WGS-processing/cwl/helper/getfastq.cwl

   1 $namespaces:
   2   arv: "http://arvados.org/cwl#"
   3   cwltool: "http://commonwl.org/cwltool#"
   4 class: ExpressionTool
   5 cwlVersion: v1.1
   6 label: Create array of gvcfs to process
   7 requirements:
   8   InlineJavascriptRequirement: {}
   9 inputs:
  10   fastqdir:
  11     type: Directory
  12     label: Input directory of fastqs
  13     loadListing: 'shallow_listing'
  14 outputs:
  15   fastq1:
  16     type: File[]
  17   fastq2:
  18     type: File[]
  19   sample:
  20     type: string[]
  21 expression: |
  22   ${function compare(a, b) {
  23     var baseA = a.basename;
  24     var baseB = b.basename;
  25
  26     var comparison = 0;
  27     if (baseA > baseB) {
  28     comparison = 1;
  29     } else if (baseA < baseB) {
  30     comparison = -1;
  31     }
  32     return comparison;
  33     }
  34
  35     var fastq1 = [];
  36     var fastq2 = [];
  37     for (var i = 0; i < inputs.fastqdir.listing.length; i++) {
  38       var name = inputs.fastqdir.listing[i];
  39       if (name.basename.indexOf('_1.fastq.gz') != -1 ) {
  40         fastq1.push(name);
  41       }
  42       if (name.basename.indexOf('_2.fastq.gz') != -1 ) {
  43         fastq2.push(name);
  44       }
  45     }
  46
  47     fastq1 = fastq1.sort(compare)
  48     fastq2 = fastq2.sort(compare)
  49
  50     var sample = [];
  51
  52     for (var i = 0; i < fastq1.length; i++) {
  53       var name = fastq1[i].basename;
  54       var samplename = name.replace(/_1.fastq.gz/,'');
  55       sample.push(samplename);
  56       }
  57
  58
  59     return {"fastq1": fastq1, "fastq2": fastq2, "sample": sample};
  60   }