cwl/helper/getgvcfs.cwl

   1 $namespaces:
   2   arv: "http://arvados.org/cwl#"
   3   cwltool: "http://commonwl.org/cwltool#"
   4 class: ExpressionTool
   5 cwlVersion: v1.1
   6 label: Create array of gvcfs to process
   7 requirements:
   8   InlineJavascriptRequirement: {}
   9 inputs:
  10   gvcfdir:
  11     type: Directory
  12     label: Input directory of gvcfs
  13     loadListing: 'shallow_listing'
  14 outputs:
  15   sampleinput:
  16     type: string
  17 expression: |
  18   ${
  19     var samples = [];
  20     for (var i = 0; i < inputs.gvcfdir.listing.length; i++) {
  21       var name = inputs.gvcfdir.listing[i];
  22       if (name.nameext ==='.gz' ) {
  23         samples.push(name.basename);
  24       }
  25     }
  26     samples = samples.sort();
  27     var sampleinput = [];
  28
  29     for (var i = 0; i < samples.length; i++) {
  30      var s1 = samples[i];
  31      sampleinput = sampleinput + "-I " + s1 + " "
  32     }
  33
  34
  35     return {"sampleinput": sampleinput};
  36
  37   }