src/variantcalling/checksex.sh

   1 #!/bin/bash
   2
   3 xcov=$(echo "scale=4; $(samtools idxstats $1 | grep 'chrX[^_]' | cut -f 3)/$(samtools idxstats $1 | grep 'chrX[^_]' | cut -f 2)" | bc)
   4 echo $xcov
   5 ycov=$(echo "scale=4; $(samtools idxstats $1 | grep "chrY[^_]" | cut -f 3)/$(samtools idxstats $1 | grep "chrY[^_]" | cut -f 2)" | bc)
   6 echo $ycov
   7
   8 rat=$(echo "scale=4; ${xcov}/${ycov}" | bc)
   9
  10 echo $rat