WGS-processing/docker/bwa/Dockerfile

   1 FROM arvados/jobs:latest
   2 USER root
   3 MAINTAINER Sarah Wait Zaranek <swz@curii.com>
   4
   5 RUN apt-get update -qy
   6 RUN apt-get install -qy build-essential wget cmake zlib1g-dev python-pip unzip libbz2-dev liblzma-dev libcurl4-openssl-dev libncurses-dev autoconf git
   7
   8 RUN mkdir -p /usr/share/man/man1
   9 RUN apt-get install -qy default-jdk
  10
  11 # Install SDSL
  12 RUN cd /tmp && git clone 'https://github.com/simongog/sdsl-lite.git' && cd sdsl-lite && ./install.sh /usr/local
  13 RUN apt-get remove libhts-dev
  14
  15 # Install htslib 1.10.2
  16 RUN cd /tmp && wget http://github.com/samtools/htslib/archive/1.10.2.zip && unzip 1.10.2 && cd htslib-1.10.2 && make && make install && cd /tmp && rm -rf htslib-1.10.2 && ldconfig
  17
  18 # Install bcftools 1.10.2
  19 RUN wget http://github.com/samtools/bcftools/archive/1.10.2.zip && unzip 1.10.2 && cd bcftools-1.10.2 && autoheader && autoconf && ./configure && make && make install
  20
  21 # Install BWA 07.7.17
  22 RUN wget https://github.com/lh3/bwa/archive/v0.7.17.zip && unzip v0.7.17 && cd bwa-0.7.17 && make