src/annotation/runcommand

   1 # annotating the vcf
   2 bcftools annotate -a /data-sdd/keep/by_id/80aadf801bccd1e1d838b07d46d4de63+1712/37/clinvar.vcf.gz -c ID,INFO /data-sdd/keep/by_id/542f0989c5ee117e20d293ef82311192+114145/hu34D5B9_var-GS000015891-ASM.vcf.gz > annotated.vcf
   3 # finding the variation and allele IDs for those annotations
   4 bcftools filter -i "INFO/ALLELEID!=[]" annotated.vcf | bcftools query -f'%ID\t%CHROM\t%POS\t%REF\t%ALT\t%INFO/ALLELEID\t%INFO/CLNSIG\t%INFO/CLNDN\t%INFO/AF_ESP\t%INFO/AF_EXAC\t%INFO/AF_TGP[\t%GT]\n' > reportdata.txt
   5 # converting data to correct format and to JSON output for report generation
   6 # for link: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/128475/
   7
   8 # putting above together
   9 bcftools annotate -a /data-sdd/keep/by_id/80aadf801bccd1e1d838b07d46d4de63+1712/37/clinvar.vcf.gz -c ID,INFO /data-sdd/keep/by_id/542f0989c5ee117e20d293ef82311192+114145/hu34D5B9_var-GS000015891-ASM.vcf.gz | bcftools filter -i "INFO/ALLELEID!=[]" | bcftools query -f'%ID\t%CHROM\t%POS\t%REF\t%ALT\t%INFO/ALLELEID\t%INFO/CLNSIG\t%INFO/CLNDN\t%INFO/AF_ESP\t%INFO/AF_EXAC\t%INFO/AF_TGP[\t%GT]\n' > reportdata.txt
  10
  11 python generatereport.py