Undo two hunks that I accidentally committed in 565c31196f3ccd4346c8a1ac1e19b1deda22eea6.

no issue #

Add some robustness in the postgresql department.

no issue #

Only install the latest gem (i.e. the one we just built).

No issue #

Also build our java-bwa-samtools docker image.

no issue #

Fixes for the deploy stage of the build pipeline: actually upgrade our
debian packages and gems.

no issue #

Save a bit of time: do not install RI and RDoc for the gems we install
during testing.

no issue #

Install & test Ruby SDK, then use that version for other tests.

This commit gives our Ruby SDK the same treatment as other parts of
our build process: we build and install it early, then test it.  We
use that built version to run other tests, to make sure all the
components are synced up throughout the run.

This required turning off `bundle install --deployment`, because
Bundler will not use locally installed Gems in that mode.  This does
make our build process a little less like what we use in production,
but the benefits of consistent testing and tightening the build
loop (you can update a Gem and dependent Gemfiles in one push) seem
worth that cost.

Refs #3720.

Fix environment variable setting on command line.  no issue #

Fix $leave_temp in clear_temp() no issue #

Enhanced run-tests.sh command line supporting choosing specific Python and Ruby
tests, and re-using temp directories. no issue #

Declare empty variables up top to avoid bash parsing errors.  no issue #

Permit setting environment variables on command line.  Added workbench_test,
apiserver_test and cli_test variables to provide parameters to the respective
rake tests.  no issue #

Unset ARVADOS_ variable from the environment before running tests.  no issue #

Fix failure detection for python tests. No issue #

Install py test deps even if py tests fail. Make docs skippable. No issue #

Merge branch 'skip-args'

no issue #

Fix swapped install/test sections for fuse.

Display elapsed time for each test/install.

Add missing "install fuse" and "test workbench".

Cleanup, add some error checks, add --skip and --only args.

Remove duplicated cleanup commands; the realclean target takes care of
that now.

no issue #

keep is now called keepstore

refs #3551

Merge branch '3551-go-layout'

refs #3551

3551: Install Python and Go bits, force installation of Python test dependencies, *then* run tests.

3551: Fix dependency cycle: Install Python SDK, then install+test Go stuff, then test Python SDK.

3551: Test and install keepstore before Python SDK.

3551: Clean up temp dir.

Merge branch '3551-go-layout'

refs #3551

3551: Use mktemp for GOPATH. Update run-build-packages.sh with new Go recipes.

Merge branch '3551-go-layout'

refs #3551

Merge branch 'master' into 3551-go-layout

Make use of the realclean build.sh feature to build the docker images.

no issue #

3551: Dry up pass/fail checks with a checkexit() function.

Update Go tests to new layout, rename keepstore, add missing tests for keepproxy and Go SDK libraries. refs #3551

Python egg build fix for the sdist rotate command

Refs #3252

Update Python package test procedure.

Refs #3252 simplifies the way we express Python package dependencies.
This lets us invoke tests directly from setup.py, so do that.

Make sure to bring the arvados debian packages up to the latest version
when deploying via jenkins.

no issue #

Make sure to exit with $EXITCODE

no issue #

Add docker test script.

no issue #

Make sure the arvados-src package actually contains the latest source. Duh.

no issue #

Remove superfluous directory from arvados-src path.

No issue #

Build a new arvados-src package.

No issue #

Merge branch 'new-git-hooks'

no issue #

A few fixes:

a) clarify error message when doing a fast-forward merge rejection

b) reduce number of gratuitous newlines

c) do not test for issue numbers when a fast-forward merge is being
attempted, because that test will complain about every commit, obscuring
the real problem (the fast-forward merge)

Merge branch 'new-git-hooks' of git.curoverse.com:arvados-dev into new-git-hooks

Added mention of git reset to instructions for remerging/rebasing.

Disallow commits that merge local and remote master, in order to maintain
linear history of master.

Added pattern to permit commits that merge master heads.

Proposed new git hook policy: only applies to first-parent, enforces master is
first parent on all merges, enforces issue number (or explicitly stating no
issue number) on all master commits.

Build crunchstat package.

Initial commit of the scripts used in our Jenkins pipelines.

Only check master, because bad things happen otherwise.

Coding standards hook, initial commit.