WGS-processing/cwl/helper/generate-report.cwl

   1 cwlVersion: v1.1
   2 class: CommandLineTool
   3 label: Generate ClinVar Report
   4
   5 requirements:
   6   DockerRequirement:
   7     dockerPull: curii/clinvar-report
   8
   9 hints:
  10   ResourceRequirement:
  11     ramMin: 10000
  12     coresMin: 4
  13
  14 inputs:
  15   reportfunc:
  16     type: File
  17     label: Function used to create HTML report
  18   sampletxt:
  19     type: File
  20     label: Annotated text from VCF
  21   sample:
  22     type: string
  23     label: Sample Name
  24   headhtml:
  25     type: File
  26     format: edam:format_2331# HTML
  27     label: Header for HTML report
  28   tailhtml:
  29     type: File
  30     format: edam:format_2331 # HTML
  31     label: Footer for HTML report
  32
  33 outputs:
  34   report:
  35     type: File
  36     format: edam:format_1964 # HTML
  37     label: ClinVar variant report
  38     outputBinding:
  39       glob: "*html"
  40
  41 baseCommand: python
  42
  43 arguments:
  44   - $(inputs.reportfunc)
  45   - $(inputs.sampletxt)
  46   - $(inputs.sample)
  47   - $(inputs.headhtml)
  48   - $(inputs.tailhtml)
  49
  50 $namespaces:
  51  s: https://schema.org/
  52  edam: http://edamontology.org/
  53
  54 #$schemas:
  55 # - https://schema.org/version/latest/schema.rdf
  56 # - http://edamontology.org/EDAM_1.18.owl