WGS-processing/README

   1 This directory contains an Arvados demo showing processing of whole genome sequencing (WGS) data. The workflow includes:
   2
   3 * Check of fastq quality
   4 * Local alignment using BWA-MEM
   5 * Variant calling in parallel using GATK
   6 * Generation of an HTML report comparing variants against ClinVar archive
   7
   8 Workflows are written in CWL v1.1.
   9
  10 Subdirectories are:
  11 cwl - contains CWL code for the demo
  12 yml - contains yml inputs for cwl demo code
  13 src - contains any src code for the demo
  14 docker - contains dockerfiles necessary to re-create any needed docker images
  15
  16 To run the workflow:
  17
  18 1. cd into cwl directory
  19
  20 2. run the following:
  21 arvados-cwl-runner --no-wait --project-uuid YOUR_PROJECT_UUID wgs-processing-wf.cwl ../yml/YOURINPUTS.yml
  22
  23 About the Demo Data:
  24 WGS Data used in this demo is public data made available by the Personal Genome Project.  This data is from the PGP-UK (https://www.personalgenomes.org.uk/).