Collection, err error) {
  92
  93         // Cache the image to keep
  94         cacheGroup, err := e.getOrCreateProject(container.RuntimeUserUUID, ".cache", containerClient)
  95         if err != nil {
  96                 return nil, fmt.Errorf("error getting '.cache' project: %v", err)
  97         }
  98         imageGroup, err := e.getOrCreateProject(cacheGroup.UUID, "auto-generated singularity images", containerClient)
  99         if err != nil {
 100                 return nil, fmt.Errorf("error getting 'auto-generated singularity images' project: %s", err)
 101         }
 102
 103         collectionName := fmt.Sprintf("singularity image for %v", dockerImageID)
 104         var cl arvados.CollectionList
 105         err = containerClient.RequestAndDecode(&cl,
 106                 arvados.EndpointCollectionList.Method,
 107                 arvados.EndpointCollectionList.Path,
 108                 nil, arvados.ListOptions{Filters: []arvados.Filter{
 109                         arvados.Filter{"owner_uuid", "=", imageGroup.UUID},
 110                         arvados.Filter{"name", "=", collectionName},
 111                 },
 112                         Limit: 1})
 113         if err != nil {
 114                 return nil, fmt.Errorf("error querying for collection '%v': %v", collectionName, err)
 115         }
 116         var imageCollection arvados.Collection
 117         if len(cl.Items) == 1 {
 118                 imageCollection = cl.Items[0]
 119         } else {
 120                 collectionName := "converting " + collectionName
 121                 exp := time.Now().Add(24 * 7 * 2 * time.Hour)
 122                 err = containerClient.RequestAndDecode(&imageCollection,
 123                         arvados.EndpointCollectionCreate.Method,
 124                         arvados.EndpointCollectionCreate.Path,
 125                         nil, map[string]interface{}{
 126                                 "collection": map[string]string{
 127                                         "owner_uuid": imageGroup.UUID,
 128                                         "name":       collectionName,
 129                                         "trash_at":   exp.UTC().Format(time.RFC3339),
 130                                 },
 131                                 "ensure_unique_name": true,
 132                         })
 133                 if err != nil {
 134                         return nil, fmt.Errorf("error creating '%v' collection: %s", collectionName, err)
 135                 }
 136
 137         }
 138
 139         return &imageCollection, nil
 140 }
 141
 142 // LoadImage will satisfy ContainerExecuter interface transforming
 143 // containerImage into a sif file for later use.
 144 func (e *singularityExecutor) LoadImage(dockerImageID string, imageTarballPath string, container arvados.Container, arvMountPoint string,
 145         containerClient *arvados.Client) error {
 146
 147         var imageFilename string
 148         var sifCollection *arvados.Collection
 149         var err error
 150         if containerClient != nil {
 151                 sifCollection, err = e.checkImageCache(dockerImageID, container, arvMountPoint, containerClient)
 152                 if err != nil {
 153                         return err
 154                 }
 155                 imageFilename = fmt.Sprintf("%s/by_uuid/%s/image.sif", arvMountPoint, sifCollection.UUID)
 156         } else {
 157                 imageFilename = e.tmpdir + "/image.sif"
 158         }
 159
 160         if _, err := os.Stat(imageFilename); os.IsNotExist(err) {
 161                 // Make sure the docker image is readable, and error
 162                 // out if not.
 163                 if _, err := os.Stat(imageTarballPath); err != nil {
 164                         return err
 165                 }
 166
 167                 e.logf("building singularity image")
 168                 // "singularity build" does not accept a
 169                 // docker-archive://... filename containing a ":" character,
 170                 // as in "/path/to/sha256:abcd...1234.tar". Workaround: make a
 171                 // symlink that doesn't have ":" chars.
 172                 err := os.Symlink(imageTarballPath, e.tmpdir+"/image.tar")
 173                 if err != nil {
 174                         return err
 175                 }
 176
 177                 // Set up a cache and tmp dir for singularity build
 178                 err = os.Mkdir(e.tmpdir+"/cache", 0700)
 179                 if err != nil {
 180                         return err
 181                 }
 182                 defer os.RemoveAll(e.tmpdir + "/cache")
 183                 err = os.Mkdir(e.tmpdir+"/tmp", 0700)
 184                 if err != nil {
 185                         return err
 186                 }
 187                 defer os.RemoveAll(e.tmpdir + "/tmp")
 188
 189                 build := exec.Command("singularity", "build", imageFilename, "docker-archive://"+e.tmpdir+"/image.tar")
 190                 build.Env = os.Environ()
 191                 build.Env = append(build.Env, "SINGULARITY_CACHEDIR="+e.tmpdir+"/cache")
 192                 build.Env = append(build.Env, "SINGULARITY_TMPDIR="+e.tmpdir+"/tmp")
 193                 e.logf("%v", build.Args)
 194                 out, err := build.CombinedOutput()
 195                 // INFO:    Starting build...
 196                 // Getting image source signatures
 197                 // Copying blob ab15617702de done
 198                 // Copying config 651e02b8a2 done
 199                 // Writing manifest to image destination
 200                 // Storing signatures
 201                 // 2021/04/22 14:42:14  info unpack layer: sha256:21cbfd3a344c52b197b9fa36091e66d9cbe52232703ff78d44734f85abb7ccd3
 202                 // INFO:    Creating SIF file...
 203                 // INFO:    Build complete: arvados-jobs.latest.sif
 204                 e.logf("%s", out)
 205                 if err != nil {
 206                         return err
 207                 }
 208         }
 209
 210         if containerClient == nil {
 211                 e.imageFilename = imageFilename
 212                 return nil
 213         }
 214
 215         // update TTL to now + two weeks
 216         exp := time.Now().Add(24 * 7 * 2 * time.Hour)
 217
 218         uuidPath, err := containerClient.PathForUUID("update", sifCollection.UUID)
 219         if err != nil {
 220                 e.logf("error PathForUUID: %v", err)
 221                 return nil
 222         }
 223         var imageCollection arvados.Collection
 224         err = containerClient.RequestAndDecode(&imageCollection,
 225                 arvados.EndpointCollectionUpdate.Method,
 226                 uuidPath,
 227                 nil, map[string]interface{}{
 228                         "collection": map[string]string{
 229                                 "name":     fmt.Sprintf("singularity image for %v", dockerImageID),
 230                                 "trash_at": exp.UTC().Format(time.RFC3339),
 231                         },
 232                 })
 233         if err == nil {
 234                 // If we just wrote the image to the cache, the
 235                 // response also returns the updated PDH
 236                 e.imageFilename = fmt.Sprintf("%s/by_id/%s/image.sif", arvMountPoint, imageCollection.PortableDataHash)
 237                 return nil
 238         }
 239
 240         e.logf("error updating/renaming collection for cached sif image: %v", err)
 241         // Failed to update but maybe it lost a race and there is
 242         // another cached collection in the same place, so check the cache
 243         // again
 244         sifCollection, err = e.checkImageCache(dockerImageID, container, arvMountPoint, containerClient)
 245         if err != nil {
 246                 return err
 247         }
 248         e.imageFilename = fmt.Sprintf("%s/by_id/%s/image.sif", arvMountPoint, sifCollection.PortableDataHash)
 249
 250         return nil
 251 }
 252
 253 func (e *singularityExecutor) Create(spec containerSpec) error {
 254         e.spec = spec
 255         return nil
 256 }
 257
 258 func (e *singularityExecutor) execCmd(path string) *exec.Cmd {
 259         args := []string{path, "exec", "--containall", "--cleanenv", "--pwd=" + e.spec.WorkingDir}
 260         if e.fakeroot {
 261                 args = append(args, "--fakeroot")
 262         }
 263         if !e.spec.EnableNetwork {
 264                 args = append(args, "--net", "--network=none")
 265         } else if u, err := user.Current(); err == nil && u.Uid == "0" || e.fakeroot {
 266                 // Specifying --network=bridge fails unless (a) we are
 267                 // root, (b) we are using --fakeroot, or (c)
 268                 // singularity has been configured to allow our
 269                 // uid/gid to use it like so:
 270                 //
 271                 // singularity config global --set 'allow net networks' bridge
 272                 // singularity config global --set 'allow net groups' mygroup
 273                 args = append(args, "--net", "--network=bridge")
 274         }
 275         if e.spec.CUDADeviceCount != 0 {
 276                 args = append(args, "--nv")
 277         }
 278
 279         readonlyflag := map[bool]string{
 280                 false: "rw",
 281                 true:  "ro",
 282         }
 283         var binds []string
 284         for path, _ := range e.spec.BindMounts {
 285                 binds = append(binds, path)
 286         }
 287         sort.Strings(binds)
 288         for _, path := range binds {
 289                 mount := e.spec.BindMounts[path]
 290                 if path == e.spec.Env["HOME"] {
 291                         // Singularity treats $HOME as special case
 292                         args = append(args, "--home", mount.HostPath+":"+path)
 293                 } else {
 294                         args = append(args, "--bind", mount.HostPath+":"+path+":"+readonlyflag[mount.ReadOnly])
 295                 }
 296         }
 297
 298         // This is for singularity 3.5.2. There are some behaviors
 299         // that will change in singularity 3.6, please see:
 300         // https://sylabs.io/guides/3.7/user-guide/environment_and_metadata.html
 301         // https://sylabs.io/guides/3.5/user-guide/environment_and_metadata.html
 302         env := make([]string, 0, len(e.spec.Env))
 303         for k, v := range e.spec.Env {
 304                 if k == "HOME" {
 305                         // Singularity treats $HOME as special case,
 306                         // this is handled with --home above
 307                         continue
 308                 }
 309                 env = append(env, "SINGULARITYENV_"+k+"="+v)
 310         }
 311
 312         // Singularity always makes all nvidia devices visible to the
 313         // container.  If a resource manager such as slurm or LSF told
 314         // us to select specific devices we need to propagate that.
 315         if cudaVisibleDevices := os.Getenv("CUDA_VISIBLE_DEVICES"); cudaVisibleDevices != "" {
 316                 // If a resource manager such as slurm or LSF told
 317                 // us to select specific devices we need to propagate that.
 318                 env = append(env, "SINGULARITYENV_CUDA_VISIBLE_DEVICES="+cudaVisibleDevices)
 319         }
 320         // Singularity's default behavior is to evaluate each
 321         // SINGULARITYENV_* env var with a shell as a double-quoted
 322         // string and pass the result to the contained
 323         // process. Singularity 3.10+ has an option to pass env vars
 324         // through literally without evaluating, which is what we
 325         // want. See https://github.com/sylabs/singularity/pull/704
 326         // and https://dev.arvados.org/issues/19081
 327         env = append(env, "SINGULARITY_NO_EVAL=1")
 328
 329         args = append(args, e.imageFilename)
 330         args = append(args, e.spec.Command...)
 331
 332         return &exec.Cmd{
 333                 Path:   path,
 334                 Args:   args,
 335                 Env:    env,
 336                 Stdin:  e.spec.Stdin,
 337                 Stdout: e.spec.Stdout,
 338                 Stderr: e.spec.Stderr,
 339         }
 340 }
 341
 342 func (e *singularityExecutor) Start() error {
 343         path, err := exec.LookPath("singularity")
 344         if err != nil {
 345                 return err
 346         }
 347         child := e.execCmd(path)
 348         err = child.Start()
 349         if err != nil {
 350                 return err
 351         }
 352         e.child = child
 353         return nil
 354 }
 355
 356 func (e *singularityExecutor) CgroupID() string {
 357         return ""
 358 }
 359
 360 func (e *singularityExecutor) Stop() error {
 361         if err := e.child.Process.Signal(syscall.Signal(0)); err != nil {
 362                 // process already exited
 363                 return nil
 364         }
 365         return e.child.Process.Signal(syscall.SIGKILL)
 366 }
 367
 368 func (e *singularityExecutor) Wait(context.Context) (int, error) {
 369         err := e.child.Wait()
 370         if err, ok := err.(*exec.ExitError); ok {
 371                 return err.ProcessState.ExitCode(), nil
 372         }
 373         if err != nil {
 374                 return 0, err
 375         }
 376         return e.child.ProcessState.ExitCode(), nil
 377 }
 378
 379 func (e *singularityExecutor) Close() {
 380         err := os.RemoveAll(e.tmpdir)
 381         if err != nil {
 382                 e.logf("error removing temp dir: %s", err)
 383         }
 384 }
 385
 386 func (e *singularityExecutor) InjectCommand(ctx context.Context, detachKeys, username string, usingTTY bool, injectcmd []string) (*exec.Cmd, error) {
 387         target, err := e.containedProcess()
 388         if err != nil {
 389                 return nil, err
 390         }
 391         return exec.CommandContext(ctx, "nsenter", append([]string{fmt.Sprintf("--target=%d", target), "--all"}, injectcmd...)...), nil
 392 }
 393
 394 var (
 395         errContainerHasNoIPAddress = errors.New("container has no IP address distinct from host")
 396 )
 397
 398 func (e *singularityExecutor) IPAddress() (string, error) {
 399         target, err := e.containedProcess()
 400         if err != nil {
 401                 return "", err
 402         }
 403         targetIPs, err := processIPs(target)
 404         if err != nil {
 405                 return "", err
 406         }
 407         selfIPs, err := processIPs(os.Getpid())
 408         if err != nil {
 409                 return "", err
 410         }
 411         for ip := range targetIPs {
 412                 if !selfIPs[ip] {
 413                         return ip, nil
 414                 }
 415         }
 416         return "", errContainerHasNoIPAddress
 417 }
 418
 419 func processIPs(pid int) (map[string]bool, error) {
 420         fibtrie, err := os.ReadFile(fmt.Sprintf("/proc/%d/net/fib_trie", pid))
 421         if err != nil {
 422                 return nil, err
 423         }
 424
 425         addrs := map[string]bool{}
 426         // When we see a pair of lines like this:
 427         //
 428         //              |-- 10.1.2.3
 429         //                 /32 host LOCAL
 430         //
 431         // ...we set addrs["10.1.2.3"] = true
 432         lines := bytes.Split(fibtrie, []byte{'\n'})
 433         for linenumber, line := range lines {
 434                 if !bytes.HasSuffix(line, []byte("/32 host LOCAL")) {
 435                         continue
 436                 }
 437                 if linenumber < 1 {
 438                         continue
 439                 }
 440                 i := bytes.LastIndexByte(lines[linenumber-1], ' ')
 441                 if i < 0 || i >= len(line)-7 {
 442                         continue
 443                 }
 444                 addr := string(lines[linenumber-1][i+1:])
 445                 if net.ParseIP(addr).To4() != nil {
 446                         addrs[addr] = true
 447                 }
 448         }
 449         return addrs, nil
 450 }
 451
 452 var (
 453         errContainerNotStarted = errors.New("container has not started yet")
 454         errCannotFindChild     = errors.New("failed to find any process inside the container")
 455         reProcStatusPPid       = regexp.MustCompile(`\nPPid:\t(\d+)\n`)
 456 )
 457
 458 // Return the PID of a process that is inside the container (not
 459 // necessarily the topmost/pid=1 process in the container).
 460 func (e *singularityExecutor) containedProcess() (int, error) {
 461         if e.child == nil || e.child.Process == nil {
 462                 return 0, errContainerNotStarted
 463         }
 464         lsns, err := exec.Command("lsns").CombinedOutput()
 465         if err != nil {
 466                 return 0, fmt.Errorf("lsns: %w", err)
 467         }
 468         for _, line := range bytes.Split(lsns, []byte{'\n'}) {
 469                 fields := bytes.Fields(line)
 470                 if len(fields) < 4 {
 471                         continue
 472                 }
 473                 if !bytes.Equal(fields[1], []byte("pid")) {
 474                         continue
 475                 }
 476                 pid, err := strconv.ParseInt(string(fields[3]), 10, 64)
 477                 if err != nil {
 478                         return 0, fmt.Errorf("error parsing PID field in lsns output: %q", fields[3])
 479                 }
 480                 for parent := pid; ; {
 481                         procstatus, err := os.ReadFile(fmt.Sprintf("/proc/%d/status", parent))
 482                         if err != nil {
 483                                 break
 484                         }
 485                         m := reProcStatusPPid.FindSubmatch(procstatus)
 486                         if m == nil {
 487                                 break
 488                         }
 489                         parent, err = strconv.ParseInt(string(m[1]), 10, 64)
 490                         if err != nil {
 491                                 break
 492                         }
 493                         if int(parent) == e.child.Process.Pid {
 494                                 return int(pid), nil
 495                         }
 496                 }
 497         }
 498         return 0, errCannotFindChild
 499 }