WGS-processing/docker/not-in-use/fastqc/Dockerfile

   1 FROM arvados/jobs:latest
   2 USER root
   3 MAINTAINER Sarah Wait Zaranek <swz@curii.com>
   4
   5 RUN apt-get update -qy
   6 RUN apt-get install -y apt-utils
   7 RUN apt-get install -qy build-essential wget cmake zlib1g-dev python-pip unzip libbz2-dev liblzma-dev libcurl4-openssl-dev libncurses-dev
   8 RUN apt-get update
   9
  10 RUN mkdir -p /usr/share/man/man1
  11 RUN apt-get install -qy default-jdk
  12
  13 RUN cd /tmp && wget https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.9.zip && unzip fastqc_v0.11.9.zip && mv FastQC /usr/local