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[arvados-tutorial.git] / WGS-processing / README.md
index 507fb3a4f1b64695367a21be90b77576e64f83fc..51a05510f36f263c44f3dfb42a6e29f3a33a49d6 100644 (file)
@@ -8,17 +8,17 @@ This directory contains an Arvados demo showing processing of whole genome seque
 Workflows are written in CWL v1.1. 
 
 Subdirectories are:
-cwl - contains CWL code for the demo
-yml - contains yml inputs for cwl demo code
-src - contains any src code for the demo
-docker - contains dockerfiles necessary to re-create any needed docker images 
+cwl - contains CWL code for the demo
+yml - contains yml inputs for cwl demo code
+src - contains any src code for the demo
+docker - contains dockerfiles necessary to re-create any needed docker images 
 
 To run the workflow:
 
-1. cd into cwl directory
+* cd into cwl directory
 
-2. run the following:
-arvados-cwl-runner --no-wait --project-uuid YOUR_PROJECT_UUID wgs-processing-wf.cwl ../yml/YOURINPUTS.yml
+* run the following
+** arvados-cwl-runner --no-wait --project-uuid YOUR_PROJECT_UUID wgs-processing-wf.cwl ../yml/YOURINPUTS.yml
 
 About the Demo Data:
 WGS Data used in this demo is public data made available by the Personal Genome Project.  This data is from the PGP-UK (https://www.personalgenomes.org.uk/).