src/preprocessing/cwl/getfiles.cwl

   1 $namespaces:
   2   cwltool: "http://commonwl.org/cwltool#"
   3 class: ExpressionTool
   4 label: Create list of bams from directory
   5 cwlVersion: v1.1
   6 requirements:
   7   InlineJavascriptRequirement: {}
   8
   9 inputs:
  10   bamdir:
  11     type: Directory
  12     label: Directory of input bams
  13     loadListing: shallow_listing
  14
  15 outputs:
  16   tarzipbams:
  17     type: File[]
  18     label: Array of bams
  19   samplenames:
  20     type: string[]
  21     label: Array of sample names
  22
  23 expression: |
  24   ${
  25     var tarzipbams = [];
  26     var samplenames = [];
  27
  28     for (var i = 0; i < inputs.bamdir.listing.length; i++) {
  29       var file = inputs.bamdir.listing[i];
  30       if (file.nameext == '.tgz') {
  31         var main = file;
  32         var sample = file.nameroot;
  33         sample = sample.replace(".bam","")
  34         tarzipbams.push(main);
  35         samplenames.push(sample);
  36       }
  37     }
  38     return {"tarzipbams": tarzipbams, "samplenames": samplenames};
  39   }
  40