tests/test_library.sh

   1 #!/bin/bash
   2
   3 if [[ "$DEBUG" == "--debug" ]]; then
   4   set -x
   5 fi
   6
   7 testReady() {
   8   loadK8sIP
   9   set +e
  10   ready=0
  11   k8sReady=0
  12   apiReady=0
  13   keepProxyReady=0
  14
  15   # Is k8s ready?
  16   if [[ -n "$K8S_IP" ]]; then
  17     k8sReady=1
  18   else
  19     set -e
  20     return
  21   fi
  22
  23   # Is the Arvados API server ready?
  24   curl --connect-timeout 1 -k -s -H "Authorization: Bearer $MANAGEMENTTOKEN" https://$K8S_IP:444/rails/_health/ping |grep -q OK
  25   if [[ $? -eq 0 ]]; then
  26     apiReady=1
  27   else
  28     set -e
  29     return
  30   fi
  31
  32   # Is the Arvados Keep proxy ready?
  33   curl --connect-timeout 1 -k -s -H "Authorization: Bearer $MANAGEMENTTOKEN" https://$K8S_IP:25107/_health/ping |grep -q OK
  34   if [[ $? -eq 0 ]]; then
  35     keepProxyReady=1
  36   else
  37     set -e
  38     return
  39   fi
  40
  41   # Everything is working
  42   ready=1
  43   set -e
  44 }
  45
  46 stopCluster() {
  47   echo "Stopping Arvados cluster..."
  48   cd $MY_PATH/../charts/arvados
  49   helm delete arvados
  50
  51   stopK8s
  52 }
  53
  54 kubectlStatus() {
  55   echo "Current k8s status:"
  56   echo "services:"
  57   kubectl get svc
  58   echo "pods:"
  59   kubectl get pods
  60   echo
  61 }
  62
  63 startCluster() {
  64   startK8s
  65
  66   echo "Starting Arvados cluster..."
  67   cd $MY_PATH/../charts/arvados
  68   ./cert-gen.sh "$K8S_IP"
  69
  70   helm install arvados . --set externalIP="$K8S_IP"
  71
  72   if [[ "$CLUSTERTYPE" == "minikube" ]]; then
  73     ./minikube-external-ip.sh
  74   fi
  75
  76   awaitHealthOK
  77 }
  78
  79 awaitHealthOK() {
  80   echo "Waiting for cluster health OK..."
  81   # Wait for up to 15 minutes for a healthy Arvados cluster.
  82   counter=450
  83   while [[ $ready -ne 1 ]] && [[ $counter -gt 0 ]]; do
  84     testReady
  85     kubectlStatus
  86     sleep 2
  87     (( counter = counter-1 )) || true
  88   done
  89   if [[ $ready -ne 1 ]]; then
  90     echo "Timed out waiting for cluster health OK. Shutting down cluster..."
  91     stopCluster
  92     exit 1
  93   fi
  94 }
  95
  96 run() {
  97   MY_PATH=`pwd`
  98   MANAGEMENTTOKEN=`cat $MY_PATH/../charts/arvados/config/config.yml |grep Management |cut -f2 -d ':' |sed -e 's/ //'`
  99   date
 100   testReady
 101   if [[ $ready -ne 1 ]]; then
 102     startCluster
 103   else
 104     if [[ "$CLUSTERTYPE" == "GKE" ]]; then
 105       # create the necessary kubectl context for the running cluster
 106       gcloud container clusters get-credentials arvados --zone us-central1-a
 107       kubectlStatus
 108     fi
 109   fi
 110
 111   date
 112   echo "cluster health OK"
 113
 114   export ARVADOS_API_HOST=$K8S_IP:444
 115   export ARVADOS_API_HOST_INSECURE=true
 116   export ARVADOS_API_TOKEN=`grep superUserSecret $MY_PATH/../charts/arvados/values.yaml |cut -f2 -d\"`
 117
 118   cd $MY_PATH/cwl-diagnostics-hasher/
 119
 120   echo "uploading requirements for CWL hasher"
 121   arv-put 4xphq-8i9sb-fmwod1qn74cemdp.log.txt  --no-resume
 122   echo "uploading Arvados jobs image for CWL hasher"
 123   # just in case, clear the arv-put cache first, arv-keepdocker doesn't pass through --no-resume
 124   rm -rf ~/.cache/arvados/arv-put
 125   echo "running CWL hasher"
 126   cwl-runner hasher-workflow.cwl hasher-workflow-job.yml
 127   if [[ $? -eq 0 ]]; then
 128     echo "Success!"
 129   else
 130     echo "Test failed!"
 131   fi
 132
 133   stopCluster
 134 }