docker/bam2fastq/Dockerfile

   1 FROM arvados/jobs
   2 MAINTAINER Bryan Cosca <bcosca@curii.com>
   3
   4 USER root
   5
   6 RUN apt-get update -qy
   7 RUN apt-get install -qy build-essential wget cmake zlib1g-dev python-pip unzip libbz2-dev liblzma-dev libcurl4-openssl-dev libncurses-dev git
   8
   9 RUN git clone --recursive https://github.com/jts/bam2fastq
  10 WORKDIR /bam2fastq
  11 RUN make
  12
  13 WORKDIR /
  14