adding base recalibrator yml and updating bwamem yml
[arvados-tutorial.git] / cwl /
drwxr-xr-x   ..
-rw-r--r-- 844 annotate-vcf.cwl
-rw-r--r-- 1142 bwa-gatk-wf.cwl
-rw-r--r-- 1122 bwamem-samtools-sort.cwl
-rw-r--r-- 1094 bwamem-samtools-view-org.cwl
-rw-r--r-- 649 calc-coverage.cwl
-rw-r--r-- 820 check-sam.cwl
-rw-r--r-- 544 fastqc.cwl
-rw-r--r-- 770 fix-groups.cwl
-rw-r--r-- 1129 gatk-baserecalibrator.cwl
-rw-r--r-- 1207 gatk-haplotypecaller.cwl
-rw-r--r-- 537 generate-report.cwl
-rw-r--r-- 824 gvcf-to-vcf.cwl
-rw-r--r-- 806 mark-duplicates.cwl
drwxr-xr-x - old
-rw-r--r-- 719 report-wf.cwl
-rw-r--r-- 614 samtools-fixmate.cwl
-rw-r--r-- 536 samtools-index.cwl
-rw-r--r-- 718 samtools-sort.cwl