WGS-processing/docker/bwa/Dockerfile

   1 FROM arvados/jobs:latest
   2 USER root
   3 MAINTAINER Sarah Wait Zaranek <swz@curii.com>
   4
   5 RUN apt-get update -qy
   6 RUN apt-get install -qy build-essential wget cmake zlib1g-dev python-pip unzip libbz2-dev liblzma-dev libcurl4-openssl-dev libncurses-dev
   7
   8 RUN mkdir -p /usr/share/man/man1
   9 RUN apt-get install -qy default-jdk
  10
  11 ADD bwa-0.7.17.tar.bz2 /
  12 WORKDIR bwa-0.7.17
  13 RUN make
  14
  15 ADD samtools-1.10.tar.bz2 /
  16 WORKDIR /samtools-1.10
  17 RUN ./configure && make && make install
  18
  19 ADD picard.jar /
  20
  21 WORKDIR /
  22